北京青年報報導，三峽庫區船舶平均流量一年達十萬餘艘，僅在重慶登記註冊的船舶就有一萬多艘。據中國環保部門測算，光是「重慶市籍」的各類運輸船舶，每年產生垃圾就達四萬兩千噸、糞便達七百多萬噸、生活污水達一千五百多萬噸、含油廢水一百多萬噸。
這些污水，只有百分之一經過處理，高達百分之九十九的廢水則是未經任何處理，就直接排放到長江。
對於污水導致三峽庫區成為長江污染的重災區，重慶工學院教授韋雲隆表示，三峽庫區船舶污染防治工作越早動手實施，解決問題的成本就越低。如果遲到二零零九年三峽工程蓄水一百七十五公尺水位時再實施防治，屆時治理難度加大，帶來的生態環境損失無法估計。報導引述環保部門的調查指出，目前船舶對三峽庫區水域造成的污染主要包括：油污染、生活垃圾、生活污水和船舶事故污染。其中生活垃圾控制較好，治理生活污水方面相對滯後，而船舶事故污染也是危及庫區水質的重要源頭。百萬噸船舶行經葛洲壩，提高大規模水上溢油事故的風險，船舶應急反應的能力卻還是空白。
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