此次溫州動車追撞事故的救援工作最受民眾詬病，但中國鐵道部28日對有關下令停止搜救、切割掩埋車頭是為了銷毀證據以及2歲小女童項煒伊是停止搜救後才發現的等一系列傳聞，一概否認到底。國務院「7‧23」調查組組長、國家安監總局局長駱琳則為鐵道部背書說，當時清理現場是根據現場救援的整體情況來推進的。
新京報報導，有記者問駱琳，「為了確保通車，不到20小時就停止搜救，有沒有這樣的事情？」
駱琳表示，清理現場是根據現場救援的整體情況來推進實施的，「實際上在救援的過程中，隨著現場的清理還在不斷推進相關的搜救工作，它倆是同步的」。這一說法實際上是在為鐵道部否認下令停止搜救背書。但當局的說法再次遭到媒體記者駁斥。
而針對媒體質疑鐵路部門在救援過程中「掩埋車頭銷毀證據」，鐵道部28日也表示，此說「不屬實」。未具名的鐵道部官員28日仍維持過去說法，稱在救援過程中，橋上有三節車廂擠壓在一起，為使救援人員對中間一節受擠壓變形嚴重的車廂進行徹底搜救，必須把兩端車廂移開。按救援方案，要在橋下使用大噸位汽車吊，方能將兩端車廂移開。據稱，所有部件和車體絕沒有實施掩埋，更不存在銷毀證據的問題。
鐵道部也否認24日曾宣布中止救援，並表示生命探測儀作用有限。一位同樣未具名的官員說，當時前方指揮部要求所有救援者第一位的任務是救人，必須爭分奪秒，絕不放棄，直到最後一刻。現場指揮部沒有任何人宣布停止救援。
該官員說，正是現場搶險人員爭分奪秒、一刻不停地施救，才為後來救出小女孩伊伊爭取了寶貴時間。
然而多名當時在現場報導救援的記者，對此提出質疑。「南方電視臺」編導徐靜提供的當時視頻顯示，24日上午10時，一位救援人員對攝影鏡頭說，「現場的救援人員搜救已經結束，目前主要是清理現場」。徐靜本人在微博上說，後來她多次詢問過搜救人員，對方的答覆就是，裡面沒人了。活的都救出去了！
而當天央視新聞頻道的現場報導也說，「經過連續六輪的人員搜救，在凌晨4時左右，在沒有生命體征現象之後，他們才開始決定要清理現場」。
