藏經洞封閉假說
避難說
藏經洞在封閉近千年後才得以現世，法國人伯希和根據洞中所藏沒有西夏文文書，而其他文書後者為宋初，即公元976-983至995-997年，提出在11世紀前半期，僧人為躲避西夏入侵敦煌，而將所藏經典搬入藏經洞並封閉之。
又有一種說法是11世紀初伊斯蘭教的東侵致使藏經洞封閉。景德三年（1006），信奉伊斯蘭教的黑韓王朝滅掉于闐佛教王國，並對于闐佛教以毀滅性的打擊。于闐人東逃帶來穆斯林東進的消息，莫高窟的一些寺院將所得經卷、絹畫等珍貴物品封存洞中（今藏經洞），並做了必要的掩飾。
廢棄說
英國人斯坦因在他的《西域考古圖記》中，根據他在洞中發現相當數量的漢文碎紙塊、絹畫殘片和絲織品做的還願物等，認為藏經洞是存放這些神聖的廢棄物的地方。一些支持這種看法的學者認為，藏經洞內沒有整部大藏經和其他珍貴物品，大多是殘卷斷篇，而在藏經洞封閉時，敦煌已向內地請求配齊了大藏經，並向朝廷乞求到一部金銀字大藏經，還有錦帙包裹、金字題頭的《大般若經》。如果是避難，那麼這些典藏理應珍藏於石室中。
書庫改造說
這種說法由日本學者籐枝晃提出，他在《敦煌「藏經洞」的一次復原》文中認為，大約公元1000年左右，折頁式的經卷，已從中原傳到敦煌。因閱讀、攜帶方便，受到僧侶們的青睞。因此，將藏書室中使用不便的卷軸式佛經以及許多雜物一併置於石室封閉。
迄今，藏經洞封閉之謎仍無定論。
世界各地的藏經洞文獻
如今，保留在中國的藏經洞文獻僅有15000餘件，且大多數是佛經，其餘皆流失海外。第一個到敦煌獲取藏經洞文獻的是英國的斯坦因。
王道士揭開藏經洞的面紗之後，也曾邀請鄉紳觀看，上告敦煌縣，但都沒有獲得清政府的重視和保護。加之王道士一心想籌款修復敦煌石窟，正如斯坦因在他的《西域考古圖記》中寫道「他（指王道士）將全部的心智都投入到這個已經傾頹的廟宇的修復工程中，力圖使它恢復他心目中這個大殿的輝煌。」而修復工程巨大，全靠王道士四處化緣、募得錢財來解決，其間的艱辛是可想而知。在獲得王道士的信任後，自1907年，斯坦因先後三次從王道士手中買下大量的文獻，成為獲取藏經洞文獻最多的人。這些文獻在1973年英國圖書館獨立後，入藏於東方寫本與印本部。
緊接著，精通漢文及數種中亞語言的法國人伯希和於1908年也來到敦煌，以一口流利的漢語獲取王道士的好感。時值王道士又需要資金修復洞窟，便同意以藏經洞文獻和伯希和作交易。伯希和雖然比斯坦因晚到一年，但由於他擁有豐富的漢學知識，他所獲取的文獻在數量上不如斯坦因，但卻是最精華的部分。現存巴黎的法國國立圖書館。
隨後，日本人大谷光瑞組織的探險隊獲取敦煌文獻約數百卷，最初收藏在其別墅二樂莊，後因財政原因，逐漸散落在旅順、首爾、京都等地。1914年8月，俄國人鄂登堡率團來到敦煌，此時藏經洞的文獻已所剩無幾，鄂登堡收購了王道士私藏的剩餘部分和散落在敦煌私人手中的文獻，雖然大部分為碎片，但總數有12000多片，現藏於聖彼得堡冬宮亞細亞部。
結語
藏經洞中的文獻數量龐大，內容豐富多彩，不愧為「中古時代的百科全書」。由文獻的語言多樣化可見，歷史上多個民族的信仰和文化都曾在敦煌交匯。而藏經洞的封閉之時也正是敦煌石窟經歷隋唐的輝煌，以及吐蕃、歸義軍時期的保持，而即將走向衰落的時候，令人不由得感到「冥冥之中」的天意。在封閉近千年後，藏經洞又奇蹟般地被一個道士發現，從而重見天日，而那時中國正處內外交困之中，在各種機緣之下，洞中的文獻散落到世界各地，從而使敦煌中保存的中華燦爛文化藝術隨即聞名世界，這難道又是另一種天意的安排？
文物流失自然令國人痛心，但從另一個角度看，敦煌正是通過藏經洞文獻的流散而為中外學者關注，世界也逐漸認知了東方文化。再者，從上個世紀50年代起到「文化大革命」，在敦煌的和尚、道士、尼姑等被要求還俗，敦煌的藝術研究者也被要求開荒勞動，常書鴻等人的藝術研究工作陷入停頓。文革中，常書鴻被打為「反革命」分子、走資派，留所（敦煌文物研究所）監督勞動，包括進行餵豬等勞動。這些風雲迭起的政治運動又阻擋了多少研究的進程，毀壞了多少珍貴的歷史文物，停滯不前的不僅僅是一門敦煌學。
也許有一天，散落在各地的敦煌文獻和文物又會在機緣巧合下，彙集在一起，從而將一個真實的敦煌展現給世人。
