劉少奇專案組的成員也有不願造假證據的，專案組因此三次換人，兩名負責人鈹鐺入獄。當然，捏造證據跟拿不出證據一樣危險。毛在一九六八年五月八日說："整出來的劉少奇的材料，也不能全信。比如說他一九四六年冬季和美國勾結，組織反共同盟軍，要美國大規模出兵打共產黨，並且要瀋其震經過司徒雷登介紹去見杜魯門、艾奇遜。有的材料是故弄玄虛，是騙我們的，耍我們的。美國大批出兵，當時國民黨都還不願意呢。"最後專案組只好羅列一串莫須有的罪名，說劉少奇是"叛徒、內奸、工賊"。這份《審查報告》由周恩來在中央全會上宣讀。專案組曾建議對劉處以極刑，毛不同意。要劉死他有別的法子。
劉死前的痛苦毛一清二楚。不僅有呈送給他的報告，還有為他拍攝的照片。從其中兩張可以看到，劉在極度難受中緊緊握住兩個硬塑膠瓶子，瓶子被他握得變了形，成了兩個"小葫蘆"。"九大"開幕時，毛用完全無動於衷，連假慈悲也不屑於裝的聲音宣布：劉快死了。
一九六八年二月十一日， 劉少奇為自己寫了最後一份答辯，中間提到毛早年就是個專制者，二十年代初期他在毛那裡開會時就"根本無法發言，最後，總是照毛的意見辦理。"
為了這些話，江青等人氣急敗壞，批示說劉"惡毒的攻擊了偉大領袖毛主席"，"反革命放毒要批臭"等等。任這些人去暴跳如雷，劉少奇從此一個字不寫，一句話不說，用沉默表示他獨特的抗議。
一九六九年十月一個寒冷的夜晚，劉在一床被子下半裸著身體，被抬上飛機送往開封。當地醫生要求給劉透視診病，上面不准。在劉病危時要求送醫院或會診搶救，也被拒絕。死亡在十一月十二日到來。在一個夜深人靜的時刻，劉的屍體被秘密運往火葬場火化，臉用白布包著。火葬場的人接到通知說死者患有急性傳染病，要他們全部離開，只留兩名工人看爐點火。火葬單上填的是假名字。
劉少奇的死極端保密，毛直到嚥氣也沒敢對中國人民公布。權勢熏天的人在除掉政敵後往往喜歡張揚慶祝。毛卻怕人知道，怕劉的死訊傳出會激起人們對劉的同情。劉死後的這些年，毛不斷在媒體上批劉，給人印象劉還活著。毛雖然報了仇，但心虛已極。
網上有一篇文章講了這麼一件往事，中共紅軍長征到延安後，有一回看戲，演的是唐僧取經。毛澤東突然對身邊的一個民主人士說："唐僧西天取經誰最堅定？唐僧。誰最動搖？豬八戒。 " 接著他指著坐在他左邊只隔一個座位的張國燾，說："他就是長征路上的豬八戒。"張國燾聞言大怒，啷一下站起來，向劇場外走去，罵了句："無恥。"毛澤東面不改色。又啷一聲響，只見一個身材高挑的人拔地而起。是劉少奇。他對張國燾厲聲道："你住嘴！"
滿場大員，無一人拔刀相助，連毛澤東本人都未拔刀，劉少奇卻慷慨拔刀了。張國燾是罵人了，可毛澤東也罵人了，而且出擊在先。張國燾的嘴薄如紙，毛澤東的嘴比紙薄。劉少奇怎麼就一個魚躍跳到毛澤東的隊列中呢？
賴劉少奇鼎力支援，毛澤東狂勝張國燾。張國燾見勢不妙，夾起尾巴逃跑了。今天來看，張國燾真是聰明的一休。雖說最後他以八十歲高齡在加拿大多倫多養老院中病死，但總比劉少奇死得漂亮多了，也溫情多了。還比劉少奇多活十歲。
劉少奇最偉大的功勞在於從事了一項發明創造。他提出了"毛澤東思想"。
一九四五年黨中央在延安召開"七大"，劉少奇在會上熱辣辣地誇獎毛澤東。他做了幾次報告，次次都是嘴巴上盛開喇叭花。有一次報告，他總共一百零五次提到毛澤東的名字。台上的領袖們均在點頭，周恩來、任弼時點得很輕，充其量能算頷首而已。林彪點得衝動而激烈，像小雞啄米一般。奇怪的是，毛澤東也和他們一樣點頭。他臉上掛著自信的笑。他放任自流地聽憑別人歌唱自己。
劉少奇作修改黨章的報告。毛澤東被他表揚了絕不下一百次，如果加上"毛澤東思想"就更不計其數了。他幾次脫離報告，去解釋那個剛被分娩出來的字眼。每到這時，他的聲音都會提高八度。念稿時他還稍有結巴，這時卻流利如水。他一次一次地用手劈開胸前的空氣，他特別激動。當他最後一次作解釋，說出了那句在以後被千萬次重複的名言時，他的聲音嘶啞了："我們偉大領袖毛澤東已經用他的思想把我們全民族的思想提高到一個前所未有的高度。這就是毛澤東思想！"
掌聲雷動，幾乎要掀翻楊家嶺大禮堂的天靈蓋。"毛澤東思想"是劉少奇這個母親生出來的。這個嬰孩一出世就注定要萬歲的。今天，毛澤東已無言，劉少奇亦無言，但毛澤東思想仍在喋喋不休地發言。人們用它斗天，斗地，斗別人。誰上臺誰就自己宣布掌握了它；誰下臺誰就被別人宣布背叛了它。上台下臺，車輪咕轆轆轉，只有它不動。
毛澤東首先應當感謝劉少奇。他也確實這麼作了，他不止一次對別人說："經過延安整風，我結識了幾個親密的朋友。有劉少奇、陳伯達、胡喬木、高崗、陸定一、彭真。還有周揚。"劉少奇赫然排在第一位。
中共前政治局委員李雪峰在１９９８年發表的《我所知道的"文革"發動內情》中寫道：１９６６年"５月１１日下午中央政治局擴大會議第一次全體會議由劉少奇主持。少奇、小平、總理都坐在主席台上，毛主席仍在外地沒有回來參加。............聽見有人在後面拿著什麼材料念。彭真一聽就火了，態度激昂，回過身來朝著後面大聲說：‘誰是第一個喊叫萬歲的！'證明歷史上是他先喊主席‘萬歲'的。坐主席台上的少奇馬上制止，吵架就停了。"（李雪峰在彭真被"打倒"後接任彭的北京市領導人的職務。原文發表於《百年潮》，１９９８年，第四期）
在劉少奇主持的把彭真清洗出去的會上，彭真表白他第一個喊"毛主席萬歲"，結果無濟於事。而且，一年以後，輪到劉少奇來做這樣的辯白了。
據劉少奇的子女說，１９６７年４月１日《人民日報》發表戚本禹攻擊劉少奇的文章《愛國主義還是賣國主義》，劉少奇非常氣憤，對他的兒女說："我不反革命，也不反毛主席，毛澤東思想是我在‘七大'提出來的，我宣傳毛澤東思想不比別人少。"（引自劉少奇子女的文章《勝利的鮮花獻給您》）
劉少奇在１９４５年提出了"毛澤東思想"這個說法，對抬高毛澤東的權力地位是有大功勞的。但是，取代他的第二號人物的林彪在１９６０年代發明瞭一大套關於毛澤東的辭令和生活儀式以及規則，比如"四個偉大"、"頂峰"、"萬壽無疆"、"天天讀"、揮舞小紅書、到處建立毛澤東的巨型塑像，到處張貼毛澤東語錄，等等。彭真和劉少奇在這一方面要跟林彪競爭，顯然是劣勢。
除了劉少奇，毛最恨的人要數彭德懷了。毛讓他也吃夠了苫頭，結果是同樣的不能令他稱心如意。文革開始後，毛派北京地質學院造反派到四川把彭抓來北京。造反派領袖朱成昭，在回北京的火車上同彭德懷長談，彭把廬山會議的大致情況講給他聽，朱成昭幡然醒悟，佩服彭德懷，不僅一路保護彭，回北京後還給毛寫信，說整彭整錯了。信寄出後，朱成昭從幾十萬人的指揮轉眼變成階下囚。牢獄多年，他仍不後悔。另外一個造反派首領，北京航空學院的韓愛晶，在批鬥彭時打過彭。後來韓愛晶對自己的行為非常後悔。
在北京，彭被幾十個單位輪番批鬥，被大皮鞋當胸踢，被木棍打斷骨頭，在批鬥台上昏過去、醒過來。至67年末止，彭共遭受12次萬人大會批鬥。由於毛懷疑他曾跟赫魯曉夫商討過倒毛，他被提審二百六十餘次，最後精神出現錯亂。在監獄裡，他寫下一生的經歷，對毛的指控做出堅決的反駁。一九七零年九月完成的自述結尾寫道："我仍然挺起胸脯，大喊百聲，問心無愧！"
彭的侄女彭梅魁等後來撰文說，"他們硬把您關在病房不像病房，監獄不像監獄的屋子裡。連明媚的陽光也不肯給您。...，活活地囚禁在十幾平方米的黑屋子裡，有耳不能去聽，有嘴不能去說。"
彭在這樣"病房不像病房，監獄不像監獄"的條件下被囚禁了七年，六年多的時間他的侄兒侄女們都不能去看望他，也沒有任何關於他的消息。
到1974年9月，已經76歲高齡的彭德懷因患直腸癌身體狀況急劇惡化，當"彭德懷專案組"通知當時正在北京師範大學圖書館進行"勞動改造"的彭的妻子浦安修，並表示彭已病危，可由她自己決定是否去看他時，浦安修低頭流淚說："我還是不去吧。"
彭體魄強壯，他受的磨難也就比劉少奇長久, 一直持續了八年，直到一九七四年十一月二十九日，他終於倒在直腸癌下。像劉一樣，他的火化也在極端保密的狀況下進行，用的是假名字。像劉一樣，他的死在毛生前也沒有敢公布。
