在劉宗敏等人攛掇下，李自成下令「追贓」。最早向大順軍「獻財」的，乃大太監曹化淳，他一出手就是5萬兩白銀，讓李自成高興了一把。三月二十日，新朝「宰相」牛金星發布文告：「各官具有次日朝見。朝見後，願去者，聽之。敢有抗違逆令者，斬！」
轉天，李自成等人坐於朝堂，牛金星手執花名冊，一一點名。李自成坐一會兒就不耐煩，與劉宗敏起身離去。忽然間，農民軍中有傳令：「前朝犯官俱送劉宗敏將軍處聽候發落。」於是，這大批人被驅趕至劉宗敏處。
結果，劉宗敏根本不審，也不問，只讓人傳令：「以官第獻銀，一品必須獻銀累萬，以下必須累千。痛快獻銀者，立刻放人；匿銀不獻者，大刑伺候。」
一時之間，棍杖狂飛，炮烙挑筋，挖眼割腸，北京城內四處響起明朝官員的慘嚎之聲。同時，城中富民不少人也被加以拷掠，平民的薪米盡被農民軍搶掠以供軍用。城內餓屍遍地。李自成也覺有些過分，對劉宗敏等人講：「你們為何不幫助孤王做個好皇帝？」劉宗敏馬上頂他一句：「皇帝之權歸你，拷掠之威歸我，你別廢話！」
李自成默然。甭看劉宗敏的官銜只是「制將軍」，不是「太尉」、「大司馬」什麼的，其實他幾乎與李自成平起平坐，根本不買這位哥們「皇帝」的賬。
入京軍紀日益敗壞
官員中首遭掠死的，竟然是率三大營兵士在京城外最早投降的明朝國戚、襄城伯李國楨，是崇禎帝末期最受寵信的臣子。李自成在北京城外初見李國楨，就沒一絲好印象，呵斥他說：「汝受天子重任，信寵逾於百官，依理應該死國，厚臉來降，汝欲何為？」馬上就令人把他綁個嚴實，根本不理他的痛哭哀求。
劉宗敏首先刑拷於他，小火燎燒，大板痛砸，折磨一夜，終於讓這位李爺極痛而死。
大學士魏藻德，明朝狀元出身。單獨囚於一黑屋中。這魏大人隔門縫乞求：「新朝如欲用我為官，就把我放出來吧，別把我鎖在這裡。」這一來，反而提醒了劉宗敏。劉宗敏把魏藻德提入廳堂親自審問，首用夾刑，邊夾邊問：「汝居首輔，何以亂國如此？」
魏藻德邊嚎邊答：「我是書生，不諳政事，先帝無道，遂至於此。」劉宗敏大怒：「汝以書生擢狀元，為官三年即升首輔。崇禎何處對不起你，竟敢誣他為無道昏君！」於是，劉將軍扇了他數十大嘴巴。士兵見狀，夾棍猛扯，老魏十指皆斷，疼痛之下大呼：「我有一女，願獻給將軍為妾！」劉宗敏喚人立取其女，姦污後送入軍營，聽憑軍士享用。但是，對於獻女的老魏，劉宗敏更加不屑，嚴命兵士加緊拷掠。一共「伺候」了六天六夜，最後魏藻德腦袋被刑板夾裂，腦漿流出而死。
明朝的翰林、科臣這些清貧官員最倒霉，他們家中油水實在拿不出，多被刑掠而死。
經過數天拷掠，李自成軍共得銀七千多萬兩，均讓工人重新熔鑄成巨大的中間有孔竅的方板狀銀板，以便於運輸。七千萬兩真不是小數。崇禎帝十多年加餉攤派，從民間得銀不過兩千萬兩，結果導致民心渙散而亡國。李自成在京城榨銀七千萬，酷烈可知。大順軍初入城的前十天左右紀律嚴明，士兵犯搶劫及強姦罪的被釘死剮殺了數百人。只是隨著時日推移，農民軍軍紀日益敗壞。
得知父親被夾拷，吳三桂大怒，向清軍「借兵復仇」
四月中旬，聽聞山海關吳三桂「造反」，李自成坐不住。他想讓劉宗敏、李錦率軍出征，但二將耽於京城內的淫樂享受，搖頭不應。無奈，李自成只得「親征」。
四月十九日，李自成早晨發兵。隨行人中，除七八萬精兵外（號稱20萬），還有吳三桂父親吳襄以及崇禎帝三個兒子。
1644年初，皇太極已死。主持清廷政局的多爾袞聽說李自成在西安建「大順」，立刻派人前去聯絡，提出要「並取中原，同享富貴」。李自成沒有做出反應。
松山敗後，明廷並未嚴處敗逃的吳三桂，僅名義上降其三級，仍然派他固守寧遠。崇禎十六年（1643年），他還率兵多次擊敗清軍的進攻，並多次拒絕其舅父祖大壽替清軍對他的「招降」。
農民軍兵臨北京城下，明廷下詔吳三桂棄寧遠回援京師，他於三月十六日抵達山海關。三月二十日到抵豐潤，卻聽說農民軍已經在前一天攻破北京城。
李自成派人持檄招撫，表示吳三桂歸大順後「不失封侯之位」。北京城內的吳三桂父親吳襄為全家性命打算，也「語重心長」親筆寫信來勸（也可能被農民軍所逼）。
猶豫間，吳三桂得知了大順軍在北京拷打明朝官員追贓之事，大失所望。不久，當他得知自己父親也被夾拷，憤怒至極，決定不再入京，怕自入羅網後父子遭殺戮。後人總是渲染吳三桂愛妾陳圓圓被劉宗敏搶掠姦污之事是他「衝冠一怒為紅顏」、叛李自成的主要原因，其實這只是次要原因。
吳三桂與李自成撕破臉，不是即刻降清，而是以大明孤臣的身份，向清廷「借兵復仇」。
多爾袞接到吳三桂密信，大喜過望，立刻直奔山海關而來。同時，他寫信給吳三桂，許以「裂土封王」，要對方投降，而不是「借兵」。
李自成聽說吳三桂與清軍搭上線，不敢怠慢，派出降將唐通與白廣恩先率騎兵趕至撫寧縣東南的一片石，而他自己則率主力佈陣於石河（今秦皇島燕塞湖水庫）。
吳三桂苦戰不支，優勢清兵殺出，農民軍大敗
此時，多爾袞及部下均心有疑惑，一怕吳三桂騙人，二是清軍從未與李自成交過手，心中沒譜。於是，清軍先拿唐通一軍開練，首先在一片石打敗了這批為數不多的前「官軍」與農民軍混合的部隊。惶急之下，四月二十二日清晨，吳三桂本人親自出關，馳奔歡喜嶺上，拜見多爾袞。多爾袞拉著吳三桂的手說：「君為故主復仇，大義可嘉。我今次領兵入關，嚴令大軍遵紀。望君告知關內士民，萬勿驚慌。」吳三桂「感動」之餘，忙與多爾袞盟誓，宰馬殺牛祭天地，表示誰違約誰就不得好死。
多爾袞仍不放心，又讓吳三桂剃髮。吳三桂只得和手下幾個高級軍官立刻剃髮、稱臣。明軍四五萬人來不及一時全剃髮，多爾袞就讓他們先在身上纏白布條作記號。白布不夠，明兵們用裹腳布扯下當記號。由此，混戰之中，清軍見身上裹白布的漢人就知為「盟軍」不殺。
回到西安後，李自成精神萎靡，半年內基本沒什麼大動作。
1645年正月十二日，守潼關的李自成部將馬世耀投降。轉天，他與七千名農民軍均被屠殺。
困愁於西安的李自成聞訊灰心，西北看來是待不住了。臨撤退時，他下令部將田見秀把西安城內所有建築和倉庫燒燬。幸虧這位田將軍還算有人性，只點燃了東門樓和南月城樓，為西安百姓留下了禦寒的房屋與糧食。
李自成打不過清軍，卻渡過長江，在荊河口大敗左良玉部明軍，武昌、襄陽均落入李自成之手。他準備攻取南京。但清軍追至武昌，李自成只得棄城接著逃。
四月下旬，在江西九江附近的一次大戰中，農民軍大敗，數萬人被殺，李自成的兩個堂叔以及大將劉宗敏皆被俘後剮殺。
李自成身邊僅剩下萬把人。五月初四這天，農民軍大隊人馬行至湖北通山縣境。李自成胡亂吃了幾口，就率28名親兵在附近九宮山一帶轉悠，一來消遣愁緒，二來察看地形。
附近的山民聽說有「賊人」到，就糾集了數十人來殺。這些老實巴交的農民，多年遭「流賊」之害，最重要的是，他們根本不知道有數千農民軍在附近，只以為是一股小部隊，故而有膽上來廝殺。
李自成手下人馬立刻驚散。倉猝之間，李自成拍馬就跑。
逃到牛背嶺，又遇山間滂沱大雨，李自成坐騎陷於泥中走不動，他只好下馬牽坐騎深一腳淺一腳前行。農民程九伯見李自成一人獨行，身邊又有匹好馬，立刻手持鋤頭竄了出來。李自成畢竟身經百戰，程九伯不是對手，被對方騎在身下。李自成壓住程九伯，回手抽刀，但刀鞘中因雨水沾泥，一時間拔不出來。
此刻，程九伯外甥金二狗趕到，他見舅舅被一個大漢騎在身下要挨宰，情急之下，掄起鐵鏟沖李自成砍去，嚓的一聲，一下子削去「大順皇帝」半個腦袋。一下崗驛卒（李自成最早從事的職業）死於一農民之手，結局充滿了隱喻般的黑色幽默。可嘆這一切，殺人「真凶」程九伯根本不知，與外甥一起在山中小屋看著草地上的大馬傻笑。
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