一九八八年十二月二十九日，伍紹祖被正式宣怖任命為國家體委主任。而原主任李夢華祗剩了一個中華全國體育總會第五屆委員會主席的虛職，其二九九O年亞運會組織委員會執行主席的職務也移給了伍紹祖。該組織委員會的名譽主席為萬里，主席為陳希同。一九九O年十二月十八日，伍紹祖又擔任了中華體育科學學會理事長。
李夢華去職的表面原因是他當時已經六十七歲，超過了部長級幹部的應退休年齡（六十五歲），但據說真正的原因是在一九八八年的第二十四屆奧運會上大陸派出的選手五一敗漢城」，金牌數屈居第十一，甚至曾因「五連冠」而一度稱霸世界排壇的中國女排，也在這次大賽中失利，引起國內各界的強烈不滿。故中共想以主管領導的撤換求得「重整旗鼓」。
為了證明伍紹祖能夠勝任體委領導工作，中共宣傳材料刻意介紹他「是一個體育愛好者，在大學讀書時，他喜歡長跑，曾擔任清華大學物理系的體育協會主席。他是射擊項目的三級運動員和三級田徑裁判員。」
其實這種宣傳祗能帶來負面效果，就好比把一個士兵一夜之間突然升為元帥的原因，解釋成「因為他是個士兵所以能當元帥」。何況伍紹祖過去僅僅是個「體育愛好者」，並不是專業運動員出身。所以如果說現任大陸體委副主任徐寅生、袁偉民等人都是體育界「士兵」出身的話，伍紹祖充其量只能算是「民兵」出身。
伍紹祖上任之初即面臨一個巨大挑戰。一是他上任時距亞運會開幕祗有六百多天，國內外許多人都對大陸能否完成所有前期準備工作信心不足．！二是他上任半年即又趕上「六四」事件，使中共陷於建政四十年來從未有過的內外交困之中，所以亞運會還能否如期成功舉行，成了中共是否還有能力控制局勢的重要標誌。
第十一屆亞運會終於在一九九O年九月至十月，在北京如期舉辦並順利結束，中國大陸代表團以金牌總數超過其他所有參賽國家金牌總數之和三分之一的絕對優勢，而遙遙領先。這使得伍紹祖臉上大為有光。
從國內講，事前「亞運意識」和事後「亞運精神」的宣傳鼓動及大陸代表團所取得的優異成績（尤其是因為遠遠超過了日本和南韓）使得中共至少是重新調動起了許多人的「愛國主義認識」，為打破「六四」後國內老百姓，尤其是北京老百姓的消極反抗僵局起了很重要的作用．！從國際上講，對緩和世界民主國家對「開槍政府」的輿論譴責和外交壓力，推行「笑臉外交」起了很有效果的推動作用。
雖然誰也不會認為這都是伍紹祖一個人的功勞，但人們起碼會因此認為他到體委後的工作「一炮打響」。
正因為如此，亞運會結束後的一段時間裏，時任北京市市長的陳希同、副市長張百發，處處要強調一下北京市為亞運會做出的「巨大貢獻」，似有與伍紹祖爭功之嫌。
一九九O年一年，整個中國大陸的體育界共有八人三隊十六次創造十四項世界記錄；四十九次創亞洲記錄；三百三十一人二百二十」次創一百三十二項全國記錄，比李夢華主持體委工作的一九八八年要好得多。這也是伍紹祖體委主任的位子越坐越穩的重要因素。一九九一年，伍紹祖更不甘寂寞，主動出擊，不遺餘力地鼓吹爭辦二OOO年奧運會的必要性和可能性。大陸有人評論說他這是在努力迎合鄧小平、江澤民等人「貪心不足蛇吞象」和「好大喜功」的心態。
一九九一年四月十一日，「北京二OOO年奧運會申辦委員會」正式成立，伍紹祖出任執行主席。
據報導，伍紹祖本人也十分明白競爭到二OOO年奧運會的舉辦權談何容易，前有德國柏林、法國巴黎、希臘雅典、英國倫敦、澳洲雪梨，後有加拿大、義大利、巴西、土耳其、甚至羅馬尼亞的重要城市，全世界共有十幾個國家的大城市在角逐這塊肥肉。而在這些國家面前，中國大陸方面恐怕祗敢把羅馬尼亞一家不放在眼裡。
即使是這樣，伍紹祖也表示一定要盡最大的努力競爭到底。用他的話說：「爭辦奧運會本身，就利於振奮我們的民族精神，增加外部對中國的瞭解，進一步推動改革開放事業」；「紮紮實實地做好國內的各項工作，維護政治穩定和社會安定，是我們對外力爭承辦奧運會的基礎」。
不難看出，伍紹祖及中共方面對於承辦奧運會所表現出來的積極熱情，比起其他競爭者更多了一個最主要的目的，就是利用這件事情來為鞏固現政權的統治服務。
