微波爐加熱食物雖然快速、省時，但還是有很多器皿不適合微波，消基會秘書長、臺師大化學系教授吳家誠指出，部分紙制便當盒、牛奶盒為避免紙質遇水軟化，內層都塗有工業蠟、蜜蠟製成的防水膠膜，若材質較差，一旦加熱可能溶出長鏈碳氫化合物，「不僅具毒性，身體也無法分解，建議裝在玻璃或瓷器中再加熱。」
臺北市衛生局和消基會都建議，「玻璃、瓷器材質較適合微波。」塑膠餐盒常被用來作為微波食器，衛生局建議，消費者應盡量選擇素面的餐具，避免選用鮮艷顏色的餐具，以免加熱熔出有毒物質。
消基會過去檢測，在有色盒蓋上驗出超過一百ppm的重金屬「鎘」。吳家誠指出，鎘會累積在肝腎、血管壁與骨骼，長期食入低量的鎘會造成腎衰竭、及全身酸痛的「痛痛病」。「即使是標示可耐高溫的塑膠容器，也不代表不會溶出有毒物，民眾最好選購透明或碳黑色塑膠容器，相對安全。」
吳家誠表示，只要塑膠產品不是透明原色，像辦桌常見的紅色免洗碗，基本上都具有毒性，只是毒性多寡之別。消基會也建議，微波食物時應避免使用保鮮膜，若真的要用，也需與食物相距二點五公分以上。
依環保署規定，塑膠容器在後方三角型標示上會有一到七類塑膠標示以利回收。吳家誠表示，塑膠第三類「ＰＶＣ氯乙烯」與第七類「ＰＣ聚碳酸酯」，因含有「雙酚A」，毒性最強，都不適合用來微波。這類材質最好拿來盛裝蔬菜或冷食。
多數的超商便當除外層收縮膜外，尚有上下兩層塑膠包裝，甚至在內部放有塑膠片。消基會過去調查發現，部分超商便當的塑膠包裝甚至多達四層，吳家誠說，只要便當所使用的塑膠容器在加熱後變形，就表示塑膠已釋出有毒物質，建議不要食用。
金屬容器、保麗龍、鑲金邊的瓷碗都不可當成微波容器，吳家誠說，金屬容器在微波加熱時，金屬中的電子會跑到表面，可能產生火花，易使微波爐壞掉。
經濟部標準檢驗局已修訂公告「塑膠製餐具」國家標準，特別要求商品應該標示耐溫範圍，以及是否可用於微波爐、可否微波加熱等注意事項。至於可反覆使用的塑膠餐盒，需區分「耐煮沸性」與「耐微波性」。
