就在中央研究院改编之前，4月1日晚王实味在延安那场“抢救失足者”运动中被康生下令逮捕，关押在枣园后沟的西北公学。
王实味被捕后，毛泽东明确指出：“对王实味不要杀，中央社会部对王实味的审讯不再追究“特务”、“反党集团成员”等莫须有的罪名，而只是在“托派”问题上动脑筋。据当时提审王实味的凌云回忆，第一次审讯是王实味被捕不久，在枣园后沟中央社会部拘留所进行的。王实味进门后，对任何人不予理会，径直走到挂着列宁像的墙前，深深鞠了一躬。对王实味，在“抢救失足者”运动中采用的逼、供、信等手段及酷刑都没采用过。提审常常变成王实味一人在那里大发宏论。
作为提审人与材料汇总人，凌云记得王实味自己承认参加过托派组织，在中央社会部工作过的叶成章也记得王实味的千部履历表中填有“参加托派组织”字样。但这些材料在中央撤离延安时被焚毁；凌云也不否认这有王实味出于对审讯不耐烦而顺口乱认的可能。
岁月如流。
与王实味一同逮捕的二百多人在此后的甄别平反中不断离开，而他仍关押在中央社会部。
1943年夏末，包括爱泼斯坦在内的中外记者团应毛泽东之邀访问延安，曾请求会见王实味。负责接待工作的王震应允，几周后，王实味就被带至记者们面前。他只是在记者面前反复承认自己是个“托派”。
不久，国民党利用王实味案在西安精心策划了一场“追悼活人”的闹剧。他们组织追悼会，悼念“被中共迫害致死的王实味等”。次年五六月，又一个中外记者团访问延安。当时在国民党中宣部任职的北大毕业生杨西昆随团访问，于是范文澜任会长的“北大同学会”邀请杨西昆举行座谈会。
座谈会共有二十人参加，当介绍到王实味时，杨西昆大吃一惊。王实味当场发表即席演说，大意是说，他在延安犯了错误，但生活得很好，而西安却说他被迫害致死了。谁无父母，谁无妻儿？要是他的亲友知道了，该有多么焦急难过？由于国民党的封锁，他与家人都无法通信。因此希望杨同学回去，利用工作方便，帮助说明他的真相，他将十分感激。
当时参加记者团的《新民报》记者赵超构也会见过王实味：
有一天下午，交际处通知我和国民公报记者，请我们到文协晚餐，到那边的时候，有一个瘦长的男人和丁玲一同出迎，介绍过来，才知道就是王实味。这种意外的会见，颇使我一时失措，因为我想不出适当的话来和他交谈。谈《野百合花》吧，我深恐有伤他的自尊心，可是当我们坐下来的时候，王实味却先开口谈起他自己的事情来了。谈话的神情完全像演讲，时刻舞着手势以加强他的语气，说到他过去的“错误”，他的表情严肃到可怕。有时，竟是声色俱厉的。谈话继续了一小时之久，我好几次打断他的话头，因为我觉得这种话在说者与听者两方面都会感到不舒服。最后我们才慢慢谈到文艺上去。我试提他过去翻译的几本小说，他似乎稍微发生了一点兴趣，但当我劝他回到文艺岗位来，再从事翻译工作的时候，他的情绪忽然又冲动起来，坚决地说：“不，我现在正对政治发生兴趣，以后还是要参加政治工作的。”问到他最近的生活，据说还“在休养中”。据我的观察，他的精神上所受的刺激，就在和我们会面的时候，也还是掩饰不了的。要说《野百合花》事件在他心理上没有留下一点创伤的疤痕，那是不可能的。
可以看出，王实味无论与国民党官员或记者会谈，内容都是早已安排好了的。
王实味身患肺病有年，在近四年的囚禁生活中，他确实没有像其他犯人那样养猪、种菜、纺线、进行劳动改造，或许他对赵超构所言的“在休养中”也是实情。然而他不断诉说自己“不是托派，不是特务”，但是在四十年代谈托色变的延安，中央社会部部长康生一手定案，翻案谈何容易。
1946年，对王实味重新审查的结论仍是：“反革命托派奸细分子。”
1947年3月，延安保卫战拉开序幕。“托派分子”王实味没有遇到特赦的幸运，他也得离开延安，与中央机关一起向黄河以北撤退。
春寒料峭。春的讯息还没到来，满树黄叶飘飞，满地枯草焦黄。谁也料想不到王实味这一程竟是踏向死亡的人生隧道。
4月16日，王实味与两名中央社会部押送人员一道到达了目的地－－设在兴县城郊的晋绥公安总局的一个看守所。
到看守所后，押送人员告知王实味是中央社会部的犯人，随后又留下一份1946年关于王实味的甄别材料、一份王实味在押送途中的表现记录情况就走了。
晚上，收押登记时，王实味对看守所的工作人员说：“我是犯了错误，我犯了刘少奇同志《论共产党员的修养》上的二、五条，即不能拥护真理和容忍、委屈求全，所以改名王二五。但，我决不是托派。”
当工作人员告诉他这里是看守所时，王实味仍侃侃而谈，他说：
“我向记者承认自己是托派，是被迫的，是自我牺牲。”
对王实味这些言论，看守所的工作人员找他谈过两次话，要他好好改造，不要翻案。之后，王实味又写出材料，承认自己的托派问题，他还写信给甘露和谭政文等，要求工作。
不久，国民党军队进一步进逼。作为晋绥根据地中心的兴县地区遭到轰炸。
6月12日，王实味所在的看守所遭到炮弹袭击，看守所需要转移。晋绥公安总局于次日给中央社会部写了一份报告，请示对王实味的处置办法。这份写给中央社会部的报告，根据中央社会部押送人员此前的交待及王实味的表现，提出请示；
我处审讯科昨日被蒋机轰炸，急于搬家，对王实味究应如何处置，望速来信告知！
报告被快速送往距兴县六十公里的临县中央社会部驻地，很快被批回，指示将王实味就地秘密处死。
晋绥公安总局审讯科于7月1日夜将王实味提出，砍杀后置于一眼枯井掩埋。
次日，审讯科将执行情况向总局作了汇报，同日，晋绥公安总局也向上级作了一份书面报告，其中写道：
………根据王实味的罪恶及表现，实属无法改造，故请示处决，批准后，我们于昨夜在兴县将王秘密处死。
今生今世，山河岁月。
王实味就这样结束了他四十一年的生命历程。
十一届三中全会后，刘莹看到了弄请王实味问题的希望，1979年盛夏，73岁的刘莹只身来到北京，向党申诉。
从1979年到京城上访，转眼间又是十年，刘莹老人双鬓已满是白发，生命已至暮年，老人一定要等到丈夫平反的那一天，她也坚信，历史的陈案，今天都会一步步得到澄清。
她只有不断地上诉，耐心地等待。
1990年4月，公安部两位同志风尘仆仆赶到车城（湖北十堰），他们带来一份平反决定的初拟稿，征求家属的意见。
12月的一天，天上细雨纷纷，儿子王旭枫所在的二汽四十九厂领导派一辆小车将刘莹及家人接到厂部。
这里坐满了人等待他们到来，公安部的二位同志和湖北公安厅、十堰市公安局领导，二汽领导都已在座。
公安部同志向人们宣布为王实味平反的决定。
刘莹老人平静地听着，似乎岁月的沧桑已磨平了她对敌人的情感，只是年已五十五岁的儿子止不住流下眼泪，他说这是他一家人最快乐的日子……
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