中國大陸毒奶粉流入臺灣一事，海峽兩岸關係協會（海協會）今天（27日）發函臺灣海峽交流基金會（海基會）正式表示對臺灣民眾的歉意，來函全文 147個字，內容如下：「三鹿牌不合格嬰幼兒奶粉事件已被證實是一起不法份子製造的食品安全事件。對於由此給臺灣消費者和廠商造成的困擾和損失，我會特請貴會轉達對臺灣民眾的歉意。大陸方面絕不姑息任何傷害兩岸消費者健康權益的不法份子，將繼續秉持實事求是、認真負責的態度，採取堅決有效措施，嚴肅查處相關責任人，維護消費者健康權益。」
面對此一「遲來」的道歉，海基會董事長江丙坤表示，樂見海協會針對毒奶粉事件向臺灣表達歉意。雖然時間上晚了一點，但他相信這一良性發展，對於即將在臺北舉行的第二次「江陳會談」會有極為正面的幫助。海基會也已經正式成立申訴及求償服務中心，受害的消費者與廠商所提出的申訴案件，海基會將透過海協會代為求償。
臺灣總統府發言人王郁琦說，針對臺灣民眾關切的毒奶粉事件，大陸方面能表示歉意，是一個善意的響應。行政院大陸委員會發言人劉德勛也表示，樂見大陸負責任的表現，但還要看大陸後續是否有負責任的行為，對該予以賠償的給予賠償。
而民進黨國際事務部主任林成蔚表示，這樣子的道歉太沒有誠意，也太晚了，本來早就應該做的事，為什麼要等到5、60萬臺灣人民上街頭後，才用這種方式來處理。
臺灣立法委員塗醒哲則質疑道歉避重就輕，全中國至少42家生產有毒的奶粉，這麼嚴重而且廣泛的現象，真正該檢討的是中國共產黨這個政府，正是因為官方的姑息和訊息的拖延，才會造成廣大民眾的受害，甚至波及海外，「明明是政府和廠商掛鉤做黑心生意，一旦發生了事情，都推給廠商。事實上，該被譴責是中國共產黨政府，而不只廠商。」
國內毒奶事件爆發後，9月12日，海協會常務副會長鄭立中罕見的以電話告知臺灣海基會，三鹿公司生產的嬰幼兒奶粉內含三聚氰胺，且有部分流入臺灣。此事引起臺灣民眾強烈震撼，臺灣陸委會於9月14日在記者會上要求大陸方面應立即道歉，並對受害商家與消費者予以賠償。10月 25日臺灣60萬民眾齊聚凱達格蘭大道舉行「反黑心顧臺灣」的遊行抗議活動。
