董奉不僅醫術精良，更是一名修煉得道的仙人。《神仙傳》對董奉的事跡有詳細的記載：
吳先主（三國孫權）年間，有一年輕人任候官縣的縣長，他見到董奉時，董奉也就四十來歲，他並不知道董奉是修道之人。後來這位縣長被罷官，離開了候官縣。五十多年後他被委派了另外的職務，因公務經過候官縣時，見從前的同事都老了，而董奉的容顏絲毫未變，與五十年前一樣。他就問董奉："你是否已是得道之人？當年看見你是這樣，如今看你還是這樣，而我已白髮蒼蒼，這是怎麼回事？"董奉客氣地說："這只是偶然的事而已。"
交州刺史士燮得毒病死，死了三天。恰好董奉這時就在交州，得知此事後，就前去看望士燮。董奉把三粒藥丸放在死者口中，又灌了些水在他嘴裡，然後讓人把死者的頭捧起來搖動著讓藥丸溶化，不一會兒，士燮的手腳有動的跡象，臉上開始有了顏色，半天就能坐起來，四天後就能說話了。
士燮回憶說："我剛死的時候就如在夢中，見有十幾個黑衣的人來把我抓上車去，車進了一個大紅門後，他們就把我投進了監獄。監獄裡都是一個個的小單間，每間只能容納一個人。他們把我塞進一個單間後，就用土把門封上，裡面漆黑一片，看不見一點光亮。這時，我忽然聽見門外有人說太乙真人派使者來召見我，又聽見有人在除去封在門上的泥土，過了很久，我才被弄出去。這時我看見一輛紅蓋馬車，有三人坐在裡面，一個拿著符節的人，招呼我上車。車把我送到家門口時，我開始有知覺了，很快我就完全甦醒了。"
士燮起身向董奉拜謝說："承蒙您救死回生的大恩，不知何以報效？"他為董奉在院裡起了一座樓來侍奉他。董奉不吃別的食物，只吃些乾肉和棗，飲少許酒，士燮就一日三頓供奉肉、棗和酒。吃飯時，董奉每次都像鳥一樣飛來，騰空而坐，吃完了就飛走，無人察覺得到他的出現。這樣過了一年多，董奉向士燮辭行。士燮不願董奉離去，哭著挽留也沒留住，就問董奉想去什麼地方，需不需要一條大船。董奉說："我不要船，準備一副棺木就行了。"士燮就依照董奉的要求，置備了棺木。第二天中午董奉就去世了，士燮把他裝殮後下葬了。七天後，有人從容昌來捎話給士燮，說："董奉感謝他，望他保重。"士燮這才知道董奉還活著，並未死去，於是他就到墓地打開棺木，只見裡面僅有一塊綢子。綢子的一面畫了個人形，另一面是用硃砂畫的道符。
後來董奉回到豫章廬山下定居。一次，有一個人得了疫病，危在旦夕，被人用車拉著來見董奉，叩頭哀求董奉救命。董奉叫病人坐在一間房子裹，用五層的布巾蓋住他，告訴他別動。病人後來說，起初覺得一個什麼東西來舔他的身子，痛得讓他難以忍受。它的舌頭好像有一尺多寬，氣息像牛一樣，不知是什麼動物，舔了很久才離去。董奉揭下病人身上的布巾後，讓他入池中用水沖洗，洗完後，就讓他回家。臨走時，董奉告訴病人："你很快就會好的，注意不要吹風。十幾天後，病人全身通紅，身上的皮已全部脫掉，疼痛不堪，用水洗才能止痛。二十天的時候，病人身上長出了新皮，皮膚光滑如凝脂。
後來有一次忽然來了大旱災，縣令丁士彥建議說："聽說董奉修煉得道，應當有辦法能讓雨下來。"於是派人送酒、乾肉給董奉，希望董奉能幫忙解除旱災。董奉說："求雨是很簡單的。"於是看了一下屋子說："我的屋子簡陋到可以看到外面，若下起雨來，會很困擾的。"縣令瞭解董奉的意思後，說："先生只要求雨即可，我當為你架好新的屋子。"明日，丁士彥調派了一百多名人手，搬運竹木，架立房子。當打算要到數里以外的地方取水，以聚土作泥時，董奉說："不需要這麼麻煩，到傍晚時就會下起大雨了。"果然到傍晚，下起了大雨。四方民眾均感到喜悅。
董奉住在山裡不種田，每天給人治病，卻不收取分文。但是，他有一個要求，經他治好的重病患者，要栽五棵杏樹，病輕的，則栽一棵。許多年後，他治癒了成千上萬的病人，種下的杏樹達到了十萬多株，蔚然成林。他讓山中百禽群獸在杏林中嬉戲，替他掌管杏林。杏樹下不生雜草，像專門有人鋤草一樣。後來，杏樹開始結果了。每到杏子成熟時，他就在杏林裡蓋一間草房作倉庫，並告訴人們："想買杏的，只管拿一罐穀物倒進倉房，然後裝一罐杏子走。不須通知他。"常常有人用很少的穀物換取更多的杏，這時杏林裡的一群老虎就會吼叫著追過來，由於驚嚇，這些貪心的人就急忙逃命，罐裡的杏子因此會掉出不少。到家時，一量剩下的杏總是正好和送去的穀物一樣多。對偷杏的人，老虎就一直追到偷杏人的家中把他咬死，死者家的人知道一定是偷了杏，就原封不動地把杏奉還給董奉，並磕頭謝罪，董奉就讓死者復活。董奉每年把賣杏換來的糧食全部用來賑救貧困的人和在外趕路盤纏不夠的旅遊者，一年就有兩萬多人。
一天，董奉升入雲中得道成仙而去。董奉在人間住了三百多年，走的時候，他的容貌仍像三十多歲的人。
由於董奉為人治病不取報酬，只要求病家種植杏樹以示報答，杏熟後換取穀物以救濟貧民的事跡為後世所敬仰，並流傳至今。世人以"杏林"譽醫，用"杏林春暖"、"春滿杏林來表彰醫家之術精德尚者，即緣於此。
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