烏魯木齊騷亂髮生後，當局指所謂的暴徒大部分來自南疆地區，之後在南疆的和田、喀什等地區，加大搜捕力度。和田是新疆最南端的城市，在當地一位女士星期一告訴記者，和田局勢嚴峻："有些（旅遊）團被取消了，就是北疆還有烏魯木齊那邊的"。
和田一位市民接受記者查詢時也證實，他們接到自治區旅遊局下達的通知："去北疆暫時沒團"。
記者：什麼時候有啊？
市民：一個月以後吧。
記者：什麼時候原因啊。
市民：現在社會挺亂的，不太安全。
記者：停了多久？
市民：就那天（7月5日）事件發生以後就沒有了，現在新疆自治區就去那邊（烏魯木齊），不讓發團。
世界維吾爾大會發言人迪裡夏提表示，南疆的伊犁、喀什及和田，目前仍實施宵禁："現在南部地區的維吾爾人，被限制進入烏魯木齊和北部，而且現在維吾爾人和維吾爾人之間這種自由的流動和溝通，包括旅遊、包括溝通、經商、正常性的外出，全部被禁止了"。
迪裡夏提還說，各地醫院接到內部通知，受傷的維吾爾人前往就醫時，醫院必須在第一時間報警。
和田的一位市民表示："現在有很多安全方面的人，部隊啊，部隊人員天天在路上截查"。
記者：路上哨卡多嗎？
市民：挺多的，部隊的人在查。
據瞭解，南疆的最大城市喀什，其緊張局勢與和田一樣。當地市民告訴記者，當局主要查維吾爾人："喀什比較嚴峻，到處都是武警巡邏的，滿街都是武警拿著槍巡邏，到哪裡都檢查，出去到城外旅遊景點玩，有的設定卡子，要把車停下來檢查一下身份證"。
記者：是不是主要查維吾爾人？
市民：對對對。
迪裡夏提表示："現在最關鍵一個問題是政府想盡一切辦法，將烏魯木齊屠殺問題，想掩蓋這個事實，避免南部和北部維吾爾人在這個問題上，能得到具體信息。因此現在政府採取各種方式，在封鎖這方面的信息"。
烏魯木齊騷亂髮生兩週後，官方首度證實騷亂前已收到相關情報，但對"暴徒"的殘忍度估計不足。新疆自治區主席努爾‧白克力上週六接受外國傳媒訪問時表示，5 日下午和傍晚，政府在得知學生要遊行的消息後，有關方面做了"精心的安排和部署"，做了嚴密防範並勸阻學生。他說，"但是我們沒有想到，暴力犯罪份子會如此窮凶極惡，如此喪心病狂、慘絕人寰、滅絕人性，這一點確實‘沒有估計到的'。"
早前有傳聞指，新疆大學約兩千名維族大學生上街遊行，並有學生在騷亂中被打死。中新社上週二引述新疆大學黨委書記張先亮表示，沒有學生與暴力事件有關，只有"極少數"學生被不法份子引誘、裹挾進去，經過甄別，沒有參與打砸搶燒活動的都被放了回來。不過，他沒有說有多少大學生沒有放，及多少大學生，參與了遊行，該篇報導，目前已被中新網和新疆新聞網刪除。
香港蘋果日報星期一發表李平的評論說，新疆大學校方聲稱學生對黨和政府的工作持正面評價、對國家未來發展懷有期待和信心，但為什麼近年一直有優秀的維族大學生，被當局指為極端勢力的伊扎布特等組織策反？據《中國新聞週刊》報導，現任世維會秘書長多里坤．艾沙、東突解放組織主席買買提明．艾孜來提等，都曾是新大學生；中國公安部首批認定的 11名恐怖份子，有 3人畢業於新大。而被當局指為世維會骨幹、 5月曾潛回新大演講及煽動的艾爾肯．斯科瑞安迪克，更曾任新疆大學學生會副主席、新疆自治區學聯主席、全國學聯副主席。評論說，讓一些維族優秀大學生、學者走上與中國當局對抗道路的，有極端勢力收買的因素，更有當局的民族政策、宗教政策令他們心寒的原因，
而新疆自治區人大正在加快反分裂地方立法。迪裡夏提認為："中國政府是為自己軍事鎮壓，謀求一個合法途徑，同時利用反分裂法，繼續篡改維吾爾人的歷史，剝奪維吾爾人行駛和平結社，表達不同觀點的權利"。
