章太炎（網路圖片）
1936年6月7日晚飯後，章太炎遵照醫生的囑咐，在夫人湯國梨的攙扶下，繞著住宅散步，不料突然昏倒，湯國梨連忙喊人抬到臥室，並派人立即到博習醫院請主任醫師、美國人蘇邁爾診治。在醫生的搶救下，太炎先生儘管脫離了危險，但卻躺在床上起不來了。6月13日，章太炎突發高燒，體溫竟達40度。14日凌晨，從口中吐出鼻菌爛肉兩塊，病情已至彌留狀態。
湯國梨、李根源（民國元老、同盟會員、章太炎國學講習所的資助者）、蘇邁爾醫生圍繞在病人周圍。章太炎臥室門外的空地上，高高低低跪著國學講習會的學員，他們每人手中舉著一支點燃的香，低聲啜泣著。
7點45分，臥室中傳出湯國梨撕心裂肺的哭喊聲。弟子們知道太炎先生走了，於是，低低的啜泣變成號啕大哭，悲聲震天。
彌留之際，他斷斷續續吐出兩句遺言：「設有異族入主中夏，世世子孫毋食其官祿。」遺言與其父如出一轍。
南京國民黨政府得知章太炎病逝的消息後，於7月9日發布國葬令。在北京，章門弟子馬裕藻、許壽裳、朱希祖、錢玄同、吳承仕、周作人、劉文典、瀋兼士、馬宗薌、黃子通等又單獨舉行了追悼會。他們曾發過這樣一則《通啟》：「先師章太炎發生不幸於本年六月十四日卒於江蘇吳縣，先生為革命元勛，國學泰鬥，一旦辭世，薄海同悲。」
1937年11月，蘇州淪陷，日軍闖入章家後花園內，看到後園內一座新墓，沒有墓碑，懷疑內埋財寶，一定要挖墓看個究竟。章氏留下的唯一一位老家人苦苦勸止，竟遭毒打。虧得有個日本軍佐聞訊趕來，知道這新墓是章太炎的，便喝退了日軍。過了幾天，還親自來祭奠了一番，並在墓旁立了一個木柱，上書「章太炎之墓」幾個大字。從此以後再也沒有日本兵來騷擾。
生前，章太炎曾兩次為自己選擇墓地。民初被袁世凱軟禁時選擇葬在「攘夷匡夏」的明朝劉伯溫墓側。1936年國難危重的時候，章太炎選擇了死後葬於抗清英雄張蒼水墓側。太炎曾替《張蒼水集》作跋，對張蒼水推崇備至，有「余不得遭公，為執牧圉」之嘆。緊依最敬慕的英雄之墓，章太炎大概也能笑慰九泉了。
世人評說：
陳獨秀說章太炎為人非常小氣，朋友向他借錢，償還時付息，他竟受之而無愧色；是一個嗜錢如命的人。在陳獨秀眼中，晚年的章太炎是「文人無行」的典型。
陳獨秀認為：晚年的章太炎，後來給軍閥官僚寫墓誌、壽序一類的東西，一篇文章要五千至一萬銀圓的潤資，變得庸俗了。陳獨秀說章太炎儘管對我國文史有很深的造詣，但有他可笑的偏見，即章太炎認為甲骨文是宋朝人的偽造。由此看出章太炎對於甲骨文和新興學術的無知。
「中華民國」這個名稱乃是章太炎首先提出建議的。
徐復觀：看過他（章太炎）的《國故論衡》之類，總是在懂與不懂之間表示一種莫名其妙的敬佩。一九四四年，有一次和熊十力先生談天，熊先生說章氏除了文章寫得好，及懂一點小學外，並無學問。又聽說熊先生在杭州時看到章氏談佛學的文章，批上「爾放狗屁」四個大字，引起了我對熊先生的若干反感，覺得這是熊先生的自處過高。後來買到一部《章氏叢書》，從頭到尾看了一遍，又覺得熊先生的話實在說得不錯。有一次，我和牟宗三先生談：「想不到章太炎先生對中國傳統思想的瞭解，是如此的幼稚。」牟先生當時也很不以我的話為然。去年暑假中，牟先生從孫克寬處借了章氏的著作去看，之後對我說：「果然太幼稚了。」……因此，以章太炎先生為一標誌，講中國文化的人，早已經講到絕路上去了。所以幾十年來，對中國文化的贊成或反對，都是在一條黑巷子中混戰。……指出章氏對中國文化之實無所知，因而他是一個極為有害的國學大師的偶像，這是完全正確而且值得提出來的。
歷史學家侯外廬說:「章太炎對於中國學術文化遺產的論述十分豐富。他是古經文學派最後一位大師，同時又是儒家傳統的拆散者。他的思想的發展變化及其矛盾的性格。」
吳佩孚論康有為、章太炎優劣：「皆我好友也。性格相似，而成就不同。南海年高，保皇之魁率；太炎年幼，才氣縱橫，非南海以下之空閑所能容，遂激越而入革命。使其易地而處，南海可為太炎，太炎亦可為南海。而良人逝後，中國不復有文學之士。兩人弟子雖眾，乃無足承其業者。」或又問其太炎弟子魯迅如何，佩孚默然良久曰：「吾不讀民國以後書。
辛亥革命的元老馮自由為章太炎書寫輓聯一首，對其革命功勛大加褒揚：大軍已潰八公山，憐當局責重憂深，雪恥不忘王丞相。與子昔倡亡國會，嘆此日人凋邦萃，傷心重作漢遺民。
昔日北洋軍閥的大將陳宦也親作輓聯，寄往蘇州，聯曰：囊括大典，整齊百家，否歲值龍蛇，千載修明君比鄭；人號三君，國推一老，抗顏承議論，世間北海亦知劉。（上聯稱讚章之學問堪與東漢末年的大儒鄭玄相媲美，下聯則認為章之錚錚鐵骨絲毫不讓三國時直言犯曹的北海太守孔融。）
章門眾弟子中，屬錢玄同的一幅輓聯寫得最為精彩：纘蒼水寧人太沖薑齋之遺緒而革命，蠻夷戎狄矢志攘除，遭名捕七回，拘幽三載，卒能驅逐客帝，光復中華，國人云亡，是誠宜勒石紀勛，鑄銅立像；萃莊生荀卿子長叔重之道術於一身，文史儒玄，殫心研究，凡著書廿種，講學卅年，期欲擁護民彞，發揚族性，昊天不吊，痛從此微言遽絕，大義莫聞。
