審計報告指出，三峽工程被抽查的11個單項工程發現給多家有關施工單位多結算了1.59億元；超出合同約定以獎勵或補償方式多支付施工單位3.24億元；另外勘查失誤等還造成損失浪費540萬元。
同時審計人員還發現工程期間購置的價值4000多萬元的設備長期閑置，未得到使用。
在土地方面，三峽工程在未經審批的情況下將306畝國家劃撥建設用地用於開發經營，用途包括收費的截流紀念園、旅遊和建設三峽工程大酒店等。
與此同時，原計畫建設輸電線路直流換流站的1650畝土地卻因設計變更取消換流站建設而閑置至今。
另外審計人員還發現，三峽工程造成周圍地區水土流失嚴重，石料開採造成長江左岸下岸溪入口處嚴重淤積。
質量問題
審計報告還批評三峽工程的部分中小合同項目沒有嚴格執行招投標制度，另有部分單項工程被違規轉分包。
報告還指出，三峽工程開工以來共出現過37項質量事故或缺陷，雖然這些事故或缺陷都已得到處理，但其中25項沒有明確責任主體，22項沒有提交事故處理報告。
審計署向國務院三峽辦和三峽總公司建議，針對審計中發現的問題進行整改，完善制度，減少不合理指出，加強水土流失治理。
審計署認為三峽工程可以在2009年基本竣工，已經完成的部分在防洪、發電以及航運方面都達到或超過了設計的預期目標。
三峽工程預計未來總庫容393億立方米，總裝機容量達到2250萬千瓦，年發電量約880億千瓦時，主要供應華中和華東地區。
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