國務院總理溫家寶28日在回答記者提問，關於動車組在溫州追撞事故是天災還是人禍時，沒有透露肇事的確實原因。但中國重要刊物「中國新聞週刊」及「南方週末」卻已將矛頭指向上海鐵道部門的調度問題，肇事責任歸屬，隱然若揭。
兩刊均引述消息指出，當局聲稱被雷擊一說，根本說不通，認為調度人員難逃責任。事故發生後，基礎建設「大干快上」被指是禍根，輿論普遍呼籲鐵道部停止「大躍進」。
此外，鐵道部初步判定是雷擊造成信號設備故障，信號燈原本應是紅燈卻變綠燈而肇禍。對此，不少專家感到「不可思議」，並將事故原因指向人禍；網民也普遍認為鐵道部的說法不可信，「嫁禍給雷神，你會被雷劈的！」
香港蘋果日報29日報導，最新一期的「南方週末」以「高鐵之亂─‘不可能’的事故」為題，引述鐵道系統內部核心人士，還原事發前的情況。
消息人士稱，事發地點前的永嘉站及之後的溫州南站，都被轉為「非常站控模式」，即使兩站之間路段出現信號故障，通過的列車要結合調度授權和信號行駛。
報導指事發時烏雲蓋頂，雷電交加， D3115次從杭州開往福州的列車在永嘉站停車近半小時。其間原來不停站、從北京開往福州的D301次列車，亦在永嘉站停車。至晚上8時15分，D3115次獲調度授權開車，而遇到紅燈信號，列車以目視方式行駛，限速20公里。
鐵路專業人士指，當線路信號出現故障，只能容許一列列車通過，但在D3115次列車開行後9分鐘、即晚上8時24分，調度員批淮D301次開車，而且發出的授權未有限速，列車以正常速度行駛，逐步接近以慢速行駛的D3115次。而在這危急關頭，列車的自動防護系統(ATP)系統失靈、令應該出現的紅燈未有亮著，造成大災難。
「中國新聞週刊」題為「人算還是天算」的報導，敘述的事發經過相若，報導引述業者說法指出，當局最先提出的雷擊說是站不住腳的，事故發生顯示中國在發展高鐵時，不但技術不成熟，而且調度管理上更顯不成熟。
另據香港文匯報報導，就動車事故原因，鐵道部此前給出的說法為：前動車遭到雷擊引發電力設備故障，導致後車追尾。此說法一出即引起輿論嘩然。對此，國家電網回應表示，事發前後，電力部門給「樂清溫州蒼南3座電鐵牽引站、溫州南和永嘉兩個火車站供電的專線均未受雷雨影響，運行正常」，換句話說，當時電力沒有問題，列車都在運行中。
