曾因反對黃河三門峽水利工程而被錯劃成右派，主張從江河及其流域地貌生成的歷史和 特性出發，全面、整體地把握江河的運動態勢；認識和尊重自然規律，把因勢利導作為治河策略的指導思想。他的這一理論，在學術界有廣泛的影響。他一生堅持反 對修建黃河三門峽水利工程及長江三峽水利工程，並不是因為他是頭長反骨的人，而是源自其水利的基本理念和對中國水資源的正確評價；但他的治黃策略及對於三 峽工程的意見均未被決策者採納；在被「平反」以後，他多次向中央去信，闡述自己的觀點，但沒有得到任何答覆。
黃萬里先生，著名教育家、革命家黃炎培第三子；1924年黃萬里入無錫實業學校學習，1927年進入唐山交通大學（現西南交通大學），1932年畢業。 1933年任杭江鐵路見習工程師，參與江山江鐵橋的建造。1934年赴美留學，1935年獲得美國康奈爾大學碩士學位，1937年獲得美國伊利諾伊大學香 檳分校工程博士學位。
1955年4月，黃河三門峽大壩工程動工。同月，中國水利部召集學者和水利工程師70多 人就已開工的黃河三門峽水利規劃方案進行討論。在當時流傳「聖人出，黃河清」的言論下，黃萬里是唯一反對建造三門峽水庫的與會者，並與其他專家在會上進行 了七天的辯論。
1957年6月19日，黃萬里在清華大學校刊上發表散文《花叢小語》[1]，被毛澤東批示「這是什麼話？」，並在《人民日報》以「什麼話」為標題發表。「什麼話」也被作為以後《人民日報》 刊登供批判的右派文章的專欄題目。1969年被下放江西鄱陽湖勞動，1974年被揪回清華大學批鬥，並在此期間完成《論治理黃河方略》。1980年2月 26日被清華大學黨委「平反」。1998年，黃萬里被清華大學批准給研究生授課。
黃萬里先生在去世當月曾對探望他的學生留下遺囑，全文如下：「萬里老朽手所書 敏兒、瀋英、夫愛妻姝：治江原是國家大事，「蓄」、「攔」、「疏」及「挖」四策中，各段仍應以堤防「攔」為主，為主。漢口段力求堤固。堤臨水面宜打鋼板 樁，背水面宜以石砌，以策萬全。盼注意，注意。萬里遺囑 2001年8月8日。」除了長江的水利和漢口安危，他沒有提個人及家屬一句話；他滿腔的深情，火一樣的大愛，全部傾注於祖國人民和他為之耗盡了畢生精力為 之忍受了無限屈辱痛苦的江河。
中華人民共和國成立初期至二十世紀七十年代，中國人口過快增長，給中國所帶來的社會、經濟和生態環境的巨大問題，現在大家都有認識——錯批馬寅初，「多生 幾億人」。當時和馬寅初教授有同樣意見的知識份子，不在少數，但是在政治高壓下，能堅持自己觀點、敢於說實話的，只有馬寅初教授一人。
黃萬里教授生前曾說過：「我對三峽工程的意見，屢屢上書中央，先後六次，屢挫屢上。我要 求中央領導給我三十分鐘的時間，聽我匯報就可以把問題講清楚，可惜無此機會。當年三門峽還讓公開辯論七天，現在沒有人和我辯論，雜誌上也不刊登我的不同意 見，我是看不到三峽建成後的後果了。你們還能看見，幫我記著看看，但願我的話不要言中，否則損失太大了。」
一九五七年，黃萬里教授舌戰群儒七天，反對建設黃河三門峽大壩工程。難道別的科學家和工 程師就不知道泥沙會在水庫淤積這個最簡單的道理？黃萬里教授被打成右派，失去了教書的權利。一九九二年後，黃萬里教授六次給中央領導寫信，陳述長江三峽大 壩工程永不可建的道理。難道別的科學家就不知道泥沙礫石首先是在水庫尾部淤積，會淤塞重慶港，會加大水庫的水力坡度，會淹沒重慶部分市區這個最簡單的道 理？歷史已經證明了黃萬里教授在黃河三門峽大壩工程的觀點是正確的，並且正在證明著他對長江三峽大壩工程的觀點也是正確的。可惜他的正確理論沒有因為三門 峽大壩工程的徹底失敗和長江三峽大壩工程的錯誤而樹立起來，中國政府還在繼續錯誤的水利政策。
在中國，要做一個真正的知識份子，除了有學問還不夠，還要講真話，不怕政治和學術上的打 壓，堅持反對錯誤的決策，甚至要冒著生命的危險。馬寅初教授和黃萬里教授是中國知識份子的楷模，是沒有院士頭銜的學科泰鬥，是鬥士，是英雄！
1957年上半年，三門峽工程即將開工。黃萬里在水文課堂上給同學們講述了他對三門峽工 程的看法，一是水庫建成後很快將被泥沙淤積，結果是將下游可能的水災移到上游成為人為的必然的災害。二是所謂「 聖人出，黃河清 」的說法毫無根據。因為黃河下游河床的造床質為沙土，即使從水庫放出的是清水，也要將河床中的沙土挾裹而下。在課堂上，他對「聖人出，黃河清」的說法甚為 不屑，使人覺得這種說法實出於政治阿諛而缺乏起碼的科學精神。
早在1956年5月，黃萬里就向黃河流域規劃委員會提出了《對於黃河三門峽水庫現行規劃 方法的意見》。這篇文章刊於《中國水利》1957年第八期，並收入了《三門峽水利樞紐討論會資料彙編》（1958年4月水利電力部印）。意見書全面否定蘇 聯專家關於三門峽水庫的規劃，而不是只在個別問題上持不同意見。 在反右期間，向一個黨支部書記提意見就是「反黨」 。指名道姓地說鄧子恢副總理的報告「不正確」。光這一句話就夠右派了。
1958年11月25日，三門峽工程開始黃河截流。1960年6月高壩筑至340米，開 始攔洪，同年9月關閘蓄水攔沙，是年潼關以上渭河大淤，淹毀良田80萬畝，一個小城被迫撤離。庫內的水位在漲，庫區的農民一批批揮淚踏上離鄉背井之路。這 一切不幾乎都在黃萬里的預見中嗎？其實，黃萬里只是本著科學家的良知，說出了關於黃河及泥沙與三門峽大壩問題的科學的真話，可是他被非民主決策擊敗了，他 成了「反黨反社會主義的右派份子」。於是三門峽工程改建的「兩洞四管」方案確立。改建的四條鋼管於1966年7月投入運用，增建的兩個隧洞分別於1967 年8月、1968年8月建成，水庫淤積開始減緩，排沙能力依然不足，潼關以上河床「翹尾巴」淤積還在繼續。
事實雖證明真理在黃萬里一邊，但令人傷心的是，有些人反而遷怒於提出正確意見的黃萬里。 1961年，黃萬里「奉命在密雲勞動，與昌黎民工同居同食同勞，所居半自地下掘土筑成。」「文革」中更貶他到三門峽挖廁所以示懲罰。
三門峽工程的一切問題和災難都按黃萬里的預言來了。我們從這一重大失敗中總結教訓，可以 使我們獲得大量思想資源。但傳統文化的慣性卻導致一些人要隱瞞真相，歪曲事實，混淆是非，為自己、為大人物、為尊者，文過飾非。
六次上書中央談三峽問題
1980年2月26日，在度過了22年半的右派生涯後，黃萬里終於獲得了右派「改正的決 定」。決定只有短短几行，稱：「黃萬里同志原劃右派問題屬於錯劃。經中共北京市委批准予以改正。恢復政治名譽，恢復高教二級教授的工資待遇。」
經歷了20多年的冤屈鎮壓，黃萬里仍沒學會看政治風向表達學術觀點。從上三峽大壩的消息 傳出後，黃萬里就先後給眾多國家領導人上書，不遺餘力地反對在長江三峽上建大壩。
他認為：從自然地理觀點，長江大壩攔截水沙流，阻礙江口蘇北每年十萬畝的造陸運動；淤塞 重慶以上河槽，阻斷航道，壅塞將漫延到瀘州、合川以上，勢必毀壞四川壩田。目前測量底水輸移率尚缺乏可靠的手段，河工模型動床試驗在長期內長段落中尚欠合 理基礎，只可定性，不能定量，不足以推算長江長期堆積量。故此而論， 長江三峽大壩永不可修 。如果是為了發電，可在雲貴湘鄂贛各省非航道上建大中型電站，它們的單價低、工期短，經濟效益比三峽大壩發電要大四倍以上。就流域經濟規劃而言，也應先修 四川盆地邊緣山區之壩，如烏江電站等為宜。
此外，從國防的角度看，大壩建起來後無法確保不被敵襲，也很不安全。黃萬里預言：「 三峽高壩若修建，終將被迫炸掉。 」同時，他還指出，公布的論證報告錯誤百出，必須懸崖勒馬、重新審查，建議立即停止一切籌備工作，分專題公開討論，不難得出正確的結論。
1986年，中共中央、國務院決定對三峽工程進行論證，黃萬里教授沒有被邀請參加工程論 證。黃萬里數次給中央領導人和政治局，國務院總理、副總理、國家監察部寫信，痛述三峽工程的危害。要求中央決策層給他半個小時的時間，陳述為什麼三峽工程 永不可建的原因。但沒有答覆。
黃萬里奔走疾呼：三峽工程不能建！
黃萬里晚年病重昏迷中仍喃喃呼出：「三峽！三峽，三峽千萬不能上！」2001年8月27 日，他帶著無盡的遺憾離開了人世。
序：1960年9月，三門峽大壩建成，大壩下閘蓄水。工程總投資預算為13億元，而工程 總結算時實際耗資達40億元。對當時的中國來說，這相當於四十座武漢長江大橋的造價。特別是從1959年以來，中國進入所謂的‘三年自然災害時期'，經濟 發展出現大倒退，一些農村出現餓死人現象。就是在這樣的情況下，三門峽工程跟原子彈試驗工程一樣,得到中央政府財政上的特別優先保證。如果把這40億元用 來購買救災糧，至少可以獲得800億斤糧食，這些糧食足以挽救幾千萬中國人的生命。
整個三門峽工程造成的損失據估算不下百億（相當現在的一千億以上），還涉及到40萬多農民從渭河谷地被迫向寧夏缺水地區移民，其中15萬來回遷移十幾次， 給他們造成了人生中難以想像的慘劇，連國務院派去視察的高官都為之落淚，說：「國家真對不起你們！」
三峽工程竣工，庫區清污成本和長江航運成本劇增，已是不爭之事實。據三峽工程防汛辦提供 的氣象資料顯示，「今年4月份三峽壩區天氣複雜和劇烈變化程度為近50年同期所少見」，請看《中國三峽工程報》的報導：「今年4月三峽壩區氣候反常。氣溫 並沒隨夏季的到來逐漸上升，反而呈下降趨勢。4月末平均氣溫不足12攝氏度，4月中旬周邊山區還出了較大範圍的降雪，月內有3次降溫過程，溫差升降劇烈、 顛倒錯位的現象嚴重。另外，4月份全月降水量為236.5毫米，破壩區近10年降水量最高記錄，破宜昌地區近118年同期降水量最高記錄。」
三峽庫區地質環境複雜，暴雨、洪水頻發，自古以來就多滑坡。三峽大壩壩址附近區域為堅硬 的花崗岩，向上游則多以碎屑岩、碳酸岩為主,包括侏羅紀遺址的粉砂岩。地質容量、環境容量的天然不足，僅國土資源部查明的滑坡就有2490個。近兩年我國 南北氣候反常，今年重慶地區大雨滂沱，多處發生山體滑坡。這些現象是否與生態上的變異有關，雖有待專家們繼續觀察論證，恐怕也無須久待。
2009年夏，受長江上游和本地強降雨影響，重慶主要江河水位也普遍上漲，長江寸灘段和 嘉陵江等五條中小河流均出現超警戒或保證水位洪水。據當地水文部門監測，8月6日凌晨2時，長江寸灘站洪峰水位達到183.11米，相應流量56700立 方米每秒，超警戒水位2.61米。這是2004年以來長江中上游出現的最大一次洪水過程。
強降雨天氣導致重慶部分地區引發滑坡泥石流災害。截至5日17時，持續強降雨已致重慶 154萬人受災，緊急轉移安置12.3萬餘人，因災死亡10人，失蹤1人； 農作物受災面積63.6千公頃，絕收面積達4.4千公頃，萬餘間房屋倒塌，16000餘間房屋損壞，當地因災直接經濟損失6億8千萬元人民幣。其中，重慶 銅梁、潼南、大足、北碚等區縣受災情況相對較重。
2009年8月6日，重慶水位達23.51米，超警戒水位1.3米，重慶港朝天門廣場 180平臺120級台階已經全被淹沒。
特使手記：事實勝於雄辯，2008年南方雪災、2009年四川、重慶地區罕見洪災已經說 明一切！
