與此同時，中國大陸國台辦3月26日發表聲明警告，如果臺灣局勢陷入混亂，中國大陸當局不會坐視不理。此前，中國大陸當局一直對此次選舉作低調處理，媒體也低調報導。不過這兩天大陸媒體已經開始重點報導臺灣的「抗爭」。
新華社發表的「大陸國務院台辦發言人就臺灣選務機構發布公告發表談話」，全文如下：
「我們注意到，臺灣地區選務機構不顧參選一方的強烈反對，逕行發布有關選舉結果的公告。我們也注意到臺灣參選的一方表示對此不能接受，並在繼續進行抗爭。我們密切關注事態的發展。臺灣同胞是我們的骨肉兄弟。如果臺灣局勢失控，造成社會動盪，危及臺灣同胞的生命財產安全，損害台海地區的穩定，我們將不會坐視不管。」
據中央社報導，對北京發出措詞強硬的書面聲明，民進黨中國事務部主任陳忠信表示「非常遺憾」，他說，在臺灣人民發生紛爭之際，北京發表這種說法，會刺激臺灣內部相互對立，無助於臺灣解決民眾暴亂紛爭。這種說法也會嚴重損害臺灣人民感情，妨害兩岸和平的交往，對兩岸和平互動、秩序建構是無益的。
臺灣行政院陸委會今晚發布新聞稿表示，舉辦總統選舉，是臺灣內部事務，中共對臺灣內政作無理批評，是粗暴地干涉臺灣內政，陸委會對此表達高度不滿。
陸委會指稱，臺灣是法治國家，選務機關一切依法行政，且對於少數民眾的抗爭行為，警政及司法主管機關自會依法處理，不須中共粗暴干涉臺灣內政事務。陸委會指稱，如果中共企圖為引發兩岸衝突而找尋藉口，將是徒勞無功，並會驅使臺灣人民更團結一致，共同唾棄中共的舉措。
據CNN資深中國問題分析家林和立3月22日撰文(Beijing plots to undermine Chen)分析，北京正在規劃策略，以暗中削弱在頗受爭議的選舉中勝出的臺灣總統陳水扁的權力，然後把自己放入臺灣2千3百萬民眾真正支持者的位置上。
據報導，北京可能利用選舉欺騙的要求，及對陳刺殺未遂的事件，指控民進黨領袖是一位不道德及渴望權力的賭客。新華社等政府媒體據說正在準備長篇大論進一步攻擊陳水扁。
