牛頓是人類歷史上最偉大的科學家之一，他的成就毋庸贅言。愛因斯坦曾說：「在人類的歷史上，能夠結合物理實驗、數學理論、機械發明成為科學藝術的人，只有一位——那就是牛頓。」
在中國，牛頓被刻意塑造成因為晚年投身於宗教，所以在科學研究上一事無成的樣子。這種歪曲讓不少人以為他早年眾多的科學發現是在所謂的「自發的唯物主義」或者是「無神論」的世界觀指導下做出的，而其晚年的宗教信仰阻礙了科學創造。
然而事實上，牛頓在從事科學研究之前就已經是一位虔誠的基督徒了，並且對上帝的信仰終生未改。
牛頓早年在劍橋大學讀書時，經常在筆記本或課本的空白處寫下他的禱告，至今仍有許多保存在大英博物館中。牛頓曾寫下這樣的懺悔文：「主啊，赦免我！因為我的心想以賺錢為樂，多於渴想你的同在。……但是在聖餐聚會裡，我的心又重新與你聯合。」
牛頓和他的室友魏克金斯還經常在校外分發聖經給窮人，同他們傳福音。因此，購買要分發的聖經成為牛頓學生生涯中除了房租與伙食費外最大的花費。
牛頓也曾經懷疑過神，但是，當他對科學的認知越來越深刻時，對上帝的信仰也更加堅定，他曾說：「我從宇宙的神奇知道有神。」，「毫無疑問，我們所看到的這個世界，其中各種形式是如此絢麗多彩，各種運動是如此錯綜複雜，它不是別的，而只能出於指導和主宰萬物的上帝的自由意志。」，「無神論者太不敏感了，當我觀看太陽系時，我看到了地球與太陽的距離，恰好是能吸收適當的熱與光的距離，我想這絕不是偶然的。」
而牛頓後來的科學成就顯然和他對神的信仰有密切關係，他認為：「從事物的表象來論上帝，無疑是自然哲學份內的事。只有在科學工作裡揭示和發現上帝對萬物的最聰明和最巧妙的安排，以及最終的原因，才對上帝有所認識。」
他在其代表作《自然哲學的數學原理》一書中這樣寫道：「如同生來瞎眼的人不瞭解光，我們無法明白神的智慧與全能。神的形象沒有人看到、聽到、接觸到，更不是世上必朽壞的假神所能代表，……我們只能在他所創造的萬物中瞭解他，神仍在掌權，我們都在他的掌管下。而做神沒有掌管的權柄，沒有永遠的看顧，沒有創世的起初，不過是虛無、有限，與大自然一樣。……因著神的掌權，我們稱它是主。」
正因為牛頓如此熱愛上帝，紐約大學歷史系教授曼紐在其所著的《牛頓傳》中才感慨的說：「近代的科學是源自牛頓對上帝的默想。
而被譽為「18世紀英國最偉大的詩人」的亞歷山大·蒲柏在一首詩中也形象的說道：
「自然和自然的法則在黑夜中隱藏；
上帝說，'讓牛頓去吧！’於是一切都被照亮。」
牛頓留給後人最後的勸告是：「不管任何環境下，要守住耶酥基督救贖的真理與最大的誡命——愛人如己。」
1727年3月20日，基督徒牛頓回到了主的懷抱，英國以國葬儀式隆重的將牛頓安葬在威斯敏斯特大教堂。
