可是，崇禎皇帝出了好面子之外，最大的弱點就是多疑，很難想像在他心中有什麼人是可以信任的，包括他的兒子。自己不去南京是因為面子，而不讓兒子去南京，就是多疑－－他害怕自己成為李隆基第二，萬一要是北京沒有失守呢？已經16歲的兒子要是在南京自立為帝，奉自己為太上皇，把自己架空，該怎麼辦？所以，在擔心北京難保玉石俱焚的焦慮中，崇禎皇帝死死拉著他三個兒子與自己一起坐等著北京沉沒在農民軍的汪洋大海－－很不符合常理和邏輯，可事實就是如此。
九門相繼落入敵手，崇禎可以把皇后、妃子、公主們殺死或賜死，自己也可以一死殉國，但對於三個兒子，總還是存著他們能夠逃出去重振社稷的希望，便把他們交給心腹太監們讓他們想辦法逃出去。但這個太晚的決定並沒有挽救皇子們的命運，那些平常裡最受皇帝信任的太監們可沒有什麼赤膽忠心，面對北京到處都是農民軍的情況，他們或是把皇子都在街上讓他們自生自滅（這還算是仁慈），或是乾脆拿著皇子去向大順軍請功，於是，他們全都落入了李自成的手中（取自《甲申核真略》和《定思小紀》的說法）。
李自成並沒有立即殺死他們，而是帶著他們去征討打著「克復神京、奠安宗社、乾坤再整、日月重光」旗號來和他作對的吳三桂，為的是以皇子來要脅吳三桂－－李自成自然不會知道吳三桂後來對南明永曆帝的所作所為，否則的話絕不會想出這個主意。在山海關，李自成被吳、滿聯軍擊敗，接著一敗再敗，三位皇子奇蹟般的活了下來並擺脫了大順軍，走上了各自不同但最後殊途同歸的路。
說「殊途同歸」，是因為三位皇子雖然相差了幾十年，但最後都死在滿清朝廷手中。
先說皇長子，也就是太子朱慈烺，他的身份最尊貴，運氣和遭遇也是最差。從大順軍中逃出後，可能是因為要尋找親人，他回到了已經落入滿清的手中的北京，找到了自己的外祖父周奎，寄居在了周家。並和自己的妹妹，那個被崇禎帝砍掉一隻胳膊的長平公主重逢，兄妹倆抱頭痛哭。然而周家人都是勢力小人，哪裡會保護安置這位燙手山芋？太子的舅舅周繹出面要剛安頓了兩天的太子馬上走人。在亂軍當中吃夠苦頭的太子早就一肚子怨憤，再見到這些臣子加親人的不忠不義，哪裡還壓得住火？與自己的舅舅大吵起來，以至於雙方拳腳相加，終於驚動了鄰里和巡捕，周奎見已瞞不住，便把自己的外孫子舉報了。
清攝政王多爾袞無端的抓住了大明王朝的真命天子，按說應該是喜出望外，可事實上明太子的落網並不那麼簡單，無論是殺是留都很麻煩。作為外來入侵者，滿清一方面為了收買人心可以禮葬崇禎皇帝，可以善待所有不再抵抗的人，另一方面對於他們一統中原的障礙決不會手軟。可明太子正好處在這兩中態度的矛盾當中，若是留著他，明朝的忠臣義士就會心懷希望的打著他的旗號前仆後繼。可如果殺了他，滿清的為明朝報君父之仇的說法就會自食其言。
多爾袞不愧是精明的政治家，他很快想出了一個一箭雙鵰的好主意，那就是－－讓人指出太子是假的，以冒充太子之罪將太子殺掉。於是，一場「認證真偽太子」的鬧劇上演了。首先是親人指認，太子外公周奎和舅舅周繹自然領會了攝政王的意圖，一口咬定太子是假冒的，長平公主堅持說是真，被周奎打了一個耳光後也不敢再說話。原太子的侍奉太監有幾個不知天高地厚的指認是真，馬上被處死，剩下的也就承認是假。連曾經是太子老師的原內閣大學士謝升也指出是假。雖然太子當眾說，謝先生，某年某月某日，你講書時說過某事，現在還記得嗎？弄得謝升啞口無言，怏怏而退。但結果已經出來了，太子是假的！還有人上表堅持說是真的？好辦，殺!一氣殺了十五個爭辯的大臣，終於沒人敢說話了。太子在被壓上斷頭臺的時候也許明白了，他原本來北京時看到滿清禮葬他的父皇，以為也會厚待他，可父皇受到禮遇是因為死了，而自己是活的。他終於連以一個前朝太子的身份去死的機會都沒有了。（以上史實出於《石匱書後集》和《甲申傳信錄》）
皇三子定王朱慈燦，一直以來下落不明。到康熙18年三藩之亂快要平息時，定遠大將軍安親王岳樂在湘中抓獲了一幫乘亂招兵買馬的草頭王，審問後發現他們還有同黨，是一個還俗的和尚，自稱叫朱慈燦。抓獲後，發現供述的情況與真正的皇三子情況極為相像，與順治8年、12年、13年、16年和康熙12年打著「朱三太子」旗號起義諸多皇三子大不相同，完全有可能是真的朱慈燦。這回，清朝政府可比剛入關的時候成熟多了，康熙皇帝像彈灰一樣漫不經心的說道：「彼時朱慈燦年甚小，必不能逸出，今安得尚存？大約是假。」便決定了這位「朱三太子」的命運－－以一個打著太子旗號的混混的身份殺掉。（《八旗通志》和《清聖祖仁皇帝實錄》有載）
最小的皇四子永王朱慈煥應該是兄弟姊妹中最幸運的一個，在大順軍中與兩個哥哥失散之後，與一位姓毛的將領逃到了河南，種了一年地。後因為清政府清查「流賊」，姓毛的逃走，他只能一個人流浪，後在鳳陽遇到了一位前朝姓王的給事中，老給事中念及皇恩，將他收養在家，並改姓為「王」。在王給事中去世後，朱慈煥又過上了流浪的生活，在浙江遇到了一位前朝姓胡的官員，這位胡大人也是個心念故國的人，便將自己的女兒許配給他。從此朱慈煥以余姚王士元為名靠教書為生，到了康熙47年，他已經七十五歲，並且組成了有一妻一妾，六子三女一個孫子的大家庭。他對於自己的身世一直守口如瓶，但作為明朝皇室的嫡系子孫，他最終也沒能擺脫那高人一等的意識，他按皇家的傳統，在為所有的兒子取名時以「和」字排輩，最後一字都為帶有土部的怪字。這些舉動逐漸為人們所注意，一位念一和尚在浙東起義時便打著他的旗號，終於使這位隱藏了幾十年的前明龍種遭到了滅頂之災。化名王士元的朱慈煥全家被捕，他的妻妾和女兒都自縊而死，男性家人無一漏網。朱慈燦否認自己參與造反，他對主審官說：「今上有三大恩於前朝：流賊亂我國家，今上誅滅流賊，與我家報仇，一也；凡我先朝子孫，從不殺害， 二也；吾家祖宗墳墓，今上躬行祭奠命人灑掃，三也。況吾今年七十五歲，血氣已衰，鬢髮皆白，乃不做反於三藩叛亂之時，而反於清寧無事之日乎？且所謂叛亂者，必先佔據城池，集屯糧草，招兵買馬，打造盔甲。吾曾有一於此乎？」話說得合情合理，而且也確實沒有他參與造反的證據，可是，他承認了自己是前明皇子，就只能是死路一條。康熙皇帝又玩起了多爾袞的那一套，拒不承認朱慈煥的真實身份。清廷九卿審訊之後奏報：「朱三供系崇禎第四子。查崇禎第四子已於崇禎14年身故。又遵旨傳喚明代年老太監，俱不認識。朱三名系假冒，朱三父子應凌遲處死。」
所有明末清初的史籍都記載崇禎第四子並沒有在崇禎14年亡故，而已經事過60多年的老太監且不說是真是假，即使是真，又如何認得當年的皇子？可惜，殺機已現，斷難挽回，這些連康熙自己都騙不了的證據就把「王老先生」朱慈煥全家送上了黃泉路，朱慈煥凌遲處死，所有子孫除死於獄中的，全部斬立決。（以上載於《雞林舊聞錄》和《清聖祖仁宗實錄》）
至此，崇禎皇帝的子孫徹底被消滅，而且全都是以不是他的子孫的名義被消滅。清朝皇帝一直在高唱舉逸興絕，善待前朝帝裔，以此來表示自己的寬仁大度和守禮好古，康熙皇帝還表示過：「朕意欲訪察明代後裔，受以職銜，裨其世受祀事。」但當真的前明後裔出現的時候，便開始「葉公好龍」了，都聰明的用不承認身份的辦法來食言，我是說過要保護善待你，可是你不是你，所以我殺你是理所當然的。中國統治者歷來都用這種辦法來保持自己的偉光正，我是說過要虛心納諫，但你說的不是忠言，是誹謗今上，所以你得死；我是說過要人人平等，但你是敵人，所以不能用平等來對待你；我是說過要提倡清廉，但你清廉是在沽名釣譽，所以我要整你……，凡此種種，不一而足,所承諾所標榜的經常改變，而偉光正是不會改變的。
摘錄「內閣大庫檔案」如下：
一、清世祖實錄，順治三年六月丁亥（十一日）大屠殺展開序幕。所頒「上諭」如下：
「諭兵部；聞青州大同，尚有故明親王郡王在彼居住，恐被流言誣害，致取罪戾，爾部可令各該督撫即為查明，並其眷屬撥官兵護 送來京，勿致途次疏虞，違者重治。他省地方如有廢藩居住者，俱令查明奏聞。」
二、東華錄（非正史）載，順治三年五月壬戌條：魯王等十一人私匿印信，圖植....」
三、順治三年八月，山西巡撫申朝紀揭帖：「為順治三年六月十日接兵部諮。轉奉六月十一日上傳，查報境內明季親郡王。查有六合王朱效鑾，山陰王朱廷理二人，見（現）在潞安府及蒲州居住，先行奏聞」。（六月十一日頒旨，六月十九便送抵山西太原）「此即莽書中與明史不同處，六合王名字與明史不同」
四、佚名（內閣大庫檔案殘本缺前頁）山西巡撫殘本：「查解山西境內明季各郡王，計送六合王朱效鑾妻母二人，保定王朱效鑾妻子三人，沁源王朱效＊（金和否加在一起的字）妻子及子媳五人……」（立即開始逮捕）
五、刑部等衙門會題殘本：「……及查兵部擋案，順治三年八月三十日，宣大總督馬國柱先解明季王子共九名，啟奉墨勒根王俱正法訖。其九人妻孥，據解到樂昌王子孫朱一王並劉氏，第二子朱國璋妻郭氏，朱君璋之妻王氏……（一連串男女王妃子女……）又一小孩子。該部裡議得，王等婦人交與戶部，小孩子應斬……」（全部處死）
六、順治六年十二月十五日刑部題本，查拏逃走明宗室朱淇江等案內稱：「該滿洲理事官老卻，同本司郎中王以約查審得，大同朔州宗室的兒子和媳婦們，兵部拏來給了廂黃旗馬拉希牛彔下該都裡為奴……」（婦孺淪為奴）
從此官方書不再稱「明室」稱「偽」稱「逆」。
至康熙三十八年，大帝下旨清查，朱家的皇族都殺光斬絕了（仍有一些人漏網，但屈指可數）
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