2008年7月20日，馬凌仙到西昌參加30年一次的同學聚會。第二天上午，馬凌仙在去冕寧靈山寺途中對同學講法輪功真相，並散發《08年全球華人新年晚會》光碟，被她的同學陳建華（據說是冕寧宣傳部的）、劉文華（會理職業中學教師、學生會主席）打電話舉報。下午，會理國保大隊立即開車到西昌，將馬凌仙從同學聚會處綁架回會理，關押在看守所。
2009年3月16日，四川省會理縣法院非法開庭，在法庭上，當檢察院的公訴人李友瓊告馬凌仙宣傳法輪功、散發光碟是犯法行為時，馬凌仙很平和地陳述了自已修煉法輪功使道德提升，身體所患之疾消失，所宣傳的是大法的美好，對國家、對任何人沒有一點傷害，沒有犯法，是在做好事，是在救人。在馬凌仙的辯駁下，庭長邱雲只好宣布"休庭"。
第二天，馬凌仙的子女去法院找邱雲，告訴邱云：媽媽馬凌仙在校是好老師，在家是好媽媽，是一個好人，沒有犯法，要求他釋放馬凌仙。但邱雲說：法輪功早定性了，釋放不釋放我個人說了不算。最後，將馬凌仙的子女推走了。
馬凌仙修煉法輪大法後，身心受益很多，辛勤工作，獲得全校教職工的好評，得到學生特別是住校生的愛戴。退休後，學校的教師和學生還讚她："對人好！是個好人！"。在法輪功遭受迫害後，她堅持修煉法輪功，兩次被公安非法傳訊，三次被勒索罰款，還被扣發工資，兩次被取消工資晉級資格，三次被非法拘留，七次被非法抄家，還被送楠木寺勞教，無數次被各級騷擾，給她和家庭造成經濟和精神上的重大創傷。
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