1948年底，國民黨輸成定局，只好退守臺灣。國民政府發出訓令：「科學教育界能搬遷的人、財、物盡量搬遷，先以臺灣大學為基礎，而後慢慢站穩腳跟，以達‘求生存、圖發展’的目的」。在蔣介石的直接領導下，時任國民政府教育部長朱家驊和傅斯年、杭立武、蔣經國、陳雪屏等要人於南京緊急磋商謀劃了「平津學術教育界知名人士搶救計畫」細節辦法，並擬定了「搶救人員」名單。
按照蔣介石的指令，此計畫中以下學人是要必須「搶救」出來經南京送赴臺灣的：一是大陸各大專院校的負責首長；二是原中央研究院院士；三是因政治原因必須限令離開大陸的高級知識份子；四是在國內外學術上有傑出貢獻者，等等。於是，一份經傅斯年、陳雪屏和蔣經國三人共同商議擬定的「搶救」的名單很快出爐了，名單上幾乎全是清一色當時國內卓有成就的傑出知識份子。
由於胡適在中國政學兩界影響巨大，共產黨方面也加緊了對他的統戰工作。早些時候已棄教職出走清華園的吳晗，指派嫡系找到胡適密談，勸他留在北大，不要跟著國民黨。
胡適回答：「不要相信那一套！」並讓來使告訴吳晗三句話：「在蘇俄，有麵包沒有自由；在美國，又有麵包又有自由；他們（中共）來了，沒有麵包也沒有自由。」
高層沒有放棄，改為直接向胡適喊話。據時任北大教授兼東方文學系主任季羨林回憶，「我到校長辦公室找胡適，商談什麼問題。忽然撞進來一個人——我現在忘記是誰了，告訴胡適說「解放區」的廣播電臺昨夜裡專門給胡適的一段廣播，勸他不要跟著蔣介石集團逃跑，將來讓他當北京大學校長兼北京圖書館館長。我們在座的人聽了這個消息，都非常感興趣，都想看一看胡適怎樣反應。只見他聽了以後，既不激動，也不愉快，而是異常平靜，只微笑著說了一句：‘他們要我嗎?’短短的五個字道出了他的心聲。看樣子他已經胸有成竹，要跟著國民黨‘逃跑’。」
1948年12月14日，蔣介石兩次親自打電報催促胡適飛南京，並派專機迎接。胡適臨行前，派人勸好友、輔仁大學校長、與陳寅恪齊名的史學大師陳垣同機飛南京，陳垣不從。不但陳垣不從，胡適的小兒子胡思杜也表示暫留在親戚家，不隨父母南行。這一拒絕讓胡適夫婦大為吃驚。
在北平的大多數卓有成就的傑出知識份子人各有志，許多人不準備去南京跟蔣介石赴臺，而是願意留在大陸。1948年12月14日，「搶救大陸學人」的飛機在北平南苑機場等候了兩天時間，才有胡適、陳寅恪、毛子水、錢思亮、英千里、張佛泉等少數著名教授登機，大部分機艙座位都被空閑著。12月21日，第二批被「搶救」的學人也只有清華大學校長梅貽琦以及李書華、袁同禮、楊武之等20幾位教授。到達南京後的梅貽琦，當著蔣介石的面似乎該為不能多載幾人前來南京而表示惋惜。
據中國科學院估算，當時散居海外的中國科學家大約有5000餘人，到1956年底有2000餘名科學家陸續返回大陸，但後來的遭遇大概是他們沒有預料到的。
留守大陸學人的結局
那麼那些留在大陸的學人們，等待他們最後的結局是什麼呢？
一代大師陳寅恪：
他學貫中西，通曉十餘種語言，甚至包括梵文、西夏文和突厥文，被稱為「中國最博學之人」；文革開始後，他家被大字報覆蓋，遠望如白色棺材；紅衛兵還把幾個高音喇叭放於其床頭，使雙目失明且患心臟病的他徹底崩潰。去世前一天下午，氣脈已竭的他還要「口頭交代」，他說「我如在死囚牢中」，留下了「涕泣對牛衣」的詩句。
曾昭掄：
曾國藩侄重孫，與妻子俞大絪，都是民國知名學者，1949年兩人滯留於香港，蔣介石欲搶救二人去臺灣，兩人斷然拒絕，歸來報國。文革時紅衛兵將俞大絪教授上衣剝除，用皮帶死命抽打，俞教授悲憤難抑，是夜仰藥自盡。4個月後曾昭掄也被含冤折磨死，興盛百年的曾氏傳承，至此香斷。
胡思杜：
胡適幼子。北京淪陷前夕，蔣介石派專機接胡適，胡思杜不願隨行，說：「我又沒有做什麼有害他們的事，他們不會把我怎麼樣。」1950年，胡思杜發表《對我的父親胡適的批判》，罵胡適是「帝國主義走狗及人民公敵」。1957年，胡思杜被劃為右派，「畏罪上吊自殺」。胡適直到1962年病逝也不知其子已先他而去。
大師吳宓：
1966年「文革」中，吳宓被打成「牛鬼蛇神」和「反動學術權威」被關進「牛棚」，成為重點批鬥對象，戴白紙高帽遊街示眾，接受造反派的打罵與侮辱。其間，大量日記、文稿、藏書遭到洗劫。在一次批判大會上，已經72歲的他被勒令下跪，跪了兩個多小時。批鬥會結束後，有人偷偷問他身體可吃得消，他說「跪著比站著好些」。到批林批孔時，吳宓不肯批判孔子，說「沒有孔子，中國仍在混沌之中」，並說「寧願殺頭也不批孔」，被打成「現行反革命」。
陳夢家：
新月派詩人，後專心於史學，古文字學家、考古學家，曾任教於西南聯大、芝加哥(專題)大學、清華大學。1951年經歷思想改造運動，遭猛烈抨擊，1957年被劃為右派，是史學界五大右派之一，妻子被批判至精神分裂。文革初遭殘酷批鬥，他說:「我不能再讓別人把我當猴子耍了」，1966年9月3日自縊，年僅55歲。
劉盼遂：
北師大中文系教授，著名古典文學專家、古典文獻學家、語言學家。1925年，清華國學研究院第一屆招生，以一甲名次考入，師從王國維、梁啟超、陳寅恪。1928年畢業後執教於北京女師、清華大學、燕京、輔仁大學。46年起任北師大教授。1966年8月被紅衛兵打死。
王榮瑸：
潛艇專家、船舶工程專家，第一代潛艇研發核心，曾在英德美三國學習，1949年積極參加「反搬運反疏散反破壞」鬥爭，留住了許多本想前往臺灣的技術人員，1969年被打為走資派、反動學術權威、美蘇雙重特務，關入牛棚，遭殘酷批鬥和抄家。1938年冒生命危險從德國帶回國的潛艇資料底片也被抄走遺失。
漫畫大師豐子愷：
1975年9月15日，含冤去世。他在文革中被誣為「反動學術權威」、「反革命黑畫家」，遭嚴重迫害。如《昨日豆花棚下過，忽然迎面好風吹》一畫，被認為是歡迎蔣反攻大陸。「好風」者，好消息也。《炮彈作花瓶，人世無戰爭》本倡導和平，結果被認為是迎合日本帝國主義和國民黨反動派的需要。
蕭光琰：
化學家。中共建政後最早從事石油化學研究的科學家。他1920年就移居美國，讀了博士並工作。1949年，他花幾千美元購買翻印器材，花一年時間蒐集、翻印和整理他認為祖國需要的資料，然後幾經波折回到國內，在文革中被關押，遭遇日以即夜的殘酷毆打和侮辱，後自殺身亡。三天後，其妻子和15歲的女兒自殺。
董鐵寶：
力學家、計算數學家，中國計算機研製和斷裂力學研究的先驅之一。抗日時曾冒著日軍轟炸參加搶修滇緬公路橋樑，1945年赴美獲博士學位，後參與第一代電子計算機eniac的設計編程。1956年放棄一切，繞道歐洲，花費三個月輾轉回國，任教北大，在1968年清階運動中被指控為特務，隔離審查，上吊身亡。
周壽憲：
1951年26歲時在美國獲博士學位，並留美從事研究工作，1955年衝破阻撓回國，任職於清華，參與籌建計算機專業，是中國計算機科學的創建人之一。文革中被送到江西鯉魚洲清華五七干校，被長期摧殘後患上精神病，但軍宣隊員說他是裝的，常拳打腳踢謾罵侮辱，後因病情嚴重送回北京，1976年跳樓自殺。
虞光裕：
中國航空科學元勛，曾在美國和英國飛機工廠從事設計工作。1949年拒絕赴臺，輾轉香港和南朝鮮(專題)，歷時三個月艱難回國。1956年成功主持研製中國第一臺噴氣發動機，並主持建設中國第一個航空發動機試驗基地。文革遭迫害，在車間勞改，拆卸舊鍋爐時被跌落的通風管道砸死。
錢晉：
1944年畢業於北大，領導研製成功多種高級炸藥、塑料粘結炸藥，為兩彈一星的研製作出巨大貢獻。文革時被打為反革命，被逼交代子虛烏有的「國民黨西北派遣軍」問題。當時有兩個口號：「會英文的就是美國特務，會俄文的就是蘇聯特務」，錢晉拒不承認自己是特務，結果被活活打死。
詹安泰：
古典文學家，書法家，詞學造詣最深，有「南詹北夏，一代詞宗」稱譽，任教於中大。1957年被打為右派，文革遭批鬥，多年文稿被燒燬，其子曾每天偷藏幾張手稿帶出去埋在地下，保住少數心血。1967年4月淋巴癌復發，醫院不肯醫治，淒涼離世，家人隨後被中大趕至集體宿舍居住，其兩室藏書後被賤賣。
董堅毅：
哈佛大學博士，52年回國，55年支援大西北。57年被定為右派送夾邊溝勞教。60年飢荒襲來，董亦不能倖免。其妻顧曉穎（也為留美生）來探視，待尋得其遺體時，週身皮肉已被割食一空，僅剩頭顱掛在骨架之上。夾邊溝勞教人員2800多人，餓死2100多人，死難者掩埋草率，纍纍白骨外露綿延兩公里。
