儘管基地組織發動化學戰還面臨著技術難題，但華盛頓認為本拉登已確信只有發動大規模殺傷的襲擊行動才能對美國入侵阿富汗和伊拉克的行為給予足夠的懲罰。
負責武器控制的美國副國務卿博爾頓說：「我們已獲得的大量情報表明他們的努力正集中在生物和化學武器上。」埃及和以色列的情報部門證實基地組織在伊拉克戰爭後加大了獲得毒素的力度。去年十一月遞送給沙龍總理的一份情報報告稱：「除非被制止，否則他們將使用這種武器。」
美國在這一方面的擔心由於一系列的情報報告發出的恐怖份子可能會利用突飛猛進生物技術的警告而進一步加劇。博爾頓說：「在他們將主要精力集中在這些領域之中的時候，生物和化學技術相對來說很容易獲得。」
在一份名為「更加黑暗的生物武器未來」的報告中，中情局的一個委員會認為人工製造出的生物毒素可能「比人類所知道的任何疾病都要可怕」。報告說：「那些也許可能治癒世界上最可怕的疾病的科學技術也能製造出世界上最受人害怕的武器。」
專家們認為基地組織仍然缺乏實驗設備和相關的科學技能來製造出生物武器，但是布希政府的一些科學顧問警告說，必要的技術正在快速的擴散之中，甚至本科生都能學到其中的一些技術。其它的美國官員則懷疑本拉登可能會參照他向美國的航校派出劫機者那樣的手法向大學的科研部門派出他的臥底。一位華盛頓的高級官員說：「他是一個經常從長遠角度來考慮問題的人。我們得學會像他那樣的思考。」
去年十月份曾有報導說，本拉登已從一位知名的沙特宗教人士那裡獲得了發動一次可能會造成大量美國人傷亡的攻擊行動的宗教許可。
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