為解決三峽水庫蓄水後帶來的生態環境問題，中國有關部門曾制定了一個為期10年的污染治理規劃，目標期限是2010年底。據《中國日報》報導，環保部的調查顯示，在距離截至日期只有半年的今天，還有相當一部分治理項目尚未啟動或完工。完成的項目不到五分之一。
三峽工程耗資2542億元人民幣，130萬居民為此遷居他鄉。從規劃之初起，這一工程就引起了爭議。許多專家認為，如此龐大的工程對環境帶來的影響難以預測，風險過高。
長期關注中國水污染問題的專家，非政府組織"公眾與環境研究中心"主任馬軍在接受德國之聲採訪時表示，三峽大壩已建成蓄水，可謂"木已成舟"。現在採取措 施治理污染，只能是盡量減少環境損害。而即便是這樣的治理措施也明顯不足，"這次會上也證實了這樣一個信息，就是污染治理的設施建設還是非常滯後，甚至還 有一些重要的污染源還沒有納入治理範圍。"
平湖出高峽-是喜事憂？
這其中包括部分城鎮的生活污染、垃圾處理殘留物的二次污染，養殖業污染等。工業污染也未得到有效控制。專家指出，水庫截流後，流動的水趨於靜止，長江干流和支流的自我淨化能力降低，已經多次出現水華（俗稱藍藻）。
據報導，在近日在重慶召開的"三峽庫區及其上游水污染防治部級聯席會議"上，一些省市官員表示，污染治理不力的主要原因是"差錢"，中央財政支持和地方配 套資金都有不小的缺口。馬軍則認為，鑒於政府已經在三峽環境治理上投入了相當可觀的資金，更關鍵的是現有資金怎樣利用，效果如何。長江上游已經建設了一些 污染治理設施，但其中一些並沒有正常運轉，沿岸仍有企業違規排污。因此問題的核心是加強有效管理，控制排放達標，嚴格執法。
環保部副部長張力軍表示，該部考慮對治污不力的地區和企業暫停新項目的環保審批。馬軍認為這是正確的做法，但由於將影響到地方的GDP，無疑在落實上會遭遇阻力。
在西部開發的背景下，發展速度是三峽生態環境面臨的一大挑戰。周邊地區經濟快速發展，人口增長、城鎮規模擴大，工業企業增加，都給三峽庫區環境造成巨大壓 力。馬軍表示："特別是其中還涉及到一些高污染、高排放的項目。像化工這樣的產業也落戶到三峽庫區，吸引了眾多的小化工廠。它們的生產經營，包括高度風險 的原材料和最終產品的運輸，很多都要通過庫區的水路。它帶來的隱患是非常大的。"
2009年，德國化工巨頭巴斯夫（BASF）在重慶的MDI化工廠項目得到批准。不少專家的意見是，這樣的項目和產業都是不適合在庫區建設的。此外，三峽庫區還面臨一些水庫特有的環境問題，如由水位變化造成的"消落帶"成為污染因素，以及泥石流等地質危險增加等。
馬軍認為，鑒於三峽庫區面臨的環境和生態威脅，對在三峽的上游建設大型水利工程應該更加謹慎："在三峽大壩既已建成，上游還有大量的水庫正在建設或正在規 劃的情況下，應該對三峽蓄水之後帶來的各種影響進行評估，對污染處理設施、應對措施的有效性進行評估，然後考慮，未來10年裡，是否還適合在長江上游繼續 建設庫容、蓄水能力、發電能力超過三峽的大型水電站。我想我們首先應該明確這樣一個問題。"
