由於大多數牛頓神學手稿都在上世紀30年代的一個拍賣會上被一位名叫亞伯拉罕·雅胡達的神秘收藏家買走，這些手稿後來的下落一直不為世人所知，因此後世科學家也根本無從知道牛頓窮極半生之力，到底在手稿上算出了些什麼。直到最近，耶路撒冷希伯來民族博物館的研究人員竟然在館藏中發現了這些塵封的牛頓手稿。在數千頁寫得密密麻麻的紙上，讓研究人員目瞪口呆的是，這位嚴謹的科學家在複雜枯燥的算式最後，竟在一張字跡潦草的紙上將世界末日定於2060年！手稿上，牛頓預言世界末日的到來將伴隨著瘟疫和戰爭的爆發，並預言聖人到時將再次降臨地球，他自己可能也將成為聖人之一。研究人員看到牛頓嘗試用複雜的公式破譯所謂「聖經密碼」，並試圖計算宇宙的「末日」。
隨著牛頓手稿「驚人內容」的披露，一部有關加拿大學者研究牛頓生平的記錄片《牛頓：黑色異教徒》也將在英國播映，英國再次掀起一股「牛頓熱」。
該片導演尼奧姆接受記者採訪時稱：「我們想瞭解作為神學家的牛頓到底是個什麼樣的人———他花費了大約50年的時間寫下了4 500頁研究手稿，試圖預言世界末日何日到來。但是到目前為止，我們不知道他是否真寫下了這樣一個最後的數字。我認為對那個年代的牛頓來說，這是不可能做到的一件事。即使他真算出個什麼數字，這個數字也不可靠。」
17∼18世紀的英國物理學家、數學家、天文學家牛頓，無疑是近代科學家中最傑出的代表人物，被譽為「現代科學之父」。他18歲進劍橋大學學習，27歲即出任劍橋大學教授，發明微積分與積分法兩項定理。他在天文、地理、數學、神學等方面都取得了輝煌成就。他發現了普通白光由七色組成，出版了近代科學奠基性巨著《自然科學的數學原理》。他發現了運動三定律和萬有引力定律，為近代力學奠定基礎，實現了以伽利略為先導的數學與實驗手段的結合。牛頓雖然在科學上做出了無與倫比的貢獻，但他總結了科學的發展規律後認為，人類理性的能力有限，不能包容一切經驗，所以他開始相信聖經中的預言。1703年他被選為英國皇家學會會長，連任25年直到臨終。牛頓臨終前，面對仰慕他智慧和稱頌他偉大科學成就的人，卻謙虛地說：「......我只是一個在海邊拾取小石和貝殼的小孩子。真理浩瀚如海洋，遠非我們所能全部看到」。
牛頓對聖經中的《但以理書》和《啟示錄》兩卷的研究廣博精深。他確信聖經中有密碼，他認為比萬有引力更重要。因此他勤學希伯來文，努力求索聖經密碼，花了一半人生，寫了上百萬字手稿，到臨終時還在孜孜求索。他認真研究聖經中先知們的預言，為《但以理書》和《啟示錄》所用的深奧詞語尋找普通的涵義。他講到《但以理書》和《啟示錄》說：「如書中的話是真實的，那麼必須要發明一種新的旅行方式。人類的知識要增加，在某一日之前，人類可以每小時旅遊80 km。」
牛頓死後二百多年，捷克首府布拉格一位拉比猶太教士魏斯曼德從舊約摩西五書《創世記》、《出埃及記》、《利未記》、《民數記》及《申命記》的開端發現了每隔50個字母跳讀就可拼出「Torah」，而「Torah」意思就是解「摩西五書」。以色列數學家伊利雅胡·瑞普斯和物理學家多倫·維茨頓也通過電腦數學運算程式來研究聖經，不久後發表出一篇《創世紀等距離字母順序解碼》的論文，並稱他們已經用計算機發現了真正的「聖經密碼」。
據他們所說，通過一定的跳躍序列選擇出聖經中的字母，然後再拼成新的單詞，就會從中拼出「希特勒」、「大屠殺」；「畢加索」、「藝術家」；「愛因斯坦」、「絕頂聰明的人」等詞語，並稱還從中發現了諸如「拉賓被暗殺」等預言。這篇論文發表之後，引起了全世界學者的爭議，包括美國前國防部解碼專家哈羅德·蓋恩斯教授在內的多名研究者都對此提出了質疑。反對論學者認為伊利雅胡·瑞普斯所研究的聖經原文已經跟古抄本有一定的差別，包括句點和字距等都不一樣，瑞普斯用計算機算出的所謂「聖經密碼」，只不過是一種斷章取義的「撞大運」罷了。
整本希伯萊文聖經有三十多萬個字母，起碼可以發生100億種字母組合，若按自己的意思隨便斷字，相信還會找到更多五花八門的東西，如果有朝一日「聖經密碼」研究者從聖經中找到諸如黛安娜去世、WIN-DOWS2000問世的預言，他們也一點不會感到驚訝。
隨著牛頓這份預言「世界末日」時間的手稿在耶路撒冷博物館再見天日，一些專家認為，如果聖經中根本不存在什麼密碼，那麼牛頓盡畢生之力研究出的這個「末日數字」，也只不過是個聳人聽聞的「偉大錯誤」罷了。
繼《聖經密碼》之後，曾經擔任《華盛頓郵報》和《華爾街日報》記者的麥克·德洛斯寧在2002年9月出版了《聖經密碼》的續集———《聖經密碼(II)》。這本新書披露了最近幾年對聖經密碼的研究成果。此書最重要的分析研究成果是：如果《聖經密碼》是真實的話，那麼人類將面臨極大的危險。1995年日本神戶大地震也早在聖經密碼內，預言「日本神戶」、「火災與地震」、很大一個「5755」（5755年是猶太曆，相當於公元1995年）相交。《聖經密碼》於1997年出版上市，當時造成不小震撼，作者麥可卓思寧說，其實在9·11恐怖攻擊事件之前，他就發現聖經中密載了「雙塔」，與「警告」、「TU殺」在一起，又和「恐怖」交錯。只是當時他以為密碼指的是已經發生的攻擊，沒想到要在當中尋找」飛機「字碼。
《聖經密碼》首先對以色列、美國和巴勒斯坦產生影響。以色列的情報和政府部門裡的許多人也很相信聖經密碼中講的，但是以色列總理沙龍似乎不信。
這本書的作者給克林頓寫過信，克林頓也看過他寫的第一本《聖經密碼》。作者後來試圖和美國總統布希進行面談，但是直到新書出版的時候還沒有成功。不過據書中披露，作者把聖經密碼中揭示的許多東西轉給了CIA和美國軍方情報部門。
由於在牛頓的時代沒有電腦，不管他用什麼數學模式，終歸於徒然。但聖經密碼的逐漸破解，震驚了全世界，也已使不少猶太人幡然悔悟。聖經密碼的破解，使牛頓的推想得以實現。
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