在蘇軍的幫助下，武裝的東突暴亂分子1945年攻陷新疆伊寧，隨即對漢族人展開了大規模的屠殺，遇害人數達2萬至7萬人。「他們瘋狂的砍殺追打漢人，街上漢人的屍體堆積如山」一位倖存者口述。1949年中共稱讚東突：「你們多年來的奮鬥，是我全中國人民民主革命運動的一部分。」同年12月，曾屠殺數萬漢族平民的「東突民族軍」被編入中共解放軍第五軍，其首領被中共授予少將軍銜。
在抗日戰爭時期的1944年，新疆北部伊犁、塔城、阿勒泰「三區」在蘇聯軍事支持下，爆發武裝分裂暴動，並在新疆建立割據勢力，宣稱為「東突厥斯坦共和國」，中共稱之為「三區革命」，但被普遍稱為「三區叛亂」。
宋紫鳳在《白楊樹下的物語》一文中提到，「東突」，這個詞近年來常被中共作為恐怖勢力而提到，而對於北疆小鎮上那些老人們來說，在他們的印象中，那個東突本應該算是共產黨的盟友。因為東突厥斯坦共和國正是當年在中共和蘇共的支持下，在這裡成立的。
前蘇聯在1930年代至1940年代，多次試圖吞併新疆地區，企圖將其改為「東突厥斯坦蘇維埃社會主義加盟共和國」。為此，蘇聯扶植了很多新疆民族主義和共產主義團夥，並積極尋找在新疆的代理人。
由於盛世才奉行親蘇政策，在得到蘇共的支持後，他在1934年當選新疆省主席，並藉助蘇聯的力量驅逐南疆張培元、北疆馬仲英，成為「新疆王」。
到1942年蘇聯野心畢露，盛世才察覺蘇共企圖推翻新疆省政府，分裂中國領土以建立蘇維埃政權，他隨即與蘇聯決裂，轉投中華民國政府。1943年1月，盛世才奉中華民國政府之令，要求蘇聯撤出在新疆的駐軍及其機關，但蘇聯反駁這是「非法且仇視的行為」。
1944年統治新疆達十年的盛世才，被民國政府調離，赴重慶任農林部長，改派吳忠信出任新疆省長。盛世才離疆後，新疆出現權力真空，盛世才時期新疆民族問題以及與蘇聯關係的惡化由之而曝露，新疆境內的少數民族開始爆發暴亂。
在抗日戰爭最關鍵時期的1944年秋，在蘇聯支持下，伊犁、塔城、阿勒泰爆發武裝叛亂，極端民族者以「殺回滅漢」為口號，並宣佈成立「東突厥共和國」，中共稱讚為「三區革命」，外界則稱「三區叛亂」。
1945年，東突武裝暴亂勢力攻陷伊寧後，即對漢族人展開了大規模的血腥屠殺，遇害人數高達2萬至7萬人，然而，當時中共卻對此稱之為「三區革命」，給予了東突暴亂很高的評價。「街頭巷口到處都是面孔生疏的維族人和哈薩克人，他們瘋狂的砍殺追打漢人，街上漢人的屍體堆積如山」——倖存者口述。
叛亂髮生後，1944年9月民國政府出兵平亂，但由於當時正處國內抗戰艱苦時期，東突又得到蘇聯強有力的軍事支持，因而民國政府難以對新疆進行大規模軍事行動。出兵平亂的同時，民國政府與蘇聯、東突展開了談判斡旋。
民國政府最終於1946年4月重新控制了新疆的局面，與蘇聯、東突制定出十一條和平條款，取消了「東突厥斯坦共和國」的稱號，成立新疆省民主聯合政府。聯合政府的核心層由親蘇派別組成，領導人為阿不都克里木•阿巴索夫和阿合買提江。
毛澤東曾於1949年8月，給東突頭目阿合買提江寫信表示感謝，毛在信中讚揚稱：「你們多年來的奮鬥，是我全中國人民民主革命運動的一部分。」1949年12月，曾經屠殺數萬漢族平民的「三區民族軍」被編入中共解放軍第五軍。毛還表示，「三區民族軍在新疆牽制了近十萬國民黨的軍隊」，而毛指的是在那個硝煙滾滾的抗日戰爭時期。
然而，當今天的中共政權不再需要東突的時候，中共又立刻把早在上世紀就編入共軍的東突軍稱之為「東突恐怖份子」。
也許鎮上的老人們永遠也搞不懂，昨日中共口裡的盟友，今天如何又成了對立。當年的三區「革命者們」，用今天的話講叫「東突恐怖份子」，早已被編為中共的第五軍，而頭人阿巴索夫也在剛一「解放」就「及時」的遭遇了空難，如今，天知道哪裡又冒出個東突。——《白楊樹下的物語》。
原題為：《東突恐怖份子 中共昔日革命盟友(圖)》
