過去兩、三年間，臺灣曾發生政府部門遭到有組織的黑客入侵，當時來源指向大陸湖北與福建。
臺灣《聯合報》1日以頭版頭條報導指出，外交部計算機日前遭黑客入侵，竊取高官出訪、談判事宜等機密數據及外交文件，而官員懷疑，這可能是大陸黑客入侵。
報導並指，黑客是以木馬程序，藏在電子文件及數據文件中，只要官員開啟計算機，檔案即被竊取，而這次被竊取的資料具有高度機密性，外交部已展開補救，一一變更檔案或作廢，並建置更好的防火牆。
與此同時，臺灣行政院6月30日召開的信息通訊安全會報也已決議，未來各部會將增設「信息安全長」，由各部會副首長兼任，專責處理、協調信息安全事宜。此外，開發「安全郵件」系統，也列為行政院未來在信息通訊方面的投資重點，以確保國家機密的安全。
《聯合報》並引述未具名的行政院官員透露指出，大陸方面透過木馬程序一再入侵臺灣公務部門，包括國防部網站等，也曾入侵民進黨中央，瞭解民進黨高層的出訪動向。
不過對於這次外交部網站遭黑客入侵之事，臺灣外交部發言人呂慶龍週五否認有機密遭竊。
信息戰
呂慶龍表示，大陸方面企圖入侵臺灣政府部門計算機，是眾所周知的事，「他們攻，我們守」，臺灣有防禦黑客的能力。
行政院長謝長廷週五被媒體問到此事時，也與外交部持同樣說法，表示黑客入侵是常有的事情，全世界的黑客都在入侵網站，但臺灣外交部的機密並沒有被黑客盜走。
兩岸「信息戰」，近幾年來備受重視。而根據以往資料，臺灣至少發生三次遭大陸黑客大舉入侵事件，第一次是2002年9月10日行政院首次召開國家信息通訊安全會報會議時，政務委員蔡清彥透露，自2001年底至2002年7月長達8個多月間，臺灣遭大陸黑客入侵網站高達42個、計算機多達216臺，疑似竊取臺灣政府機構委託的研究報告。
第二次是2003年8月，包括威盛電子、中華電信、警政署、中選會、國防部等數十個政府和民間單位計算機，陸續遭到有組織的黑客入侵，植入木馬程序，來源指向大陸的湖北與福建，臺灣方面懷疑是大陸「網軍」進行信息戰操演。
第三次是2004年9月，臺南市、基隆市、雲林縣，以及臺中縣政府等官方網站連續被黑客攻擊，遭植入大陸五星旗圖案。
至於這次事件，外交部表示，機密資料未被竊取，不過外交部高度重視，已採取加強人員訓練、隨時檢測等措施。
