据南方周末16日报导，当公众从空难初发时的震惊中醒来，当事故进入既定的调查程序之后，当社会舆论渐渐恢复理性之时，中国民航业的深层次矛盾便渐次显现出来。
5月14日，一位不愿意公开姓名的民航业内人士直言不讳地表示，一些国有企业的毛病，什么机构臃肿、人员超编、人浮于事、效率低下等等，民航系统的企业个个都有，而且还更严重。”相关人士透露，国内很多航空公司都不同程度地存在着飞行员超编现象。
据了解，香港国泰公司飞行员与乘务员之比是1∶5,中国国际航空公司的飞行员大约有1400名，乘务员1700人左右，两者之比1∶1.2。国航是中国大陆排名最靠前的航空公司，被认为是中国民航业的一个缩影。
在民航院校就读四年的学生，花费昂贵，直属公司必须接收，直接后果是飞行员的待遇难以提高。据称，这是制约飞行员工资长期偏低的根本原因。其次，不利于人才成长。每年分配到直属航空公司的毕业生如果安排到一些规模小的分公司，第一年就甭指望上机学习，而是先在地面空勤实习一年。
更有国航内部人士透露，未升上机长的年轻飞行员(工作5年以内)，收入非常低。而若干年前，当他们兴高采烈地走进航校时，就已经对将来的高收入形成了强烈的心理期待，但是，如今事与愿违，菲薄的待遇令他们难以平衡，于是，这部分占飞行员总数近3成的员工就成为一个心态特殊的群体。
比飞行员超编更为严重的是地面行政、后勤人员与一线人员(机组、乘务和机务)的比例严重失衡。一位在国航工作了8年的员工说：“连飞行员都超编，其他工种可想而知。”
冗员过多、难以精简的重要原因：裙带关系。由于几十年来民航有着其他行业羡慕的优厚收入，很多人便托亲拜友靠关系挤了进来，加上内部用人制度的封闭保守，子承父业，甚至孙承子业，裙带风气一直蔓延不散。
5月15日，一位不愿意公开姓名的业内人士写信说：由于种种众所周知的原因，民航内部关系错综复杂，大多都是家族式，新鲜血液较少。即使有优质的血液，也很难得到合适的位置。据我所知，很多大学毕业生分配到民航后都不能展示自己的能力，只能从事诸如柜台接待、售票、换飞机零件等简单而重复的工作，而且极少能通过自己的努力得到提升。于是很多人在工作一段时间后，在熟悉掌握了工作技能后都选择了跳槽去外航。可以毫不夸张地说，中国民航已成为外航的人才培养基地。我认为一个企业如果不注重企业文化，不提高员工的满意度，不为员工提供发展机会，它是没有前途可言的。”
国航目前最大的矛盾是一线员工和中间层某些人员的矛盾。由于中间阶层某些人员立足于维护自身利益，往往使公司自上而下的改革有始无终，或者中途走样。更为尴尬的是，由于“平均小时费”的存在，使得这部分管理层结成了一个不愿打破陈规的“既得利益集团”。
所谓“平均小时费”，就是只面向原先做过飞行、乘务，后来改行进机关，成为干部和管理人员(专称“机关空勤”)的一种待遇。具体而言，就是只要他们每个月登机一两次，驾机一次或者再做一次乘务，就可以拿飞行员收入的平均数，金额为5000元左右。
国际上也有此惯例，但只允许飞行检查员享受；而在国内航空公司，这种特殊“福利”的普及面太大了，成了一种“不合理的怪现象”－－－“凡是从国航的机组和乘务出来的，不管是在飞行总队、大队还是中队，都不会放弃平均小时费。”不放弃，每个月就必须安排他们登机。
据了解，就是在国家民航总局，也有“机关空勤”，主要集中在飞行监管部门，他们中是否有人不再适合此项收入，“没有人追究”。
这样一个“官僚”群体的存在，这种飞得少却拿得多的分配“规则”，对于真正处于第一线的员工，对于利益的公平分配，进而对于管理层与员工间的关系，意味着什么，不言而喻。
维持民航总局和直属航空公司之间婆媳关系的手段有两个，一是总局直接控制航空公司的产供销和人事关系管理；二是由民航总局通过对油料、航材、计算机结算等系统的垄断经营，对航空公司实行间接控制。这样的结局是下属公司没有成长为真正市场经济意义上的企业，而民航总局也挨累不讨好，屡遭世人诟病，机票市场混乱不堪即是明证。
