其實，文革中無論哪一派，包括紅衛兵、造反派、保守派，都沒有造共產黨反的企圖。他們對專政構不成威脅。即便怕造反派尾大不掉，也只需繳他們的械，不必置他們於死地。可是執掌大權的各省、市「革命委員會」的首腦們對參加了失敗了的那一派的人，以及運動初期鬥爭過黨的幹部的人，無例外地利用「清理階級隊伍」（簡稱「清階」）予以清算、鎮壓。
1967年2月，中央軍委《八條命令》下達後被捕、《十條命令》下達後獲釋的人，這時大多又成了「清階」的對象。這一來，再也沒有中央軍委《十條命令》來搭救他們了。
比如湖南寧鄉縣，一千多人被扣以「打砸搶抄抓分子」、「造反派壞頭頭」罪名關押，「自此造反派組織解體。」雲南省「清階」的主要內容是「劃線」。在兩派鬥爭時「站隊」站錯了線的都是審查對象。「一時間，昆明街頭上貼滿了‘槍斃’的佈告。有的人被活活打死，補上告示了事。」「據1975年的統計數字，受到各種刑訊逼供、審查監禁的達30萬人，其中3萬7千人死於非命。」
知識份子集中的地方是當然的「清階」重點。湖南大學自「學校革委會成立後，被亂捕亂關和游鬥的就有3百多人，其中，被迫害自殺死亡的18人，長期挨斗折磨致死的6人，被錯判刑的16人。」「據蘭州大學統計，在清理階級隊伍中被立案審查的達450人，迫害致死的就有23人。」在安徽大學「支左」的軍代表在該校「搞法西斯專政，製造了大批冤、假、錯案。安大原有教職工809人，受審查的有262人，其中被非法專政的有120人……並有5人被迫自殺。」清華大學六千名教職員工，五分之一被「審查」，178人被定為「敵我矛盾」。12自殺，包括兩位一級教授。北京大學在文革初和「清階」期間，共有24位教授自殺。蘇州大學有十幾人自殺，基本上是所謂「有歷史問題」的老教師。有跳樓的，有跳河的，有跳井的。還有喝農藥的，自己用斧子朝腦門上砍死的。華東師範大學的「清隊」運動為時半年，「8百多學生定為敵我矛盾」，「60多人自殺」。「自殺猶如一場死亡比賽，有臥軌、跳樓、割脈、服毒各種方式，是全上海最悲慘的單位。」……
一個大學批鬥牛鬼蛇神時，一個老教師的脖子上掛著個黑牌，上寫「歷史反革命」，因為國民黨時代他曾參加過「三民主義青年團」。鬥爭會上，一^15歲的少年跳上臺去，對他大喝一聲「跪下」，接著對長者左右開弓一頓耳光。台下的群眾則報以熱烈的掌聲，因為這少年就是那老教師的兒子。少年還在台上「向毛主席保證」，回到家裡，也還要對其父實行無產階級專政。
北京農業大學學生郭世英本是北京大學哲學系的學生，1963年因「反革命」案，在周恩來的保護下去農場勞動鍛練兩年後，他的父親、中國科學院院長郭沫若安排他進了北農大。1968年春，他的舊案被重新提起，又成了「反革命分子」。4月21日夜裡被打死後，又從三樓窗口扔下，年僅26歲。周恩來聞知此事，欲安慰郭老夫婦，卻急不擇言，說「‘為有犧牲多壯志’，幹革命怎麼會不死人呢!」
中央戲劇學院圖書管理員符冰是女作家謝冰瑩的女兒。謝冰瑩抗戰勝利後應臺灣師範大學之聘渡海而去，再也沒有回來；生父符號1950年應章伯均之邀到北京交通部任職，1957年反右時與部長章伯鈞一道成為右派份子，清理階級隊伍中被遣送回湖北老家仙桃。所以，符冰是戲劇學院當然的「清階」對象。在一次圍斗後，她爬上學院建築的最高層，縱身而下。於是學校給符號發了一則電報，電文僅一句話：「反革命、右派符號的女兒符冰反對革命群眾的鬥爭，自絕於人民，跳樓自殺。」
在沒有大學的縣城，「清階」重點就是中、小學教師。江西崇義縣將全縣教師集中起來審查，清除了三分之二。河北邢臺縣，4百多名教師在「清階」中被「審查」，8人被逼自殺身亡。山西省山陰縣，6百多名教師集中到縣裡「清階」，一位剛從北京分配去的大學生記述道：「這種窮鄉僻壤鬥起人來比大城市野蠻得多。有時把縣長、縣委書記們弄來批鬥，用鐵絲栓上幾十斤的大糞桶掛在脖子上，一邊斗還一邊往桶裡扔石頭，糞汁濺得滿身滿臉。有的人熬不住就自殺，找不到自殺的傢伙，便在吃飯時把筷子插進鼻孔，把頭用力往桌上一磕，筷子穿進腦子；還有的跳糞坑活活憋死……」
廣東和平縣，1100百餘名中、小學教師，424名被抓起來「審查」。「全縣被揪鬥12000餘人……非正常死亡243人，被迫害致傷致殘者750餘人。」
國防科委第九研究院所屬二二一廠及開採鈾燃料的礦區，是重要的核武器研究和生產基地，由科委派出的工作組負責人趙登程與科委副主任趙啟明（原海軍副司令）指揮「清階」。他們下達指示：「不殺人打不開局面。」趙登程在該廠宣布：「二二一廠的反革命特務一夥一夥的，像花生一樣一串一串的，像白薯一樣一窩一窩的。」在他們指揮下，該廠設了40餘處監獄，先後關押4千餘人，從全國各地經過嚴格的政治審查調去的一百多名專家、教授、工程師，90%成了「特務」、「反革命」，其中一名爆破專家和一名工程師在逼供時被活活打死。他們聲稱「九院要殺人，要開殺戒」，先後槍斃了5人，並指使警衛團挖了16個待日後槍斃人時用以埋屍體的坑。全廠被打死、被逼自殺的達59人，打傷、打殘的則有3百多，被逼瘋的職工和因雙親被抓而嚇瘋的小孩近百名。
英文裡，中國意即「瓷器」。有「磁都」之稱的江西景德鎮陶瓷研究所集中了中國最優秀的陶瓷研究人員。五月下旬，「清查」的颱風刮到該所，157名研究人員被打成「現行反革命」、「中國青年反共救國軍」。拷打是題內之事，「所長傅德鑫和一位女翻譯含冤致死，不少人受傷致殘。」1968年12月，省革委會指示撤銷景德鎮陶瓷學院和陶瓷研究所。教員、研究人員們或送農村，或去工廠，毛澤東所說的「知識份子成堆的地方」又消滅了兩處。
中國科學院上海分院各研究所有六百多人被誣為特務，其中2百多人被「隔離審查」，2人被活活打死，10人打成殘廢，4人自殺，包括1949年從美國歸來的女科學家雷宏淑；另有9人自殺獲救。
中國科學院大連化學物理研究所研究員蕭光琰1950年自美國歸來，1957年成為「內控右派」；如今則加了個「反革命特務」的頭銜。1968年10月，該所「工宣隊」派出「專政隊」，將他家的財物抄沒一空後，把他關進了「牛棚」。在挨了數不清的斥罵和鞭打後，他服安眠藥結束了痛苦。於是「工宣隊」張貼「特大喜訊」，歡呼「無產階級專政的偉大勝利」，又把正在農場勞動改造的蕭的妻子、原美籍華人甄素輝（大連海運學院教師）拉去，要她「繼續交待」。甄見到丈夫的遺體後，決心赴黃泉與丈夫同在，便以看望多日不見的女兒為由請假回家，與年僅15歲的女兒一併服藥而死。大連化學物理研究所和大連海運學院的「工宣隊」聯合成立「專案組」，大肆追查「以蕭光琰為中心的特務集團」，一下株連了幾十個人。毛澤東的侄子毛遠新發現這是個「工人階級佔領科研部門」的好樣板，將其「經驗」登上了《人民日報》。
1968年3月，上海當局宣布拘留名京劇演員周信芳，其子周少麟也被拘捕。其妻對兒媳說：「別哭了，一切都結束了。」遂絕食，3天後死去。4月，一代名優黃梅戲名角嚴鳳英不堪凌辱，自殺身亡，年僅37歲。張海默，北京電影製片廠的劇作家，1968年5月16日被裝入麻袋，封住口，亂棍打死在攝影棚內，年45歲。在江青說「上海人藝還是老傢伙霸佔舞臺，最壞了」後，上海人藝一團團長高重實被連續3天拷打逼供，自殺身亡。
四川省級文藝機關團體被集中起來辦的學習班裡有「專政大軍」，幾個月間打死逼死4人，包括著名的電影演員馮哲。被打傷的達40餘人。「在專縣，打死迫死，打殘打傷的不勝枚舉。川劇名演員張德成、瓊蓮芳都是這樣悲慘死去。」
11月，上海電影製片廠來了兩位「外調人員」，指明要提審押在「牛棚」裡的女演員上官雲珠。來人說上官雲珠是國民黨潛伏下來的戰略特務，毛接見過她7次，她在搞毛主席的情報。他們勒令她逐日「寫清楚那段歷史」，第二天上午交出。上官雲珠回到「牛棚」，女演員王丹鳳、黃宗英均發現她表現異常，但沒能探問出緣由。當晚，她從家中的窗口跳下，自殺身亡。
革命樣板戲之一的京劇《沙家濱》是根據滬劇《蘆蕩火種》改編而來的。上海鋼管廠的青年工人談元泉不明白《沙家濱》已成江青的專利樣板，原來的滬劇不得再登臺。他與幾位滬劇愛好者組織起來，在裡弄裡演出了《蘆蕩火種》。1969年9月，有人將此事報告給徐景賢，徐在市革委會的會議上說「這不是一般的演戲，這是破壞樣板戲的現行反革命行為」，4位滬劇愛好者都被逮捕。徐景賢說，應該判處談死刑，談元泉就死在了「無產階級專政」的槍口下。
工人本不是文革的目標，但毛澤東有「文革是國共兩黨鬥爭的繼續」的指示，國民黨時期的老工人變也成了鬥爭對象。
北京二•七機車車輛廠是毛澤東親自抓的所謂「六廠二校」之一。毛派出北京衛戍區8341部隊於1968年9月進駐該廠實行軍管。由軍宣隊主事，新華社派員幫助總結經驗，弄出一份《認真落實毛主席的對敵鬥爭政策，清理和改造階級敵人》的報告，印發全國、作為「清階」運動的學習文件，讓全國照此辦理。軍宣隊宣稱該廠「反動勢力相當龐雜，線多、面廣、根子深」，大搞毛澤東的「群眾辦案」，將1400多名1949年前進廠的老工人「審查」了9百多，2百多定案處理的工人、幹部中有32人戴上各類帽子在廠內「群眾專政」，4個「反革命分子」逮捕入獄，逼得14名老工人自殺身亡。說了一句「江青也不見得一貫正確」的、無意將謎底為「爛肉好酒」謎語寫在周恩來、江青講話小冊子上的，或生產中出了事故的，都被戴上了「現行反革命」帽子。有一個老工人因無端被冤，與軍代表吵罵時動了手，被以「行凶鬧事，進行階級報復」的罪名判處15年徒刑。由於該廠是毛澤東親自搞的「樣板」，全國各工廠都將國民黨時期的老工人當作主要清理對象。
甘肅玉門油礦曾是國民黨執政時期中國主要的石油企業，凡1949年共產黨接管油礦時年滿18歲的都要「過篩子」。油礦革委會大刮「十二級颱風」，揪出了兩千多人後還說：「玉門3萬多人，現在才刮出兩千多，不算多。」革委會大肆追查「玉門油礦潛伏特務組織」，整死了9名幹部和八名工人，數百人被毒打致殘、精神失常。由於以前國民黨執政時期，甘肅玉門油礦曾是全國主要的石油企業，全國各地石油部門都有曾在玉門工作過的職工。「玉門潛伏特務」案還便波及到了全國石油部門，「凡有石油處，就有玉門派出去的特務。」不知製造了多少冤案。柴達木盆地，戈壁灘深處的32109石油鑽井隊，不足百人，揪出了十幾個「反革命分子」，包括當年與王連喜一起打出第一口油井的於連傑。
陝西漢中的飛機製造廠自11月開始大揪「國民黨特務」，從在國民黨時期就在工廠做過工的老工人入手。先將60多人抓進「學習班」，用刑訊逼供，然後擴大「特務集團」的範圍，有5百多人為定為「特務分子」，株連1000多人。在審訊中，捆綁抽打、鐵絲勒嘴、假槍斃是土方，烤大燈泡、關乾燥箱、全身通電用的則是現代化設備。1969年3月的萬人批鬥大會還請了中央及外省包括北京、天津等地的2百多名代表到場「觀摩學習」。運動中逼死了21人，包括一個聽說丈夫被定為「特務」、用煤油澆身自焚的家屬。全廠另有15人自殺未亡，74人被打傷打殘。
在「大清查」運動中，陝西銅川市焦坪煤礦將一名曾在國民黨軍隊當過兵的老工人熊坤抓起來，要他交待「罪行」。在三天三夜沒喝到一口水、還在爐邊干烤的情況下，他被迫亂說一通，說在1962年參加過「反共救國軍」，還是個「副司令」。礦革委會一見抓出個大鯊魚，馬上往上報告邀功。上級也正需要出戰果，於是層層上報，一直報到了省裡。省革委會副主任胡煒(二十一軍軍長)親自驅車到焦坪煤礦督陣，「進一步掀起對敵鬥爭新高潮」。嚴刑逼供成績巨大，連不識字的、以買豆腐為生的也成了國民黨的「少將師長」，瞎了一隻眼、斷了一隻手，以割荊條編織器皿為業的也戴上了「胡宗南部少將旅長」的桂冠。最終結果雖證明那是子虛烏有的事，無端受株連卻多達5百多人，含冤自殺的有8人。
1968年夏開始的石家莊鐵路局的「清隊」，是該局一場空前的浩劫。1000多人被誣為特務組織的成員，關進「牛棚」：凡被揪進「牛棚」的，一律編成號碼，所受刑罰，名目繁多：老虎凳、灌涼水、打落牙齒逼迫吞進肚、將窩窩頭扔在地上強迫雙手被綁的的犯人趴在地上如狗一般吃食；有如摔跤般將「特務」活活摔死；一早起床逼迫「特務」們用小便互相沖腦袋；逼迫他們互相拷打，然後互相舔血喝尿。文革後官方的記載說：「許多下流無恥的非刑，有污紙筆……連日本法西斯的‘憲兵隊’和國民黨反動派的的‘渣滓洞’、‘白公館’也望塵莫及！」「僅這一血案，被迫害的幹部、工人，就達1645人，其中致死48人，致殘128人。」山東棗莊「反黨叛亂反革命事件」中，「11720人被關押，10650九人遭到毒打，打傷後留有後遺症者2425人，致殘的692人，被打死逼死的94人。」在臨沂地區弄出一個「馬陵山游擊隊土匪集團」，「在這一事件中，全地區有4萬多人被抓捕、關押和慘遭毒打，有9千多人被打傷致殘，有569人被打死和逼死。」
中共中央組織部副部長李楚離曾擔任冀東黨的領導人，領導過1938年冀東大暴動。李被打成叛徒後，冀東黨組織也成了「國民黨」組織。這是文革中的又一件大案，8萬多人受株連，3千人死於非命。1967年9月，黃永勝給江青寫信，建議審查中共「廣東地下黨」問題。結果7千多人被批鬥、關押。死者中包括副省長林鏘雲夫婦等。1968年2月21日，江青接見天津群眾組織的代表時說天津市公安局「專了我們的政」。於是天津市公安局1200餘干警被審查。所謂「審查」，實則「濫施酷刑，刑罰名目之繁多，手段之殘忍，駭人聽聞，令人髮指。」該局干警被逼死、整死的多達44人，包括公安局局長江楓。北京公安局近1000名干警被定為「敵我矛盾」，送往勞改農場。由於江青說天津市委書記王亢之的家鄉河北深澤縣「有一個很大的叛徒集團」，於是天津市有307人被打成「深澤叛徒集團」成員。主管深澤縣的石家莊地區革委會撥發一筆經費去抓叛徒。有個中白莊大隊，「深挖」中打死了3人。縣「抓叛徒辦公室」下令將揪出的叛徒弄到縣城集市上「亮貨」：一排排彎腰掛牌或戴著大號高帽的「黑貨」站在臨街靠巷的房頂上（當地房子均平頂），任人觀賞。先後在集市上亮過「貨」的有1500多人，受株連的達3萬多，佔全縣人口總數的五分之一。
四川涼山彞族區的「羅羅王國」，一九五六年「民主改革」後，黑彞阿侯（奴隸主）交出一切財產，僅留一點土地和牲口維持生計。十二年了，阿侯還是被視為奴隸主。副縣長批准區革委會主任帶領紅衛兵將鄉里所有的阿侯及其家屬全部槍殺。只有一個阿侯家的臥在血泊中的兒媳婦身下吮吸奶頭的嬰兒，被一位當年的女奴隸救起，躲往另一個部落，扶養成人。而那個區革委會主任殺人有功，升任副縣長。雲南江城哈尼族、彞族自治縣「評審四類分子」，刑訊逼供，「在批鬥會上被打死和用刀子捅死的達6人，被迫自殺10人。」
1968年2月4日，康生指示在內蒙古抓「內人黨」（內蒙古人民革命黨，成立於1924年，以實現內蒙自治為目標。1946年接受中共指示停止活動。）在整個內蒙古地區和內蒙古軍區，34萬6千餘人被審查、揪鬥、關押，四分之三是蒙古族。一個被誣為「內人黨」的男青年拒絕招供，竟被割下了生殖器。一個才20歲的「內人黨」被架在火上烤，直至烤死。一個女青年被疑為「內人黨」，審訊時被專案人員用一根木楔從陰道插入子宮，活活折磨死去。漢蒙雜居的巴林左旗八一大隊，在漢人黨支部副書記宋振廷主持下揪「新內人黨」，僅120多戶人家，就有14口被整死，還有16人被拷打而終身殘廢。武川縣自十月起挖「新內人黨分子」，「至次年五月，全縣有80人死於非命，傷殘者甚眾。」整個內蒙因「內人黨」案被刑訊而造成終身殘廢的多達87190人，整死的則有16222人。蒙古人民從沒見過如此殘暴的政權，「五十孤兒上訪團」、「一百寡婦上訪團」、「軍隊幹部家屬申冤團」紛紛到內蒙古軍區司令滕海清的官衙前呼救。毛澤東承認：「在清理‘內人黨’運動中，內蒙古已經擴大化了。」但是毛澤東沒有向內蒙古人民道歉，只將犯下滔天罪行的滕海清調往濟南軍區任副司令員而已。
「清階」並不僅僅宣布某人是某「分子」，開個批判會，喊喊口號鬥爭就完了。在「清理」過程中，人類所能想得出的所有酷刑，幾乎都同時在全國各地施行。結果大批無辜者死於酷刑或自殺身亡。全國兩千餘縣，一般每個縣死於「清階」的都在100人以上。
遼寧臺安縣成立了革委會，把持這個「新生的革命政權」的，以原來的縣委武裝部長為首，都是原來共產黨的幹部。他們唯一感興趣的，便是鞏固手中的權。所以只熱衷於兩件事：在全縣範圍大發「紅寶書」和「按全國統一部署……搞清理階級隊伍」。城鄉各單位「用法西斯的手段私立公堂，嚴刑拷打……橡皮鞭、門弓子、木棒子、爐勾子，各種刑具交替使用，噴氣式、挂黑板(用細鐵絲勒到脖子上)、舉磚頭、跪碗渣，應有盡有。全縣處在恐怖之中。」「新挖出各種‘階級敵人’1288名」，使「135人死亡，許多人致殘。43人被投獄判刑。」全國兩千餘縣，一個縣打死一百多人是中等，打死一百多人的是多數。如黑龍江省賓縣，揪出各類分子925名，「致死143人，佔被揪鬥人員的15.45%。致殘32人。」上海青浦縣1967年下半年開始小規模武鬥，斷斷續續一年，總共死亡20人，傷一百左右。可是從1968年3月縣革命委員會成立後，從4月開始成立各級「清理階級隊伍領導小組」，光打死、自殺的「清隊對象」就達170人。
雲南鎮雄縣，省革委會派去工作隊「指導」運動，「造成107人非正常死亡。」彌勒縣「向階級敵人發起猛烈進攻」，「在批鬥中進行非法吊打，全縣傷殘死亡數百人。」1968年3月，廣西寧明縣由軍隊「支左」人員主持成立革委會後，即將一個群眾組織「上石農總」定為「反革命組織」，出動軍隊、民兵圍剿，「槍殺、迫害致死110多人。」
人口較少的小縣「清階」中死人數才少於一百。譬如中蘇邊境上的愛輝縣，人口僅數萬，關押看管了1500多人，「造成65人非正常死亡」。望奎縣「造成1883人的冤、假、錯案，55人非正常死亡。」人口3.25萬的陝西甘泉縣，清出「階級敵人」1155名，其中8人自殺。
若以區和鄉（公社）為單位來看，死人數則大約數以10計。如黑龍江省伊春市帶嶺區，「挖出」13個「反革命集團」，整死了20人。上海奉賢縣新寺人民公社91人被批鬥，48人被批判，11人被整死。廣西扶綏縣昌平公社，「清階」時「非正常死亡23人。」安徽金寨縣古碑、七鄰灣兩個公社，30多人死於「清階」。若再將單位縮小至一個村（生產大隊），也有數字記錄在案：吉林省延吉縣軍管會和革委會號召「深挖地下國民黨特務，深挖朝鮮特務」，「棒子底下出特務」。該縣樺田大隊110戶人家，有44人被揪鬥，致死致傷41人。
一般說來，自殺數遠大於被打死的。譬如人口僅6萬多的遼寧長海縣，在「清階」中109人非正常死亡。其中5人被刑致死，「其餘多為被逼無奈而自殺。」四川射洪縣，「清隊中普遍出現挂黑牌、穿白褂、關牛棚、扣工資、捆打吊罵等現象……以致先後自殺73人。」上海寶山縣「清隊」中非正常死亡的334人中，死於自殺的為220人。此外還有「12人逃跑未回下落不明。」應當也都自殺身亡了。非正常死亡2百以上的縣也不少。
這場運動，有不少縣的非正常死亡超過2百人。如上海松江縣，「5063人遭揪鬥，236人非正常死亡。」金山縣「被逼自殺的達291人，六人出逃。」雲南武定縣，「由於酷刑逼供、誘供，造成121人非正常死亡。」非正常死亡達4百人以上的才算是多的。譬如上海崇明縣，「清隊中非正常死亡者達465人。」吉林省榆樹縣，「僅1968年清隊擴大化，就使無辜的幹部、群眾死傷達1800多人。」
1955年至1956年，毛澤東的肅反運動製造了無數的冤、假、錯案。1957年至1958年，毛澤東搞反右運動，製造了更多的冤、假、錯案。毛澤東死後，當局說搞是應該搞的，但是搞「擴大化」了。10年後「清階」，3千萬人被鬥，50萬人死亡，又說是「擴大化」了。不同之處是，肅反和反右的「擴大化」是毛澤東死後其繼承人下的結論。而「清階」，毛澤東當時就不得不承認了。不過，他輕描淡寫地說：「清理階級隊伍……有的地方搞得好一些，有的地方就差一些。不太準，擴大化。抓了一些人，不應抓的也抓起來了。群眾起來了，多抓了一些人。這也是可以理解的。因為清理階級隊伍是中央搞的，規定了要搞的，一搞就擴大化了，在歷史上有不少這種事。」
「群眾起來了」，是毛澤東的護身符。1950年中共搞土地改革，民主人士章乃器向毛澤東反映「對地主濫用肉刑，亂打亂殺」的情況時，毛澤東說：「這是一場革命，群眾發動起來了，即使有些過火的行為，也不能挫傷他們的積極性。」而實際上，那「亂打亂殺」正是毛澤東指揮各級組織殺戮人民的罪行，與「群眾」無涉。
