《遼瀋戰役研究》談毛、林的關係，主要集中於兩個問題：林彪出任東北局書記和戰錦州。
林彪是如何執掌東北帥印的？
中共黨的七大後，中央即決定派林彪去山東。一九四五年八月，抗日戰爭結束，毛澤東指派林彪為山東軍區司令員。九月，赴任途中的林彪接到中央電令，要他去東北。林彪於是出關，任冀熱遼軍區司令員。十月三十一日，中央決定成立東北人民自治軍，任命林彪為總司令。此時，我黨赴東北的中央委員和候補委員達二十人，其中彭真、陳雲、高崗、張聞天為中央政治局委員(林彪是中央委員)。東北局成立時，彭真為東北局書記，並任東北人民自治軍第一政委。也就是說，在當時的東北，林彪是軍事工作的第一把手，彭真則是黨政工作的第一把手。一九四六年六月十六日，中共中央做出決定，以林彪為東北局書記、東北民主聯軍總司令兼政委，集所有正職於一身，彭真則退任東北局副書記、民主聯軍副政委。這無疑是一次非同尋常的人事變動。很多著作提到這個問題時，一般以「中共中央決定加強東北地區黨的領導」一句話輕輕帶過。李著以為這種解釋未能服人，林彪的擢升另有原由。
首先，是毛澤東的信任。毛澤東對林彪的信任始於井岡山時期。當時內部鬥爭的核心是關於黨的領導問題。毛澤東主張黨管一切，實行黨的絕對領導。而一些人認為這是家長制，是「書記專政」。就連朱德也認為前委管得太多、權力太集中。一時反對毛澤東的人佔了上風，毛澤東不得不提出辭去前委書記的書面意見。當日，林彪就寫信給毛澤東，明確地反對毛澤東離開前委，而且要求毛澤東以後應該有決心來糾正一些同志的錯誤思想。當時，林彪是惟一寫信支持毛澤東的人，加之林彪在反圍剿中表現突出，毛澤東對他的好印象就更加深刻。以致長征途中，林彪對多走路不滿意，又寫信給毛澤東，提出由彭德懷出任前線指揮時，毛澤東還以為林彪是受了彭德懷的鼓動。對於林彪經營東北，毛澤東表現出高度的信任，他曾明確地對羅瑞卿說：「受任於亂軍之際，奉命於艱難之間。只有林彪去了才可以把東北的黨、政、軍、民各方面統一起來。」
其次，出於毛澤東統一指揮權的考慮。作為傑出的軍事家，毛澤東對於戰略的集中指揮一直高度重視，認為在戰略層面上指揮權不協調、不集中是有害的。而當時東北局領導在如何建立根據地問題上恰恰不能形成一致意見，分歧的雙方就是林彪和彭真。這種工作上的分歧是正常的現象，至於林彪在「文革」中以此誣陷彭真等人，那是後話。不過，在當時毛澤東看來，東北局一、二把手之間的不協調顯然是一個大問題。他必須在彭真與林彪之間作出選擇，結果天平傾向了林彪。根據一些人的研究，毛澤東在選用戰略區首長時，有四個原則：其一，要有統領千軍萬馬的指揮才能；其二，要有豐富的軍事鬥爭經驗；其三，在軍隊中應有很高的威望；其四，要立過赫赫戰功。用這些標準來衡量，一九四六年在東北的林彪無疑是最佳人選。彭真長期從事白區工作，有豐富的對敵鬥爭經驗，但在軍事指揮實踐上，卻無法與林彪相比。
再次，就是林彪去東北後出色的工作實績。「他對和戰問題，一直不抱任何幻想，立足於打；在根據地建設問題上，與毛澤東的主張不謀而合；在作戰方針和作戰原則上，也符合東北我軍的實際；在前線作戰，且戰且退，不放過在有利條件下殲滅和打擊敵人。」(《遼瀋戰役研究》第104頁)特別是放棄錦州決戰和成功指揮四平撤退，更顯示了他作為軍事指揮員的過人之處。
錦州之戰的歷史真相
關於戰錦州問題，人們瞭解的情況一般是這樣：毛澤東要求林彪南下作戰，攻打錦州一帶，封死東北大門，而林彪則主張打長春，拖住東北敵人。攻打長春失利，林彪在毛澤東的督促下，南下攻打錦州，途中聽說蔣介石在葫蘆島增兵，又產生動搖。由於羅榮桓的勸阻，加之毛澤東電令措辭嚴厲，方下最後決心，攻打錦州。林彪在蒙古草原折戟沉沙後，「戰錦」問題理所當然地成了他一貫反對毛澤東的重要罪狀。但錦州之戰實為遼瀋戰役的關鍵一仗，決策過程中的曲折分合，使研究者也產生諸多分歧，一般讀者則更感撲朔迷離。《遼瀋戰役研究》不避肯綮，操刀解牛，對「戰錦」問題進行了詳細的分析。
在遼瀋戰役形成的過程中，對於東北地區的戰略構想，林彪與毛澤東是一致的，或者說，林彪是完全贊同毛澤東意見的。這個構想就是：「封閉蔣軍在東北加以各個殲滅。」一九四八年初毛澤東曾電報林彪以此構想徵求林及其他東北領導人的意見，林彪回電明確表示：「我們同意與亦認為將敵堵留在東北各個殲滅，並盡量吸引敵人出關增援，這對東北作戰及對全局皆更有利，今後一切作戰行動當以此為準。」但在如何堵住國民黨軍隊撤出東北這個問題上，林彪與毛澤東有分歧。「毛澤東的構想是，東北我軍的作戰方向是向南，打義縣至灤縣一帶，切斷北寧路，關閉東北國民黨軍隊的陸上退路」。「而林彪的想法是不必截斷東北敵軍的退路，不必關閉東北大門，只需抓住吉林、長春之敵，國民黨東北軍隊也難下撤離東北的決心」。(《遼瀋戰役研究》第179－180頁)也就是說，毛澤東是想用「卡脖子」的辦法，林彪則是想用「拖尾巴」的辦法。
這種分歧不能說明林彪對毛澤東是如何不服從，而只是體現了毛、林二人站在不同的角度對戰略方針的認識。戰場指揮員根據具體情況決定作戰方法，從而得出一些與上級領導不同的結論，這是正常的現象。林彪去東北之後，也曾有兩次違背毛澤東的意志：一次是一九四五年十一月，毛澤東要林彪在錦州地區與國民黨軍隊決戰，實現我軍獨佔東北的意圖。而林彪的意見則是放棄錦州，避免決戰。第二次是一九四六年四月，毛澤東電令林彪死守四平，寸土必爭，而林彪守到五月，即先斬後奏地放棄了四平。對於這兩件事，毛澤東不僅未與計較，反而於一九四六年五月致電林彪：「前線一切軍事政治指揮權，統屬於你，不應分散。」表現了對林的高度信任。那麼一九四八年的林彪再次與毛澤東出現分歧，不願南下作戰而執意打長春，有沒有道理呢？「歷史已經證明，長春之敵未被殲滅，確實是蔣介石難下撤離東北決心的原因之一，也是衛立煌拒絕執行蔣介石命令撤退瀋陽主力於錦州的理由之一」。(《遼瀋戰役研究》第186頁)
毛澤東同意了林彪攻打長春的想法。林遂於一九四八年五月下旬發動了攻打長春的戰鬥。攻城歷時一晝夜，殲敵五千人，我軍亦損失兩千戰士。過多的傷亡影響了東北我軍縱、師指揮員的情緒。攻打長春遂告失利。
此後，就攻打長春問題西柏坡與東北有多次電文往來。毛澤東、朱德詳細地詢問了攻城情況，還向林彪、羅榮桓等人介紹了徐向前指揮臨汾作戰的經驗。從毛、朱的意見看，他們是希望東北我軍能夠攻佔長春的，也就是說，毛澤東同意林彪攻打長春之時，的確也希望能夠通過林彪的戰法完成遼瀋戰役。這一次，現實卻未往林彪所預想的方向發展。
從邏輯上說，林彪認識到長春不好打之後，並不因此就會以為錦州好打。攻打長春失利後，他的初步打算是一方面對長春之敵進行長圍久困，另一方面打來自瀋陽的援敵。但衛立煌竟然未發一兵一卒救援長春。於是，情形成了這樣：一方面攻不下長春，另一方面又無援可打，東北我軍主力被牽制在長春地區，與長春守敵形成僵持局面。而這種局面正好符合蔣介石用一座孤城「箝制共軍大批主力南下」的意圖。
作為一個戰場指揮員，林彪不會看不出這種局面於我軍不利。猶豫至七月，林彪主持召開東北局會議，認為執行毛澤東關於南下作戰的方針有利。林彪作戰立場的轉變，一則是為擺脫長春地區的僵持；另一個原因，就不能不說是毛澤東戰略思想的強大影響，因為南下作戰畢竟是毛澤東指示過的戰法。這也就是說，即使林彪決定南下作戰時，他對攻佔錦州的戰略認識，還是被動的。「林彪是否認識到了這種結果(指不能封閉東北敵軍)的嚴重性呢？我的回答是，在試攻長春之前，林彪沒有認識到，試攻長春之後，林彪也沒有認識到；對長春長圍久困後的一段時間內，林彪還是沒有認識到。為什麼這樣回答呢？這就是林彪與毛澤東的差別，或者說是林彪所處的地位給他造成的侷限性。」(《遼瀋戰役研究》第197頁)
一九四八年七月二十日和二十二日，林、羅、劉電報毛澤東，決定南下作戰。毛澤東回電予以肯定。至此，遼瀋戰役作戰方針的實質問題在理論上已經解決了。值得一提的是，林彪在戰錦州之前還曾於八月、十月兩度猶豫，八月給中央的電文還對關內的兄弟部隊提出了一些不適當的要求，此時毛澤東對南下作戰問題已態度強硬，回電駁斥直用「很不對」、「甚為輕率」等語詞，林彪因而警醒，承認了錯誤。十月的猶豫是因敵情變化，蔣介石在葫蘆島增兵。此次羅榮桓據理力爭，主動說服林彪及時改變主意，從而將作戰目標繼續定在攻打錦州上。「歷史也已證明，林彪這次猶豫、動搖，確實是一個不正確的舉動，不過好在這猶豫、動搖沒有造成後果，否則將會留下歷史的遺憾。」(《遼瀋戰役研究》第218頁)那麼，在作戰方針決定之後，林彪為何又產生動搖呢？首先，林彪對大城市攻堅戰有一種潛在的恐懼心理，他曾於一潘鈉唚晗募競鴕瘓潘陌四晡逶孿群籩富庸ゴ蛩鈉健⒊ご海
