三峽大壩蓄水以來，長江魚類的生存和繁衍仍面臨考驗。大壩阻斷了魚類回流產卵的通道，造成不少逆流而上產卵的魚類撞壩而亡。而長江珍稀水生動物白豚、白鱘、中華鱘、長江鱘、江豚和胭脂魚等，數量更是明顯減少，有活化石之稱的中華鱘數量更由過去每年五千條減至三百條。
據香港《大公報》報導，湖北宜昌的中華鱘研究所主任劉燈紅介紹說，三峽蓄水成庫將影響到白豚、白鱘、中華鱘、長江鱘、江豚和胭脂魚等六種國家珍稀瀕危水生生物。劉燈紅說，自2003年三峽大壩下閘蓄水以來，長江水溫有所下降，泥沙量逐漸減少，河流週年徑流量改變。在夏季泄洪時，江水中的氧氣、氮氣等氣體含量發生變化，造成魚類大量死亡，泄洪越多的年份，對魚類的影響越大。由於「變江為湖」，許多適合急流生長的魚逐漸向上游遷移，進而改變了魚類種群的結構。
據悉，最重要的是，葛洲壩、三峽大壩的建設，阻斷了魚類洄流產卵的通道，造成不少逆流而上產卵的魚類撞壩而亡。據瞭解，中華鱘的生存空間已由原來的八百公里江段16個不同區域壓縮到一個面積狹小的區域，而其群體數量也從過去每年三千至五千尾左右，減少到現在的不足三百尾。
中科院武漢水生生物研究所魏卓博士也表示，三峽剛開始蓄水時，洞庭湖的水位下降一至兩米，目前水位已下降至五米，很多小支流出現乾旱、斷流，漁業資源越來越少。加上今年出現少有的汛期乾旱，很多水域的漁民現在已經很難打到魚。以前鄱陽湖到處都是刀鱭，現在已經難覓蹤跡。
專家們呼籲有關部門除加大資金投入外，還應在長江沿岸再多建魚類自然保護區，加強珍稀魚類的繁殖保護工作。此外，在水庫調度時要考慮生態調度，儘可能減小對魚類和水生生物的影響。
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