旨在防止越轨并鼓励遵从规范的努力就是社会控制。对一个人的越轨行为的社会控制主要有两种类型：内在控制与外在控制。
内在社会控制指那些引导科学家自我激励并按遵从的方式行动的过程。对个体科学家来说，需要进行科学方法的培养，科学精神和社会道德的灌输。对科学共同体而言，要完善科学活动的自我控制机理－－同行评议、论文审查和重复实验，尽量减少同行评议、论文审查的失误。
但是，科学活动的自我控制机理不能完全防止越轨行为的产生。首先是同行评议难以把关，因为科学研究是探索性活动，对前沿问题的研究水平和研究质量难以确定；其次，论文审查存在缺陷，原因是审稿的随机性比较大，稿件的命运与审稿人的个人偏爱有很大关系。第三，重复实验的局限性。因为科学进步的动力是创新而不是重复别人的实验，没有科学家愿意去做别人做过的事。因此，仅仅依靠科学内部的规范机制则难以防范科学家的越轨行为。
在健全科学内部的评价机制的基础上建立权威的外在社会控制机制就成为必然。外在社会控制则是运用各种正式的和非正式的社会约束来促使科学家在各种外在压力下遵守科学研究的行为规范。
非正式的社会控制机制用于工作场所，并为那些发生越轨时恰巧在场的人使用，也就是某个科学共同体（科研小组、实验室）内的人自我互相监督。但是这种非正式控制的效果是有限的，例如惩罚的不确定性与缺乏力度；个人情感、相关社会地位的影响；为了团体情感和团体荣誉，科研小组的团体成员也会保护越轨者（也有例外，例如，当越轨轻易被外部觉察；当越轨者可能迅速被认出属于本群体时；当群体因为越轨者的行为有受到严惩的可能性时。也就是说，当个体科学家的越轨十分明显或者非常严重时，包庇就没有意义或者需要付出巨大的代价）。
内在控制和非正式的社会控制的控制权都属于专门职业共同体。科学、医疗、律师等属于专门职业（英语为Ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎ）的范畴，不同于一般职业（英语为Ｖｏｃａｔｉｏｎ）。默顿和吉伦认为专门职业控制权存在着４个方面制约：评价专门职业服务的标准往往是模棱两可的；角色表现的相对低水平的透明度；职业同盟或者专业同事间的密切的人际关系的存在；专门职业者包庇那些违反了规范的同行。
因此，科学共同体对严重的越轨行为必须采取正式的社会控制机制，产生相应的机构和组织，由专门的人员负责。比如，美国公共卫生局成立了研究廉正室，成员包括生物学家、律师、统计学家，任务就是调查、侦破科研中的弄虚作假、剽窃等违规行为。美国国家科学基金委员会也组建了一个科学侦探室，其调查程序和研究廉正室相差无几。为了统一协调全国的科学打假工作，美国国会还专门成立了由１２人组成的“研究廉正委员会”，成为防范科研中越轨行为的联邦机构。
越轨的社会控制的适度性
虽然对越轨的正式控制不可避免，但过分的干预也会造成科学共同体的不满，因此有必要在科学与社会互动间保持适度的张力。除了科学共同体的努力之外，也要在科学共同体和直接相关的组织如政府、产业界找到减少直接干预的方法，要在科学共同体与社会其他各间接相关的职业群体如司法界、教育界、医疗界、文化界之间找到理解的途径，要在科学共同体和社会大众之间找到相互沟通的桥梁，这样，一方面可以改善科研环境，减轻科学共同体面对社会的压力，减少科研越轨发生的机会；另一方面可以促进社会对科研活动的基本特征的真正了解，从而制定出预防和处理越轨的合理办法。
通过减少非正式科学家的数量来缩小科学家队伍。例如，现在科学家队伍的扩大除了科学学科分化的原因外，也在于正式科学家雇佣了一大批临时性助手、博士后研究人员和博士生等非正式编制的科学家，这不仅造成了正式科学家对非正式科学家的依赖和剥夺，也造成了非正式科学家对正式科学家资源的占用。
减少科学家与商业利益的直接接触。禁止一些著名科学家利用特殊身份参与商业性活动，比如做广告、参与产品促销活动；限制非企业的科研人员尤其是接受政府项目资助的科研机构的科研人员、接受国家自然科学基金资助的科研人员，参与企业的商业活动。
缓解科学家出成果的压力，尤其在基础研究方面。例如，对自然科学基金项目可以建立科学家的诚信制度，放开对诚信好的科学家在发表论文的时间和数量上的限制，对其成果免予鉴定。
政府部门、产业界最好不要直接奖励科学家，把奖励的权力放给第三方。例如，政府、企业可以设立奖励基金，建立民间奖励组织，由相关科学家组成评选委员会，从而避免政府、企业对科研活动的直接干预。
定期举行有企业界、政府管理、司法机构等人员参加的科研情况通报会，加深相互的沟通了解，这样即使出现了科研越轨，相关部门也能够及时掌握越轨的基本情况，做出恰如其分的判决。
对于情节严重的越轨者，科学共同体要实施类似体育界处理兴奋剂事件的行业禁止行为。例如，剽窃论文者在３年内不允许在学术刊物上发表科研论文，伪造数据者在３年内不得在科研单位继续从事科研。
美国学者布劳德和韦德认为，像经济活动中起作用的是“无形之手”一样，科学中起作用的机制是“无形之靴”。它将踢掉科学中所有不正确的、无用的或多余的数据和从事科学活动中的非理性因素、偏见、人情等，最后使科学获得客观的本质。这只无形之靴就是时间。然而，等待只不过是被动和消极的行为，在科学日益被社会关注和牵连的今天，积极和主动的社会控制是不可或缺的。在尊重科学共同体的内部控制的同时，采取必要的外在社会控制，将有助于减少科研越轨行为，使科学能保持在正常的轨道上运行。
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