在劉少奇專案組請示報告上，周恩來批示「該殺」。
原屬於劉少奇專案組的絕密件中有兩份原稿，都寫的是給劉少奇定罪的結論，一份由江青主持草擬，一份由周恩來主持草擬，計有四條，是周恩來親筆寫下。比較起來，周恩來給劉少奇定的罪名，要重於江青給劉少奇定的罪名。中共八屆十二中全會關於劉少奇問題的決議，基本上是按周恩來所親筆擬出的結論定調子
八屆十一中全會開幕前的一天，周恩來在7月31日兩次找清華蒯大富談話。蒯大富回憶說：我現場給周總理提供的實際是劉少奇和王光美的材料。蒯大富兩次同周恩來談話共6個小時。蒯大富的告狀，為毛澤東的大字報提供了炮彈，也成了毛整劉的利器，而穿針引線的則是周恩來。以後王光美和清華的所有糾葛都是由周恩來一手控制。包括王光美是否可以去做公開檢查和被清華師生批鬥。
1967年4月1日《人民日報》刊登戚本禹文章《愛國主義還是賣國主義？——評反動影片〈清宮秘史〉》，這實際是把劉少奇定為敵我矛盾的一篇公告。戚本禹說，寫文章是毛澤東在1966年12月26日提出來的，題目是自己定的。文章寫出來之後先請毛主席看，主席看過第一稿就退回來討論。周總理主持中央碰頭會，一句一句念。因為文章較長，討論好幾次。
為了消除群眾對此的疑惑，周恩來在4月6日，4月14日，4月18日，連續向社會、群眾解釋為什麼要集中火力批判「黨內最大的走資本主義道路當權派」。三次講話的主題基本一致，中心思想是：一個人犯了錯誤，如果不改，總是積少成多的。不會是一下子從犯錯誤那天起，就把他的錯誤定下性質。從劉少奇提出「和平民主新階段」到說什麼剝削的功績是「永垂不朽」的，再到劉少奇不贊成農村搞合作社、「八大」報告，劉少奇的錯誤是逐步發展起來的。
周恩來對一同經歷過戰火的劉少奇加以重罪罪名。
劉少奇專案組成立之後，所有關於劉少奇的罪證材料能否上報都是由劉少奇專案組組長周恩來決定的。沒有周恩來的同意這些材料根本上報不了。在所有中央領導人中，周恩來對劉少奇的歷史情況最為熟悉。
王年一說：送給毛澤東看的只有證明劉少奇有罪的「人證物證」，而證明劉少奇沒有罪的人證和物證卻沒有送給毛澤東看。對毛要打倒的人，周恩來總是可以遞上讓毛滿意的材料。在賀龍專案中，周恩來也是採取了如此做法。
李銳說：大約在1983年至1984年間，中組部奉命銷毀一大批檔案材料。在銷毀之前，中組部部長陳野萍讓我（時任中組部常務副部長——引者）看了一個原屬於劉少奇專案組的絕密件。這個絕密件中有兩份原稿，都寫的是給劉少奇定罪的結論，一份是由江青主持草擬的，一份是由周恩來主持草擬的。由周恩來主持草擬的那份結論計有四條，是周恩來親筆寫下的。我認識他的字。比較起來，周恩來給劉少奇定的罪名，要重於江青給劉少奇定的罪名。中共八屆十二中全會關於劉少奇問題的決議，基本上就是按周恩來所親筆擬出的那個結論來定調子的。
曾經是中央專案組成員的某位將軍的兒子則披露，周恩來的批示是「此人該殺」。金沖及後來亦承認：有此事，大意如此，個別字可能不同。意指「此人該殺」實為「劉賊該殺」。
1968年9月25日，周還親筆起草了由他本人和陳伯達、康生、江青共同簽名上送的報告，把劉少奇所謂歷史上三次叛變的「罪行材料」送給毛澤東、林彪審閱。報告稱：「劉賊少奇是長期埋伏在黨內的大叛徒、大工賊、大內奸、大特務、大漢奸，現在專案組所掌握的人證、物證和旁證材料足以證明劉賊是一個五毒俱全、十惡不赦的反革命份子。」在八屆十二中全會上，周恩來親自宣讀這份報告，以增加這報告的嚴肅性、真實性、可信性。
