在3月11日中編辦的發布會上，編辦副主任王峰在回答關於鐵道部的債務問題時表示，在改革當中債務怎麼辦，先把政企分開，組建鐵路總公司，這個公司的債務問題留待下一步解決的，包括要盡快進行投融資改革，國家也要對這個領域繼續給予支持。
鐵道部的負債呈連年增加的趨勢，其中長期貸款佔主要比例，鐵道部一分為三後，債務由誰承擔，方案將在部門合併後出臺，這也成為金融界人士關心的問題。
在3月10日分組審議機構改革報告會上，作為召集人的央行副行長易綱首先開腔，他表示，在轉變過程中，原來鐵路建設的貸款和鐵路債一定要在機構轉變過程中落實好。
「比如說鐵路建設的貸款牽扯到眾多銀行，有各個類型的銀行，有全國性的銀行，也有地方性的銀行；有大銀行也有相對的小銀行。在這個過程中一定要把貸款的債權債務關係理清。」易綱表示。
2010年、2011年鐵道部的負債分別為18918億元、24127億元，負債率分別為57.44%、60.63%。進入2012年，鐵路建設固定資產投資仍然沒有減速的跡象。
鐵道部財務報告顯示，截至2012年第三季度，鐵道部總資產人民幣43044億元，總負債為26607億元，資產負債率為61.81%。其中大部為銀行貸款和債券。
同組的全國政協委員、建行行長張建國也表示，這次改革與建行最密切相關的就是鐵道部，並建議後續搞好操作，確保安全，因為鐵道部政企分設影響至關重大。
「由鐵道部改成總公司，涉及到貸款對象、發行主體的變更，後面有大量的工作需要具體協調。我們瞭解可能鐵道部的債務將近2萬億，幾家銀行，給他們的債權都達到2000億，一筆一筆更換名稱、手續，有的債務工具可能還沒有到期，工作量巨大。」張建國說。
另外，幾百萬產業工人的個人金融與社會保障，也需要配套政策。
據張建國介紹，鐵道部隸屬十八個局和各實體機構，整個員工隊伍近200萬，建設銀行曾經和鐵道部合作，給這200萬員工都發放了信用卡，同時銀行還和鐵道部18個部局合作養老金髮放，也涉及到近200萬人。
「這些具體工作我建議中央能給予進一步的支持，搞好操作，以確保金融市場的穩定。」張說。
除了銀行貸款以外，易綱表示還有一個要考慮的就是鐵路債。
「發債融資一直是一個重要的融資方式。雖然機構變了，今後一段時間內鐵路建設的融資問題、鐵路建設仍然是一個重要問題。我國的高鐵、鐵路建設模式應該說在全世界都是獨樹一幟的，並且在全世界速度、里程上都是領先的。今後一段時間這樣一個趨勢，高鐵路網還在建設，所以融資變得非常重要。」易綱表示。
從債務類型來看，截至目前，鐵道部及下屬企業已發行尚未到期的債券總計為7591億元，包括鐵路建設債券6220億元、公司債90億元、中期票據1060億元、短期融資債券221億元。
「鐵道部是我們國家幾十個部委當中除了財政部、央行外，惟一一個享有國家主權信用評級發債的部委。這次操作至關重要。」張建國表示。
「我建議有關部門在機構變化的過程中一定把債權債務關係落實好，使得相關的金融機構、投資主體和市場的公眾有一個穩定的預期，使得我們的債信和評級得到確保，有利於今後我國鐵路建設進一步開展。」易綱表示。
10日上午人大全體會議前夕，鐵道部部長盛光祖接受記者們採訪時表示，鐵路負債該誰還就誰還，目前鐵路系統的資產負債率是61%多，沒有風險，低於國企的平均水平。
「鐵路的債務會由有關部門分辨不同屬性，區分是公益性鐵路還是經營性鐵路，然後按照有關政策法規，認真研究會妥善地解決，請大家放心。」盛光祖說。
「我想落實的具體方案一定是非常穩妥的，只是市場上還有些對這個不確定性的考慮。」易綱說。
