《最後的審判》壁畫以端站在雲際的耶穌為中心，他年輕健壯、神采超凡，大公無私，有力的右手往上一抬，主持正義發出判決，指引修善者升回天堂，好人會有福報，蓄勢的左手掌向下推壓，制止邪惡，指示罪人沉降地獄，作惡者會有惡報。他抬起的右手彷彿一揮下來，瞬間即作出世間一切的最後裁決，一切終成定局。在這氣勢磅礡的架構中，無限慈悲與威嚴同在，人們看到了神的莊嚴偉大，明瞭善惡必報的結果。
聖母在耶穌的身旁悲憫俯視人類，聖安娜和十二門徒與殉道聖人們環繞在耶穌的周邊。耶穌右下方、十二門徒之一的巴托羅謬手裡提著一張他殉道時被割下的人皮，這張人皮的樣子畫的是米開朗基羅自己的容貌。巴托羅謬承受苦難、即使被活剝一層皮也要堅持自己的信仰理念，終得返回天國。米開朗基羅在此以自己的容貌作為巴托羅謬殉道時被割下的人皮樣貌畫出來，亦顯示出米開朗基羅追隨使徒尋道的決心，他有著無盡、強大的期望和等待著被救贖的心。
因為人是神按照自己的樣子造的，人的行為善、惡，在冥冥中都有神在鑒察，神將在最後的審判日按正義來裁決一切。人在人間吃苦受罪的是俗稱「臭皮囊」的軀殼，墮落的人類，唯有解脫了罪業和淨化心靈，才能返回到其創造者面前。在最後的審判中，心靈光明、正義的人必進入永生，領受到從主神而來的喜樂與豐滿的榮耀；那些不認識神的，不善的、作惡的人，必將在痛苦中償還罪惡，或受永遠滅亡的刑罰。
畫作中吹起長長號角的天使，召告所有的生命都要受審，米開朗基羅也表現了被審判的人面對審判時，在各自位置的情感反應和姿態。其中那被審判有罪、懷著恐懼與驚慌的靈魂，面對著要被載到地獄裡去時，充滿了絕望與痛苦。
《最後的審判》壁畫中裸體人物引發爭議
「最後的審判」是西方傳統古典繪畫中很普遍的題材，早期所有的教堂裡幾乎都有這個主題的壁畫。米開朗基羅的作品《最後的審判》充滿了力與美，但是其中呈現的裸體人物畫常遭「道德淪喪」的批評。
米開朗基羅的朋友瓦沙利便記載著：米開朗基羅創作《最後的審判》時，教皇保祿三世和掌禮官塞西納一同參觀當時還未完成的作品，當教皇詢問塞西納意見時，塞西納說其中的裸體畫「登不了大雅之堂，不能放在教堂，只適合放在公共浴池或酒店裡。」
米開朗基羅聽了，惱怒的將地獄中的審判官邁諾斯的臉畫成塞西納的面貌，身上纏著大蟒蛇。塞西納苦苦哀求教皇和米開朗基羅都無法改變這件事。
不久，米開朗基羅從搭的很高的作畫腳架上摔下來，跌傷了一隻腳。在米開朗基羅去世之後不久，教皇便下令給所有的裸體人物畫上衣飾或腰布，但是在1980 ~ 1992年間修護西斯汀禮拜堂的濕壁畫時飾布被清除，所以這壁畫是在梵蒂岡博物館的監督下於1993年被恢復了。
神傳文化裁定善惡中不斷告誡人們：人心向善或惡的選擇，將決定人生命的最後去向。觀賞美好的藝術作品能洗滌、啟發人心，米開朗基羅《最後的審判》流傳至今，各個時代觀看的人都讚嘆不已，不僅僅是因為其畫技高超，而且是因為畫中有令人深思的內涵。中外歷史上有很多預言也提到「最後的審判」之時，善、惡分明，天、地更新。西方世界等待著「彌賽亞」來，東方世界也記載著「未來佛彌勒（轉輪聖王）」下世，可知：當神佛真的到來的時候，懲惡揚善，將是超越一切人類文化與宗教的大審判。人，豈能不好好把握自己，棄惡從善，舖設未來！
