南京秦淮河常年垃圾氾濫，水質因垃圾腐爛發酵而嚴重污染，魚類瀕臨死亡，腐臭氣味令遊人掩鼻。
一提起秦淮河，人們會想起唐朝詩人杜牧"煙籠寒水月籠沙"的詩句，以及近代文人俞平伯的散文"槳聲燈影裡的秦淮河"。看到最近媒體上有關南京秦淮河水遭受嚴重污染的報導，人們不敢相信，這些報導所說的，就是杜牧和俞平伯筆下那條可以讓你心魂蕩漾的秦淮河。
上海東方網一則報導說，站在秦淮河入江口，你會發現，嚴重污染的長江水，比起呈暗黑色的秦淮河水來，還算是清澈的。
美國特拉華州環保專家高放博士表示，垃圾污染不獨是南京秦淮河的問題，而是中國城鎮普遍存在的問題。他說，中國迄今還沒有找到解決垃圾污染的辦法： "秦淮河很漂亮，我去過那裡。其實垃圾問題不只是南京的問題，實際上是所有中國大中型城市都算在內，甚至是農村鎮、縣一級的地方都有的問題。總的來說，我自己覺得這垃圾問題，中國實際上還沒有找到一個合適的辦法來處理垃圾。像北京、上海這些大的城市可能會好一些，市內的垃圾運到城外，有的是填埋，有的是焚燒。現在從整個國家來講，沒有找到一個很好的處理辦法。最近這些年，好像各地不少垃圾焚燒。其實燒掉是一個辦法，但是，目前的焚燒技術主要的一個問題就是產生二次污染。"
環保組織"綠色江河"負責人楊欣也表示，中國的江河湖泊普遍遭到污染："中國的很多的城市河流都存在同樣的問題，很多的河流都是屬於被污染的河流。不管是秦淮河，包括其他的城市，比如說武漢的河流、武漢的湖泊、成都的周圍河流、像昆明滇池等等湖泊都遭到了很嚴重的污染。但這種污染跟經濟的發展，還有污水的治理程度、密度，是分不開的。"
楊欣說，中國的垃圾治理治標不治本，只從局部景觀著眼： "雖然這些年政府做了這些方面的努力，特別在水環境的治理方面也投入了很多的金錢，但在治理過程中可能是追求一些表象的、景觀的一些環境，並沒有完全從根本上徹底地治理。這個河害的來源不僅僅是南京，還有其他地方來的，上海還有幾十公里長。南京城裡面可能是治理住了，但是在它的上游地區就沒有。很多地區，特別是像農村，他們有把垃圾倒到河邊的習慣，河水一漲就把垃圾沖走了，我這兒反倒乾淨了，其他地方就不管了。南京河流的污染不僅僅是在南京地區，其他地區也有可能在進行污染。這種情況下，要解決這個問題，就不僅僅要解決南京市的問題，可能還有其他地區上游的問題。比如說上海的蘇州河、上海的黃浦江等等，這些不僅僅是上海的污染，還有上游的污染。"
這位環保人士表示，中國政府的垃圾管理和清運工作作得不好，民眾的環保意識也有待加強： "當然，一個是老百姓的意識不高，還有一個就是政府的監管、政府的清運垃圾的管理是不是已經跟上了？我剛才講了，那個河流不僅僅是南京的河流，因為這個河流是從南京以外流過來的。上游地區是不是也監管到了？政府在這方面的工作是不是已經做得很細了？我們舉個例子，在街邊有沒有垃圾桶？如果有垃圾桶的話可能會把垃圾扔到垃圾桶，比如吐了個痰到紙裡面，可能順手就扔到桶裡面了。如果走了一、兩個小時都沒有垃圾桶，你該怎麼辦？所以，政府在垃圾管理上一定要跟上，包括垃圾的清運，垃圾的處理設施。另外，要加強對老百姓的宣傳教育。"
環保專家高放博士表示，中國應當借鑒美國的垃圾清理系統和相關法規的實施： "實際上垃圾問題美國也有。比如說我的房子後面有條小河，雨一下大了，偶爾兩年一次也是水一上岸以後，把垃圾，雖然不是很多，也是沖得滿地都是。美國的垃圾量大概我想是中國的三到四倍，我說的是人均。但是，美國垃圾處理的整個系統比較好，沒有大量的垃圾直接傾倒到河床、河道裡。也就是說，它的法規制定得比較嚴格。中國這樣的法規也有，但是執行起來不大有力，這也就造成了像秦淮河這樣大水一氾濫，垃圾就漂泊上岸。"
高博士表示，垃圾的處理不是一件小事，國家領導人應當過問了，他本人也有意向中國介紹不產生二次污染的垃圾焚燒技術： "垃圾問題現在已經關係到國家形象和老百姓的生活質量問題了。溫總理應該過問這個事情了，這不是一個小事情。上面這些領導前一段可能就忙十七大，忙一些大政方針的問題。現在這些問題我想應該解決了。我有一個同事，一個朋友，過去的四、五年我一直在幫他做。現在就是想在國內推動一個叫做第三代垃圾焚燒技術，這個技術主要的特點就是不產生二次污染，可以最大限度地減少垃圾的量。也就是說，固體垃圾焚燒掉以後，就有96%，97% 的體積會縮小。但是這個技術有一個問題就是造價和投資比較高。"
中國環保人士吳琦建議，秦淮河沿岸應培植一個五十米寬的植物帶，以阻擋岸邊垃圾、泥土流入河中，但當務之急是用鐵絲網攔截岸上垃圾。
