事件曝光後，當地官員的命運一直備受關注，據人民網6月9日報導，按照中國國務院要求，監察部近期派出調查組，在安徽省監察廳和有關部門的配合下，對阜陽劣質嬰兒奶粉事件有關監管者的責任問題進行了調查。
此前劣質奶粉在阜陽農村市場氾濫成災一年有餘，經查，2004年4月前，大量營養素含量全面低下的劣質嬰兒奶粉通過鄭州、合肥、蚌埠和阜陽批發市場流入阜陽農村銷售點。劣質奶粉導致嬰幼兒生長停滯，免疫力下降，進而併發多種疾病甚至死亡。阜陽市發生了189例嬰兒患輕中度營養不良、12例嬰兒死亡的惡性事件，造成惡劣影響。
對於在這次毒奶粉事件中阜陽市政府的責任，官方的有關報導措辭顯然婉轉：「造成阜陽市嬰兒劣質奶粉事件的原因是多方面的」。
自2003年5月阜陽市出現第一例關於劣質奶粉造成嬰兒營養不良的投訴後，市工商、衛生等部門對劣質奶粉進行過清查，也向消費者發布過警示，公布了劣質奶粉「黑名單」。2004年1月，市政府也召集有關部門部署過對奶粉市場的專項整治，工作取得過一些成效。
但總體上阜陽市政府和工商、衛生等部門存在著對劣質奶粉充斥市場及嬰兒受害問題情況不明、重視不夠、清查不徹底、督查不到位、執法不嚴等問題，一直未能有效遏制劣質奶粉充斥市場的狀況。
事實上，毒奶粉事件中阜陽官員的表現可謂極之惡劣。回顧事件，在媒體曝光之前，這些劣質奶粉早在阜陽市場氾濫成災，而當地政府卻在知情的情況下置若罔聞，聽任悲劇在眼皮底下發生。
早在2003年9月就有受害者家屬向當地的工商部門投訴了劣質奶粉的危害卻一直沒被認真處理，有關部門也只對經銷商處以輕微的罰款了事，聽任更多嬰兒受害。事後經查，其時阜陽市公商所所長白啟祥收取了經銷商一千元賄款，毒奶粉事件中可能涉及官商勾結的猜測成為事實。如此一來，在中國國務院派出的專案調查組在深入調查後發現，當地的一些劣質奶粉生產窩點居然擁有合法身份，堂而皇之地生產這些置嬰兒於死地的毒奶粉，原因已經是昭然若揭了。
毒奶粉事件經媒體曝光後，引起社會各界的關注，輿論紛紛指責當地政府的不作為，阜陽市政府有關部門□是相互推諉責任，面對社會輿論的指責，各官員依然毫無悔改之意，更不願意論承擔責任，他們通通是在鏡頭前表現對事件「感到痛心疾首」，同時也公開表示不會因此而引咎辭職。
在這次的毒奶粉事件中，當地政府官員的瀆職行為已經直接導致了阜陽市兩百多名嬰兒的受害，至少十二名無辜嬰兒成為犧牲品。中國政府的新一屆領導班子一直強調「以人為本」作為政府工作的指導方針，如今12個小生命的無辜喪生豈能草草了結？！
據稱，安徽省省委、省政府是依據《中國共產黨紀律處分條例》、《國家公務員暫行條例》的有關規定和監察部的建議按規定程式，給予有關責任官員處分。
新華社公布，給予阜陽市人民政府市長劉慶強行政記大過處分；給予分管工商工作的副市長馬明業黨內嚴重警告、行政記大過處分，並責令辭職；給予分管衛生工作的副市長杜長平行政記過處分；給予市工商局局長周毅生黨內嚴重警告、行政記大過處分，並責令辭職；給予市工商局分管市場監管的副局長楊偉撤銷黨內職務、行政撤職處分；給予市工商局公平交易局局長楊樹新開除黨籍、行政開除處分，並移送檢察機關對其徇私枉法問題作進一步調查；給予市衛生局局長曹化之黨內嚴重警告、行政記大過處分；給予市衛生局分管食品衛生的副局長丁麗玲黨內嚴重警告、行政記大過處分，並責令辭職。
