章太炎第一次被捕源於在《蘇報》發表革命言論。他雖事先已得知將被拿辦的消息，但卻不願流亡避難，反而從容地對鄒容說：吾已被清廷查拿六次，今七次矣，「志在流血，焉用逃為？」1903年6月30日上午，章太炎聞工部局前來捕人，凜然應聲：「餘人俱不在，要拿章炳麟，就是我！」慨然就捕。
1908年，章太炎因抗議日本當局封禁《民報》，二入牢獄。他當庭詰問裁判長：「擾亂治安，必有實證。我買手槍，我蓄刺客，或可謂擾亂治安。一筆一墨，幾句文字，如何擾亂？」「我言革命，我革中國之命，非革貴國之命。我之文字，即鼓動人，即扇惑人。扇惑中國人，非扇惑日本人。鼓動中國人，非鼓動日本人。於貴國之秩序何與？」「言論自由，出版自由，文明國法律皆然，貴國亦然，我何罪？」傲然正氣，令對方理屈詞窮。
1913年8月，章太炎因譏彈時政，立志反袁，三次被拘。被軟禁之初，他就已做好赴義準備：「吾雖微末，以一身攖暴人之刃，使天下皆曉然於彼之凶戾，亦何惜此孱形為！」他用嬉笑怒罵的方式公然對袁世凱的威逼利誘表示敵對與蔑視。1914年1月7日，他冒死而行，以勛章作扇墜，逕闖總統府。此後，他被移拘龍泉寺，為表達胸中的憤懣，「凡幾案側，遍書袁世凱三字，日必杖擊之數次」。是年6月6日，章太炎開始絕食，並對墓葬處所、遺稿等身後事一一作了囑託。這次被囚長達兩年又十個月，他在精神和肉體上遭受了巨大痛苦，長女也因此自盡，但他仍舊寧死不屈。其間，袁世凱請他上請願書，以作釋放條件，他卻寫道： 「某憶元年四月八日之誓詞，言猶在耳，公今忽萌野心，妄僭天位，匪惟民國之叛逆，亦且清室之罪人。某困處京師，生不如死，但冀公見我書，予以極刑，較當日死於滿清惡官僚之手，尤有榮耀！」「磨練風霜存骨相」，章太炎以錚錚鐵骨、凜然正氣踐履了對革命的篤誠。
20世紀30年代，日本的侵略，再次激起章太炎的民族義憤，他毅然投身於抗日救亡運動。九一八事變後，他冒著炮火到北平拜見張學良、吳佩孚，勸他們抗戰，後又通電怒斥蔣介石的不抵抗政策：「國家危急至此，猶不奮力向前以圖恢復，平日整兵治戎，所為何事？應即督促前進，自謀靖獻。如猶逍遙河上，坐視淪胥，此真自絕於國人，甘心於奴隸者矣！」
在革命面前，章太炎表現得如此決絕和自若，而面對未競的學術事業，他則往往飲恨在心，不能釋懷。1903年，他因《蘇報》案被拘，寫過一篇《癸卯獄中自記》：「上天以國粹付余……懷未得遂，累於仇國。惟金火相革歟？則猶有繼述者。至於支那閎碩壯美之學，而遂斬其統緒。國故民紀，絕於余手，是則余之罪也。」他以中國文化傳人自居，視學術為國家自立、抵禦外侮的思想源泉。1914年，他被袁幽禁，決心以死殉國，但對學術生命則表現出無限眷戀：「夫成功者去，事所當然，今亦瞑目，無所吝恨。但以懷抱學術，教思無窮，其志不盡。……所欲著之竹帛者，蓋尚有三四種。是不可得，則遺恨於千年矣。」他對民族文化滿懷赤誠，雖釋然於「家無餘銖」、「槁餓而死」，卻難以割捨學術之志。正是在這次囚禁中，他以超人的毅力，先後編定《檢論》、《國故論衡》、《章氏叢書》等多部巨著。
為革命大義，章太炎能拋卻私誼；為傳繼國學，他同樣不計個人恩怨。章太炎極為欣賞劉師培的漢學修養和才華，引為知己。1907年，劉師培變節，密投兩江總督端方。章太炎非常惋惜，多次曉以情理，勸其迷途知返。1909年，章太炎在同盟會內部處於孤立時，劉卻落井下石，捏造偽證，指責他叛變革命。 1911年，劉隨端方逃往四川，被革命軍拘留。章太炎聞訊立即發表宣言營救：「今者文化陵遲，宿學凋喪，一二通博之材，如劉光漢輩，雖負小疵，不應深論。若拘執黨見，思復前仇，殺一人無益於中國，而文學自此掃地，使禹城淪為夷裔者，誰之責耶？」接著，他又請求孫中山將劉開釋，並在《大共和日報》刊載尋人通信，打探生死消息。章太炎對劉師培的極度寬容和諒解，可謂用心良苦。其間起決定性作用的，是他對於整理國學、保存國粹神聖事業的自覺體認和執著追求。摯愛於民族文化，超然於個人好惡，可謂大學者的胸懷。
特立獨行、卓爾不群是對章太炎品格的寫照。這不僅在他的革命、學術行跡中隨處可尋，還多見於他絕詣獨到、不和時流的思想。20世紀初，社會進化論被視作公理而廣為接受，以致不少人想當然地將之等同於進步主義。1906年，章太炎發表《俱分進化論》，反對盲目崇拜進化論，迷信西方資本主義文明：「彼不悟進化之所以為進化者，非由一方直進，而必由雙方併進，專舉一方，惟言知識進化可爾。若以道德言，則善亦進化，惡亦進化；若以生計言，則樂亦進化，苦亦進化。雙方併進，如影之隨形，如罔兩之逐影，非有他也。」文中對中國簡單追效西方表現出強烈的憂患意識。兩年後，他又發表《代議然否論》，就西方國家議會制的利弊作辯證思考，主張中國在制度設計中應力避代議制的流弊。他於1911年結撰的《齊物論釋》，則要求破除對經典與權威的膜拜，破除文明與野蠻的偏見，破除是與非的機械劃分，強調落後國家、民族及其文化都有其存在的權利，指出世界多元發展的必要和可能。在當時惟西是尚的潮流下，章太炎的思想學說從民族性出發，不從時流，獨樹一幟，體現了對民族、國家前途命運的獨到思考，代表了現代文化的重要一脈。
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