紅衛兵運動在經歷了初始和血腥的破四舊時期後，走入了更為複雜的第三階段。
第三階段：1966年10月-12月 造反派組織的出現
血統論紅衛兵的行動固然對樹立毛的絕對權威起了極大作用，但它畢竟不在毛政治清洗的軌道之內。另外，血統論紅衛兵的行動不予中止，也終究會干擾他的清洗計畫。毛開始了下一步的行動。
1966年10月9日至28日，中共中央召開工作會議，著重批判以劉鄧為首的一批從中央到地方各級的領導人執行的一條旨在鎮壓群眾的「資產階級反動路線」，從而為「文化大革命」掃清障礙。16日，在毛的授意下，陳伯達在全體會議上作了題為《無產階級文化大革命中的兩條路線》（又名《兩個月運動總結》）的長篇報告。報告中說，毛髮動的這場文化大革命本來是整走資本主義道路的當權派，但劉少奇、鄧小平他們制訂了一條「打擊一大片，保護一小撮」的資產階級反動路線，不是整走資派，反
而是鎮壓人民。人民群眾應該起來批判這些執行了「資產階級反動路線」的領導幹部。領導幹部應該接受群眾的批判。給前段時期被打成「反黨反社會主義的右派份子」的群眾平反，賠禮道歉。所有整群眾的檔案材料都要予以銷毀……
毛大為讚賞，並下令大量印製。此後，陳伯達這個報告便在全國各地廣泛流傳開來，不僅官方大量翻印，各地群眾組織也競相翻印，鉛印本、油印本隨處可見，許多地方還將報告全文抄成大字報張貼公布，因此，其中的內容可謂家喻戶曉，特別是其中對「血統論」的批判。
陳伯達在報告中批判了「血統論」，稱：最近一個時期，有人「用血統論來代替階級論，企圖混淆階級陣線，孤立無產階級的革命隊伍。」「他們利用工農出身青少年的階級感情，利用一部分年輕人天真提出的『老子英雄兒好漢』，來蠱惑一批學生。實際上，這是剝削階級的反動的血統論。封建地主階級宣揚什麼『龍生龍，鳳生鳳，老鼠生兒打地洞』。就是這樣的血統論。這是徹頭徹尾反馬克思列寧主義的，反毛澤東思想的，是徹頭徹尾的反動的歷史唯心主義，是同馬克思列寧主義的階級分析根本對立的。」「現在有一些學生接受什麼『自來紅』、『自來黑』的觀點，接受什麼要在學生中劃分『紅五類』、『非紅五類』或者什麼『黑幾類』的觀點。製造這類觀點的人，是要在無產階級文化大革命中製造混亂，矇蔽青年。我們勸青年們不要接受這種血統論的錯誤觀點，而要用馬克思列寧主義、毛澤東思想的階級論來武裝自己的頭腦。」
陳伯達報告中對「血統論」公開提出嚴厲的批判，並非是真正要打碎這種長期以來壓制廣大社會弱勢群體的精神枷鎖，而僅僅是為了更深入、廣泛的發動群眾投入到「文化大革命」中來，為毛的「戰略部署」效力。在毛看來，只要不放棄「以階級鬥爭為綱」的施政方針，就不可能真正拋棄「血統論」。因此，當遇羅克對「血統論」展開真正的批判後，就遭到了同一個「無產階級司令部」的無情鎮壓和肉體消滅。
對於「血統論」的批判和毛髮出的打倒執行「資產階級反動路線」 的中共領導人的號召，使一大批出身迥異於「血統論紅衛兵」 的學生組織了新的紅衛兵組織「造反派紅衛兵」。這些出身一般的青少年學生由於前一階段處在政治歧視高壓下，而對「血統論紅衛兵」 及其父輩有著一種莫名的仇視。如今的解脫讓他們開展了更為大膽的反政治歧視反政治迫害的運動。而這場運動隨之擴展到了社會各個領域。
10月，北京各個高校首先開展了「批判資產階級反動路線」的運動，11月發展到一般機關、事業、企業單位，高潮出現在11月中到年底。地方各級黨委和各單位黨的領導人被推上了受批判的地位。「造反派紅衛兵」 對這次運動起了極大促進作用。他們在學校裡把工作組批倒以後便衝向社會，到機關、工廠裡「串連」。他們大膽的行動鼓舞了社會上的群眾。群眾批判「書記」們的音量增高了。甚至有的機關、工廠裡的群眾起來效仿「造反派紅衛兵」的做法。敢於衝進單位的黨委辦公室、保衛科、武裝部去查抄單位領導收藏的整群眾的「黑材料」。更有甚者，在沒有鑰匙的情況下，把檔案櫃打爛，搶走「黑材料」 。
而隨著批判的深入，大量群眾組織開始出現，特別是11月後。這些組織不再叫「紅衛兵」，而叫什麼兵團、戰鬥隊、造反團之類，基本按每個人在文化革命前的社會秩序中的政治座標實行「同類項合併」。「政治品質」較高的人和較低的人有著涇渭分明的排列組合。所謂「高」、「低」系由階級出身、本人成份、政治條件、領導關係等許多方面的綜合效應而成。政治品質較「高」的組織構成了文化革命中最初的「保皇派」、「保守派」，較「低」者構成了最初的「造反派」。
因為「保皇派」成員多是紅五類或者紅五類子女，一般都是歷次政治運動（包括文革初期）的紅人（統稱１７年的紅人）；「造反派」成員比較複雜，有紅五類及紅五類子女也有非紅五類子女（包括黑五類子女），也有少數是１７年的紅人，但絕大多數還是在平常被領導壓制、歧視、排斥甚至打擊的普通群眾，特別是在文革初期「受壓挨整」的部分青年學生和教師，企事業單位青年職員和青年工人等。所以「保皇派」、「保守派」組織在「批判資反線」中往往是虛晃一槍。而「造反派」組織則是真槍實刀
的對領導拉開了批判的架式。
在「批判資產階級反動路線」的高潮中，群眾的批判鋒芒其實並不侷限於前階段本單位的領導把群眾打成「反黨反社會主義的右派份子」，他們還進而清算了單位領導在文化革命前的種種惡行劣跡。比如，單位領導曾欺壓過群眾，曾在文革前的「四清」運動中藉機迫害過群眾，曾對向他們提過意見的群眾進行打擊報復等等。有的群眾甚至向單位領導提出要求，不但要給在前段運動被打成「右派」的群眾平反，而且還應給在文化革命前受過政治迫害的群眾平反昭雪。要求讓那些在「四清」運動中被錯劃
為「逃亡地主」、「歷史反革命」而被開除公職，或押送回鄉的群眾回來復職。從這個方面而言，文革中至少短暫的出現了民眾自發的反政治迫害的運動，雖然打著不同的旗號。
造反派依靠的是毛和「中共中央文革小組」，保皇派依托的靠山是各級地方政權機構和單位負責人。所以雙方的衝突的激烈是完全可以想見的。這一階段，「保皇派」、「保守派」和「造反派」之間陷入了最初的批判到無盡的暴力與報復的迴圈之中。曾經被壓制的黑五類人員及其子女得到瞭解放，曾經是紅五類的人及其子女受到了批判甚至是暴力的殺戮。1966年底，因為全國各級黨政機關的負責人大多受到了批判，黨政機關一度處於癱瘓狀態。
此時，在毛和「中共中央文革小組」 的大部分成員中，紅衛兵已經失去了利用的價值，因為紅衛兵運動不僅實現了「揭露走資本主義道路」 的黨的領導人的目標，而且在社會上掀起了造反的熱潮，並迫使黨政機關處於挨打境地。但是他們將導致社會處於無政府狀態的危險，使毛決定採取嚴厲措施將紅衛兵逐出政治舞臺。紅衛兵的命運就這樣被決定了。
關於激進學生產生的原因
讓很多人難以理解的是，為什麼文革初期的紅衛兵會有如此激進的行為？包括對人的殺戮？有學者分析說，這些行為來源於一種政治變態心理，而這種心理是中共政權一手造成的，恰恰是中共自己品嚐到了自己釀的苦酒。
有學者認為，文革前幾年間，中共對學生們大量灌輸的政治思想教育是「階級鬥爭」、「反修防修」、「解放全人類」、「做無產階級革命事業的接班人」等等。再加上「要做暴風雨中的雄鷹，不做溫室裡的花朵」那一類文學語言的薰陶，使青年學生在思想上產生一種將有大任降於身，將可為革命事業大顯身手的潛意識。然而從這種翱翔的理想回到現實，他們發現自己的一切言行其實都處於深重的束縛之中。現實的生活是那麼的平凡枯燥。儘管黨也號召他們做螺絲釘，但這個號召則難在他們心中引起共
鳴。幹一番大事業才是他們的嚮往。理想與現實的矛盾使他們心中存在著苦悶、不滿、期待和躁動。這些心態對現存社會秩序具有反抗勢能，而且這勢能隨著時間的延伸在不斷的積累中。它在左右窺伺，尋找突破口和爆破點。6月初《人民日報》的一系列動作點燃了導火索，火藥桶爆炸了。
而激進學生們在高呼「革命」口號的同時卻遭到黨的革命鐵拳的重擊，他們也在品嚐自製的苦酒。
