正當臺灣股市因為第三次江陳會確立陸資赴臺投資的方向而上演慶祝行情之際，海基會董事長江丙坤卻突然請辭，震撼了臺灣政壇。江丙坤到立法院報告第三次江陳會成果時表示，他的辭職不是臨時起意，早在去年底時就曾向馬英九總統請辭，如今他認為已經完成階段性任務，而且他年紀也大了，要多留點給時間給家人，所以再度請辭。
江丙坤說："考慮到自己的年齡，我說要給自己留一點時間。我也考慮到家庭的幸福，我也應該給太太一點幸福，給兒女一個生活的空間。所以我做這個決定其實不是臨時起意。"
改善兩岸關係、發展兩岸經貿，是馬政府上任一年的優先主軸，馬英九去年宣布任命江丙坤出任海基會董事長，就是希望借重江丙坤的經貿長才及豐沛人脈，為馬政府開疆闢土。不過，去年江丙坤家人在大陸經商遭質疑，以及他本人被影射介入國營事業人事案，輿論大加撻伐，加上江家在大陸盤根錯節的人脈關係，確實也讓馬政府感到困擾。
隨著馬英九有意兼任黨主席的訊息漸趨明確，第三次江陳會前，黨內盛傳馬政府有意將江丙坤換下，由黨主席吳伯雄取而代之，對正在前線作戰的江丙坤而言，相當難堪。江丙坤遞出辭呈，使得國民黨內鬥傳聞浮上台面，不只傳言中可能接掌海基會的繼任人選吳伯雄忙著撇清，總統府方面在第一時間表示強力慰留，不會批准辭呈，希望穩住黨內可能產生的風暴效應。
馬英九說："做這個工作，一定會讓很多人不高興，我說像我，每天都有人在罵，如果每天都因為這些事情覺得很困擾，就不想幹的話，恐怕很多事情都無法推動了。我說我們還是要有一些抗壓性，請他不要再有這個想法。我當時要他把辭呈退回去。"
海基會董事長江丙坤請辭，臺灣藍綠立委也紛紛表達關心之意。國民黨立委李嘉進替江丙坤叫屈，認為是有心人士在背後操弄，讓江丙坤心生去意："這段時間，他抱著委屈全力以赴，我覺得國人應該要把重點放在這個地方，而不是讓有心人操作的陰謀伎倆可以得逞。"
而過去批評江丙坤一向不遺餘力的民進黨立委，也認為江丙坤只是國民黨內鬥下的犧牲者，江丙坤請辭，是為自己留住最後的尊嚴。民進黨立委高志鵬說："他的去留不是因為江陳會的成功與否，而是因為馬英九要擔任主席，對吳伯雄要有所安排，所以才作這樣的決定。"
江丙坤選擇此刻遞出辭呈，究竟是被流言困擾而倦勤了，還是如黨內臆測「以退為進」，希望爭取擔任行政院長，接下來就看馬英九如何處理這個燙手山芋！
