蓋茨在東京表示期待首相菅直人訪美。
正在日本展開三天訪問的美國國防部長蓋茨週四（1月13日）在東京的連串會談中，確認了把日本首相菅直人春天訪美作為日美加強同盟關係的契機。
週三下午結束訪華、抵達東京的蓋茨週四早上先禮節性拜訪了菅直人，他對菅直人訪美的計畫說，快樂地期待菅直人訪美。對此菅直人回答說，希望藉此機會加深日美同盟關係。
加強合作
隨後蓋茨與日本外相前原誠司會談時，確認了前原上週訪美時雙方達成的加強安保合作為中心的同盟合作，針對中國增強的軍力和朝鮮可能發動挑釁的協議。
雙方同意盡快舉行日美外交、國防部長二加二會談，討論具體的合作內容，謀求在菅直人訪美時正式發表共同戰略目標。
蓋茨還與前原討論了朝鮮等東亞局勢和日本周邊防衛的問題，雙方一致同意期待中國對遏制朝鮮發展核武器發揮作用。
沖繩問題
前原向蓋茨解釋在美軍駐沖繩普天間機場縣內轉移的方案上，日本政府立場不變，並正努力說服反對這一方案的沖繩縣民，不過前原也要求美國減輕沖繩負擔的美軍基地重荷。對此蓋茨說「這個問題與普天間機場轉移計畫密切關聯，希望依據轉移方案的進展來實施。」
蓋茨去年訪日時，因當時的首相鳩山由紀夫推翻美國與自民黨政權已達成的普天間機場縣內轉移方案，在日本嚴辭警告損壞日美同盟關係，一切後果由日本承擔。
隨著日本政權更迭，菅直人沒有明顯親中，鳩山政權下顯著惡化的日美關係逐漸緩和。上週前原訪美受到空前歡迎和超規格接待，標誌著美國擱置沖繩糾紛，推進與日本修復關係、加強軍事同盟合作的新戰略。
出售導彈系統
蓋茨週三在離開北京前已表示，應分別對待沖繩問題與日美加強合作的戰略目標。週四蓋茨不但在記者面前展示溫和態度，而且在與防衛大臣北澤俊美會談時，雙方達成了沖繩美軍嘉手納基地F15戰機的訓練轉移到關島、日方承擔轉移經費的基本共識。
北澤與蓋茨還在會談後的記者會上，發表雙方就日本加快把日美合作研製的海上新型導彈迎擊系統SM3Block2A出售給第三國的手續達成了共識，迎合美國希望向歐洲出售的願望。
此外，日美兩防長也討論了朝鮮半島局勢和中國加強海洋活動的趨勢等，確認日美韓三國加強軍事合作的目標。
蓋茨預定週五在慶應大學發表一個題為「日本新一代面對的日美合作體制」的演講後結束訪問。
