另外一位長期參與民進黨內中國政策，並深知國安會運作的人士分析：「別人從外面看，以為陳水扁對江丙坤和國民黨很氣，其實他更氣的是，為什麼都沒有人事先告知他，共產黨對待國民黨的態度，會有這麼大的改變。為什麼直到江丙坤出發前，他讀到的報告都還說：北京會藉『反分裂法』立法的機會，持續對臺灣保持強硬態度，甚至會有進一步恫嚇表示。」
這位黨內輩分甚高的人士透露：「陳水扁將這件事跟美國『九一一』事件，相提並論，同樣都是國安系統失敗的例子，他氣是氣這個，他真正在意要整頓的，也是這個，這件事在陳水扁心目中的重要性，應該高過如何阻止連戰訪問中國。」
陳水扁的兩岸政策幕僚，依制度本來就有三種不同建制。總統府裡有國安會、行政體系中有陸委會，黨部還有中國事務部。不過除此之外，陳水扁過去還維持了一些體制外的管道，例如透過李登輝的關係，取得和「臺綜院」的諮詢管道，林佳龍也聯繫了一群年輕學者做研究、提意見；另外海基會副秘書長顏萬進不時也會協助做些特定研究案、建議案，供陳水扁參考。
在陳水扁第一個任期內，兩岸政策決策過程並沒有什麼明確章法。比較清楚的，大概只有當時陸委會主委蔡英文的角色，壓倒其他人其他單位。蔡英文個人條件好，在立法院可以和各黨各派委員們週旋，又受到李登輝充分信賴，是李後期「兩國論」路線的主要設計師，使得陳水扁不可能輕忽她的意見。
而且蔡英文任內態度積極，只要牽涉兩岸事務，她都不忌諱、不退縮表達明確態度與立場。相較之下，其他部會首長往往含糊其辭、優先尋求自我保護，也就樂於躲在蔡英文後面，讓蔡英文去當整個行政體系的兩岸政策代言人。
相對於陸委會的強勢，那四年中，國安會卻遲遲沒有完全從國民黨時代的角色、功能轉型過來。國安會必須低調、噤聲，沒有公開舞臺、更不能在媒體上表演，這種「秘密性」在國民黨時代是權力的保障，到了民進黨時代，卻成了國安會被冷落的主要因素。習慣於大張旗鼓表演的陳水扁和民進黨，很容易就忘掉了國安會這樣一個沉默、低調單位的存在。
蔡英文主持的陸委會，不只搶眼、而且強硬。那四年中，對蔡英文的政策意見，唯一還能稍微制衡的，只有民進黨前中國事務部主任陳忠信。如果蔡英文是「鷹派」的話，那麼陳忠信就是「鴿派」最主要的大將了。陳忠信和中國大陸學界及地方政界，過去互動良好，對他們立場、態度，有較多的同情理解，因此做出的判斷，通常要比蔡英文溫和許多。陳忠信的意見，許多時候又能得到「新潮流」的支持，給了他堅實的政策影響力。
不過「鴿派」在民進黨支持者眼中，到底不受歡迎，所以陳忠信也學會收斂過去的火爆脾氣，變得格外謹慎、低調，在幕後默默發揮緩和兩岸關係的作用。
陳水扁的第二任，情況有了大改變。他將黨主席的職位交給了蘇貞昌，當然中國事務部的份量就大打折扣了。蔡英文堅辭陸委會主委後，有一陣子還頗為活躍，私下參與兩岸政策，不過當上立委之後，就慢慢疏離決策圈了。吳釗燮的專業能力比蔡英文差得太多，再加上前一陣子其二叔吳澧培為了「扁宋會」幾乎要和陳水扁翻臉，更大為減損吳釗燮在團隊中的發言力量。
相對地，邱義仁回鍋當國安會秘書長，陳忠信又進入國安會擔任諮詢委員，這一對相識超過三十年的老友，迅速主導、並改造了國安會內部兩岸政策意見形成的流程。邱義仁進入狀況，調整出國安會與陳水扁之間的清楚關係，並建立起遠比前四年穩定的定期簡報機制，國安會的角色本來就越來越吃重。
雖然在江丙坤訪中這件事上，國安會也並沒有及時做出準確警告，不過據瞭解，陳忠信在內部會議，本來就對如何評估中國「反分裂法」效應，有不同意見。等到陳水扁發現周圍「鷹派」們給他的訊息，全都誤判了中國真正的企圖，意外使得國民黨找到了發揮空間，他對國安會、尤其是陳忠信的意見，不能不多加考慮了。
「鷹派」們的揣測陳水扁想聽的訊息，製造出一片中國強硬對臺的印象，衝過頭了反而讓中國出其不意透過國民黨大量釋放善意，這樣的演變發展，會不會進一步讓傾向「鴿派」的國安會悄悄獲得更大的政策影響空間，將是當前政治觀察的一大重點。
