１９４６年１月１日，孫立人奉命參加聯合國參謀首長會議。此時，國軍接收東北之工作困難重重。３月下旬奉命接收東北的新1軍運抵東北。５月１０日，蔣介石電召仍在美國華府開會的孫立人回國統率新１軍。５月１５日夜，孫立人趕到新１軍軍部，連夜制定攻擊計畫。
５月１６日，新５０師從正面攻擊，新３０師和新３８師從側翼攻擊，孫立人親到前沿，官兵士氣大振。５月１７日，新５０ 師首先突破，攻克四平東南制高點五頂山，林彪指揮部隊連續反擊，但無法奪回。５月１８日，新３８師突破四平東北防線，接著又突破城南防線，林彪棄守四平。孫立人3天就攻下了四平。
林彪向中共筑有防線的公主嶺狼狽逃竄，孫立人帶兵猛追。林彪剛退到公主嶺，孫立人親率師強渡遼河，攻擊公主嶺，林彪匆忙北撤。５月２３日，新５０師１５０團和新３８師搜索連分別從南面和東面進入長春。５ 月２４日，新３０師攻佔懷德，新３８師出長春繼續向北追擊，新５０師在長春城內佈防。
新1軍繼續北進，佔領德惠農安等地，６月初，渡過松花江，攻佔陶賴昭車站。此時新1軍距哈爾濱只有幾十里路了，林彪根本無力招架，打算逃往佳木斯，此時哈爾濱中共內各機關一片混亂，正在往佳木斯方向潰散。
就在新1軍欲乘勝進擊時，６月７日，美國馬歇爾將軍等三人軍事調解小組下令新一軍停戰，否則就以斷絕對華軍援等為要挾。 孫立人只得留一連防守陶賴昭橋頭堡，余部返回松花江以南。停戰以後，國軍接收的地方愈大，兵力就愈分散，戰鬥力愈低。
但是停戰給林彪部休養生息的時間，４個月後緩過氣來就發起攻擊，東北戰事重起。１９４７年２月，林彪率１，２，６縱，３個獨立師和１個炮兵師二下江南，先在城子街殲滅８９團，再圍攻德惠新５０師。杜聿明命新５０師突圍，師長潘裕昆請示孫立人。孫立人命令新５０師不要理杜的命令，堅守德惠，自帶３個團增援德惠。為防林彪圍點打援，孫立人帶３個團從長春長程迂迴，於３月３日趕到德惠，見孫立人親自率軍前來，林彪當天黃昏即開始潰退，撤回松花江以北。
在圍城之戰中，中共採用的是人海戰術，一波倒下去，一波又衝上來，德惠之戰，人海最後還是抵不住火海。林部在四平敗給新1軍後，為鼓舞士氣，提出「吃菜要吃白菜心，打仗要打新1軍」的口號。不曾料想，德惠之役後，軍隊中悄悄流傳的是「只要不打新1軍，不怕中央百萬兵」。
此役，１４９團因堅守德惠被蔣介石賜名中正團，１４９團２連防守松花江北岸陶賴昭橋頭堡，陷於戰線後３０英里，被２４倍以上共軍圍攻２４天而堅守成功，被蔣介石賜名中正連。
３月，林彪先重創７１軍，再包圍杜聿明和新２２師於農安。杜聿明急電九臺新１軍的新３０師救援。唐守治率新３０師迂迴往援，避開了林彪的圍點打援，林彪見新１軍一個師前來，自動退去。但杜聿明指責唐守治，孫立人和杜鬧翻。杜聿明狀告蔣介石將孫立人調離新１軍，升為東北保安司令部副司令官的虛職。孫立人於４月２６日，將新１軍交接給下一任軍長潘裕昆後，不久即回南京，升任陸軍副總司令官兼陸軍訓練司令官。７月孫立人在南京成立陸軍訓練司令部。
離開新一軍的孫立人仍然關心著東北戰局，當林彪圍攻四平街時，中央社記者陳嘉翼採訪孫立人時，孫立人說，現在命令長春、吉林所有部隊，渡松花江去打現在是空城的哈爾濱。四平街之圍自然可解。共軍戰術一向是阻援打點，他們絕對不會，而且也想不到我們長春軍隊北上去打哈爾濱。同時，國軍如去攻打哈爾濱，匪軍必全力去救哈爾濱，哪有心還去攻長春。再者，就是長春丟了又有什麼關係，瀋陽國軍不會跟進再收復嗎？
１９４７年，美國馬歇爾將軍等三人軍事調解小組調停破裂，美國斷絕對國軍的軍事物資援助，而中央庫存之軍事物資亦極有限，反觀中共軍隊之供應則源源不斷，不虞匱乏。１９４８年１０月林彪率部攻下錦州。（待續，已刪）
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