據中國民航網站公布的資料，今年1至5月份，東方航空的航班正常率最低，9月份又以20.62％的延誤率位居各家航空公司榜首；同時，2004年上半年，東航的毛利率只有19.9%，在4家上市航空公司中最低。同時，東方航空的旅客投訴率也最高。
僅6月20日在不到24小時的時間裏，就連續接到多位乘客打來的電話，反映東方航空四個航班出現誤點後，乘客沒有得到妥善的安置，在安徽合肥，同是誤機的兩撥乘客間因為爭一架飛機還發生了衝突，衝突的原因是因為東方航空公司飛往這兩個城市的多個航班都發生了延誤。
同樣是東方航空公司的航班，6月20日從南京飛往北京的航班也延誤了六個小時，而這些乘客還不算最不幸運的，原定20日晚上9點05分從北京飛往上海的東航5126航班，甚至因為時間延誤乾脆取消了航班。直到21日早上六點，距離飛機起飛時間近十個小時，還有不少旅客滯留在機場，期間既沒有向乘客提供食物，也沒有提供住宿，對於航班延誤，東方航空公司表示沒有賠償計畫。
據統計，在包頭空難前，東方航空的航班就頻頻發生事故苗頭，但這些已經發生的事故苗頭，也沒有引起東航高層的警覺，報導說，10月26日，東方航空公司一架長沙飛往蘭州的航班加速滑行時，突然被乘客發現飛機漏油；
同日，東航MU295次航班從西安咸陽國際機場起飛10分鐘後，機組人員發現飛機劇裂抖動。10月底和11月19日，東方航空又各有一家飛機在北京首都機場和海南美蘭機場因機械故障等原因長時間延誤起飛，並因賠償不積極而受到旅客的投訴。
證券時報財經週刊披露，業內人士指出，東方航空的航班准點率最低和投訴率最高，主要原因在於公司的管理體制存在問題。東方航空脫胎於原民航上海管理局，六年之內調換了四任總經理，半行政的性質仍很明顯；
東航旗下的6家分公司也由民航各省分局轉制而來，其人員和財務涉及地方利益，整合的難度很大，直接後果是航線整合不力、運力調配不能統一，造成了資源的浪費，增加了成本開支，公司治理結構更是一直難以完善。
公司治理的不完善，造成了東方航空管理方面的諸多漏洞。一個鮮明的例子是，1999年，浦東機場啟用後，大批航班從虹橋機場移到浦東。但在虹橋機場建有3個大型機庫的東方航空在浦東機場竟然沒有機庫，飛機需要維修時還得從浦東飛到浦西，既增加了費用開支，還帶來安全隱患。
民航總局飛行標準司司長饒紹武道出了東航這個盈利大戶頻頻誤點的原因：航線最多，飛機最多，盈利越多。同時，盤子越大，問題也就難免越多。今年東航因飛機故障返航的報導也曾見諸報端。可以想見的是，在繁忙的飛行中，飛機檢修時間縮短、支線客機超期服役等問題便開始暴露出來。
資料顯示，2004年上半年，東航的毛利率只有19.9%，在4家上市航空公司中最低。一些行業分析員認為，通過關聯採購向集團公司輸送利潤，是其中的一個原因。
行業研究員表示，2003年，東方航空餐食的總支出是54167萬元，按運輸的總人次1200萬來計算，人均45元，2004年上半年，東航餐食的總支出是34640萬元，按運輸總人數824萬人次來計算，人均也有42元，這一價格大大超出正常的採購成本。東方航空的餐食主要是由集團的食品公司供應的，因此，東方航空存在向集團公司輸送利潤的嫌疑。
一些行業分析員擔心，東方航空將為集團公司承擔部分經濟責任，從而影響公司業績。此次墜毀的龐巴迪CRJ-200型飛機，購買價格約2167萬美元（折合人民幣1.8億元），加上對54名遇難者的賠償，此次墜機的直接財產損失在2億元人民幣左右。
據民航總局辦公廳副主任徐立在「11.21」空難事故處理新聞發布會上的介紹，從目前調查的情況看，還沒有證據和跡象表明有人為破壞因素。如果這一說法變成最終的事實，東方航空集團將承擔空難責任。發生空難的飛機隸屬於東航集團雲南公司，似乎與東方航空關係不大，但昨日股市開盤時東方航空還是低開近5個百分點。
天府早報透漏，本次墜毀的飛機屬於東方航空雲南公司所有。東方航空分為東方航空集團公司和東方航空股份公司。前者是後者的控股公司，後者為在上海、香港兩地同時掛牌的上市公司。
東航公司董秘辦的工作人員表示，此次失事的飛機並不屬於股份公司。而昨晚，上市公司東方航空也發布公告稱，失事飛機系由公司控股股東東方航空集團的全資子公司───東航雲南公司所擁有和運營。
聯合證券分析師李輝對此表示，「發生空難的飛機屬於東航集團，那麼就不會給上市公司造成直接的經濟損失，所有的財產損失應由集團來承擔。」東方航空雲南公司前身為雲南航空公司，2001年，東方航空集團開始實施兼併雲南航空公司的戰略。
另據上市公司東方航空在10月15日發布的公告稱，東方航空（600115）已成立了業務整合領導小組，加快推進主業整合工作，爭取在2005年上半年完成東航西北公司、東航雲南公司主業資產注入股份公司的法律程序。此公告也從側面證明，本次東方航空雲南公司所墜毀的飛機，所有權目前並不屬於上市公司東方航空，所產生的財產損失也不應該由上市公司來承擔。
報導說，受到民航飛機墜毀的影響，星期一滬深股市的航空類上市公司的股價開盤即紛紛走低。首當其衝的是上市公司東方航空，其A股在上海股市開盤即下跌 0.21元，一度跌幅近5%，午後在機構護盤後有所走高，收盤報4.58元，微跌0.65%。另外，東方航空的H股昨日在香港也走低，股價一度跌5%，但尾盤與A股類似，也有所回升，收報1.77港元，跌幅1.12%。
除東方航空的股價受壓外，其他航空公司的股價昨日在深滬兩市也紛紛走低。南方航空昨日收盤跌1.22%，上海航空跌1.41%，海南航空跌1.70%。航空公司股價昨日受空難影響走低，那麼這種影響會有多大？
國信證券分析師陳芝妮稱，「飛機墜毀後，乘客很少能倖免於難，所以人們一般都會盡量迴避有過飛機失事記錄的航空公司，以此來提高旅行的安全係數。因此，這次墜機未來可能對東航的客運業務會帶來負面影響，進而會影響到東航在今年的業績。」
浙江利捷首席分析師余凱則表示，由于飛機應該都有投保，所以墜機事件對於東航造成的直接經濟損失可能並不太大，但是這次失事的「龐巴迪CRJ─200型飛機」被停飛調查，將使公司利潤率最高的支線航空業務遭到損害，這對東航計畫實施的整體上市計畫是一個打擊。
