在中國古代科學中，數學不僅是一門基礎學科，它還以自然哲學等文化意蘊參與構建中醫學理論體系，也是賦予中醫學特質的重要因素。
中國是數學的發祥地之一，其成就顯示了中華民族的智慧。古代數學研究的對象也是「像」，《左傳·僖公十五年》記韓簡子云：「物生而後有像，像而後有滋，滋而後有數。」它以像為主論述客觀事物的有序性，以文辭數字形式為用，循著抽象性與應用辯證統一的道路不斷發展，形成了以有機論數學觀念為理念的非構造性數學體系。明顯表現出重視歸納法的傾向與幾何代數化的傾向，這與古希臘數學的重演繹法傾向和代數幾何化傾向交相輝映。
中醫學一直認定養生保健以「法於陰陽，和於術數」為原則，中醫學理論也應是數的「陽奇陰偶」及「像為主，數為用」的數字抽象象徵的體現。
例如，「1」是「道在於一」，又是五行中腎水的生數；「2」是兩儀，是陰數之始，是五行心火的生數；「3」是《老子》論「三生萬物」的小成之數，《素問·三部九候論》言「三而成天，三而成地，三而成人」，又是五行中肝木的生數；「4」是四像四時四方，是五行中肺金的生數；「5」是天地數的總括，《易·系辭上》謂：「天數五，地數五」，在五行是脾土的生數；「6」是筮法老陰之數，陰爻稱六，又與六合、六律、六呂之數相契，在五行為腎水的成數；「7」是《周易》「七日來復」之數，《傷寒論》有熱病七日轉愈的經驗，在五行為心火的成數；「8」為八卦八風，在五行為肝木的成數；「9」是極數，陽爻用九為老陽，應九州、九野、九候的黃鐘數，《靈樞·九針十二原》言，數「始於一，終於九」，在五行為肺金的成數；「10」是「9」以後晉上之數，在五行為脾土的成數。
中醫學也用圖以示數，即用河圖、洛書表示陰陽、五行間的多元時空關係，人體五臟系列和四時、四方的關係，其在河圖、洛書上的定位規定了臟腑的生理特徵。如腎之天一生水地六成之，在北方則主冬，生數一成數六則有補無瀉。明代醫學家李中梓在《醫宗必讀》中概括了「現九會五」的規律，可以用生成數解說五臟補瀉用藥法則。
古代醫學家在積累大量臨床經驗之後，以哲學和數學為理論化手段，數學對中醫學影響主要有以下幾方面：
用數學模型構建中醫學理論。古代醫學家堅信數的規律也是生命活動的規律，把某些數學模型用為人體模型。例如，用有群論特徵的五行模型作為人與自然五大系統的穩態特徵。用有集合論特徵的六經模型來概括時序和熱病關係的證候。《內經》將五行用於表述臟腑關係和特徵，建立了五行髒像論；《傷寒論》把六經用於闡述熱病按病序演變的六種類型的六經辯證。此外，在《靈樞·九宮八風》篇中，還有八卦數學模型的八卦髒像等等。
提出生命是時間函數的科學命題。我國古代思想家很早就認識到生命存在的基本形式是空間和時間。《老子》稱人為「神器」，由「神」和「器」兩者構成。「神」是形而上者能變化妙用的生命機能，「神」體現於時間結構和功能。「器」則是形而下者的形體，包括器官、骨骼、肌肉、肢節等，是人體的空間結構。祖國醫學重神而疏器，生命機能稱為「神機」，對醫生的評價也有「粗守形，上守神」的尺度，把主宰思維並統帥全身生命活動的作用稱為「神明」。
由於對「神」的重視，提出了生命是時間函數的命題。即《內經》多次強調的「神轉不回，回則不轉」的策語緘言。惲鐵樵稱此語為《內經》全書的關鍵。《內經》進一步又提出「化不可待，時不可違」的生命不可逆的特徵。和西醫學重視人體空間結構相比，中醫學重視人體的時間結構，重視生命的過程、節律和節奏，有「髒氣法時」等論述，這是中醫學對生命本質的揭示。
中醫辯證論治講究「套路」，按套路逐步解決複雜的難治之病，其思維方法和傳統數學的解方程的思維是一致的。西方數學，以幾何和形式邏輯的證明定理著稱，中國古代數學家很早就以問題為中心，用解方程的方法解決應用問題，西漢時即有《九章算術》問世，把幾何問題也代數化。東漢張仲景在《金匱要略》中，對於「咳逆倚息不得臥」的支飲，就是分步驟、先後使用小青龍湯、茯苓桂枝五味甘草湯、苓甘五味姜辛湯，再用半夏，再加杏仁，再加大黃等六步成為一個套路，分別解決不得臥、沖氣、喘滿、眩冒、水腫和面熱如醉的戴陽證的。可見，中醫臨床辯證論治的思維方式與中國古代數學思維方式是一致的。
數學影響中醫思維方式，既賦予了中醫學特色，也有其負面作用。數學是實驗的孿生兒，中國古代數學沒有經過縮寫階段發展為符號階段，因其重實用而抽象性不強，分析思想不佔主流，形式邏輯不發達，致使在古代，中國數學思想沒有形成推助中醫學向實驗科學發展的動力。主要的問題就是把「和於術數」泛化了。人數與天數有相契合者，按「人擇原理」，有的被採用了，但如果事事都「人副天數」，則擴大了類比的應用，如「天有十二月，人有十二節；天有三百六十日，人有三百六十穴」等都不甚適宜。
