今天日本的一都一道二府四十三縣都有護國神社。
二戰結束後，盟軍佔領日本。1945年12月15日，盟軍最高司令部發布禁止政教合一命令，禁止日本政府與神道的各種聯繫，把神道作為一種獨立的民間宗教處理。從此，神道教超宗教的地位終結。
盟軍總司令麥克阿瑟曾準備焚燬靖國神社，但羅馬教皇派出特使勸告麥克阿瑟，稱紀念為國家戰死者是人類「自然法」，故麥克阿瑟保留了靖國神社，但在「欽定」《日本國憲法》中確定日本是個政教分離的國家。靖國神社和各地護國神社成為宗教社團法人，經費均由民間募集。
靖國神社與日本戰犯
遠東國際法庭以及其他同盟國國內法庭，對5000多名日本軍人和政府官員進行起訴，分為甲、乙、丙三級戰犯。
1952年日本發起有4000萬人簽名的「戰犯赦免運動」，1955年日本眾議院通過了《戰犯釋放問題》決議案，1958年5月，除在中國、蘇聯的戰犯外，關押在日本和其他盟國的全部戰犯被釋放。岸信介首相即是其中之一。
1959年，靖國神社將約2000名死去的乙、丙級戰犯設立了牌位。但他們還不敢把甲級戰犯靈位放入。
在等了將近20年後的1978年，靖國神社終於為28名甲級戰犯中的14人設置了靈位，他們是：東條英機、土肥原賢二、松井石根、木村兵太郎、廣田弘毅、阪垣征四郎、武籐章、松岡洋右、永野修身、白鳥敏夫、平沼騏一郎、小磯國昭、梅津美治郎、東鄉茂德。
自此，日本政要參拜靖國神社成為一個矚目的政治話題。
除日本外，參拜靖國神社還有誰
由於未遭日本侵略歷史之痛，一些國家並未將靖國神社視為軍國主義象徵，而是普通意義上的民族英雄紀念碑，故派出官方代表團前往參觀祭奠。
派軍隊代表團前往靖國神社參觀的有：美、英、德、意、法、加、葡萄牙、泰國、阿根廷、秘魯、智利、巴西等國。
國家元首或政府高官率團參拜靖國神社的有：泰國、印度、斯里蘭卡、緬甸、印度尼西亞，阿根廷、立陶宛等。
