中东极端团体
中东地区的恐怖主义团体很可能成为美国当局调查的主要对象。据法新社引述伊斯兰教激进团体吉哈德运动高级官员的话说，这些恐怖袭击事件是美国中东政策造成的后果。
纽约世界贸易中心大楼遭受恐怖主义袭击已非首次。1993年2月，一颗炸弹在世贸大楼地层的汽车停车场爆炸，造成6人死亡，上千人受伤。
穆斯林盲人阿布拉曼在1995年因策划爆炸世贸中心和联合国大楼而被判监禁。
本拉登
然而，策划这些爆炸事件的罪魁祸首和幕后策划者则很可能是遭到美国通缉的最大嫌疑犯本拉登。
在当局对周二的恐怖主义袭击事件展开调查时，本拉登显然将成为重大嫌疑。
美国驻肯尼亚和坦桑尼亚使馆在1998年被炸，美国也指责是本拉登幕后策划所为。
对参与爆炸事件的四名男子的审讯会获悉，他们参与了本拉登所领导的杀害美国人的恐怖袭击活动，而本拉登是幕后指挥。
2000年10月，美国一艘战舰在也门港口停泊时遭到炸弹袭击，美国当局也认为是本拉登干的。尽管当局没有找到相关联系，但据称本拉登在事后对这次袭击表示了称赞。
1997年3月，在接受美国有线电视台记者访问时，本拉登警告说，如果美国政府真想避免美国国内出现爆炸事件的话，美国就应该“停止对穆斯林的感情进行挑衅”。
外国恐怖组织
尽管如此，美国仍不断受到来自其它外国团体的恐怖主义袭击。当泛美航空公司103航班在英国洛克比镇上空爆炸后，对嫌疑人的审判使人们将注意力转移到了利比亚的卡达菲上校身上。
1983年，美国海军陆战队位于贝鲁特的军营遭到自杀炸弹袭击，造成240多名美国军人死亡。
然而，美国的恐怖主义袭击事件并非都来自国外组织。当俄荷拉荷玛城联邦大楼炸弹事件发生后，美国当局曾以为是中东极端分子干的，但后来证实，这是一位对当局不满的美国年轻人麦克维干的。
麦克维被美国联邦政府视作个人自由的敌人，他曾发誓将为此展开斗争。
英学者警告
英国布拉德福大学教授罗杰斯警告说，不能轻易假定中东极端主义人士是这次悲剧事件的幕后策划者。
但一个自称是代表“巴勒斯坦民主解放阵线”组织的人士对阿布达比电视台说，这次事件是该组织干的。
然而，该组织一位高级官员随后否认是该组织干的。“巴勒斯坦民主解放阵线”也否认了这种说法。
