國安機制立即啟動
不幸事件發生後，政府的國家安全機制立即啟動，全面提高社會安全維護等級；中選會並宣布今日的總統選舉及公民投票投開票作業，照常舉行。國際媒體立即報導此事，引起友邦震驚。美國布希政府發表聲明譴責暴力，肯定臺灣民眾在此事中展現的冷靜態度以及選舉照常舉行的決定，並相信選舉結果將有助於臺灣的繁榮、安全和更好的治理，日本首相小泉也轉來關切慰問。
陳水扁與呂秀蓮昨日下午一時四十五分，當車隊抵達南市金華路三段時，在金華路三段十二號附近遭到攻擊。陳總統中槍後，直到持續疼痛了數分鐘之後才發現自己身上有血跡，隨後立即緊急前往奇美醫院。
目擊者畫疑凶畫像
警方目前正追查目擊者通報的兩輛可疑機車，目擊者說，機車疑從金華路小府城香腸熟肉對面車道急速轉金華路，並朝著總統車隊前進。目擊者發現可疑嫌犯後，在紅色便條紙上畫下嫌犯特徵，兩名中年男子年約四、五十歲，一人身材壯碩，一人精瘦。
包括警政署、臺南市政府、連宋競選總部，昨晚都宣布提供檢舉破案獎金，金額總計達二千三百萬元。
陳水扁的槍傷在下腹部，肚臍下三公分處有長達十一公分、深兩公分的傷口，所幸未傷及內臟，其皮下共縫十二針，皮上二十針。子彈彈頭則在衣服內尋獲。呂秀蓮則是右膝蓋有一公分穿透傷。
由於局部麻醉，總統在手術過程相當清醒，他告訴所屬，「我沒事，大家放心，我不會被一顆子彈打倒」。
總統並且打電話給總統府秘書長邱義仁、行政院長游錫堃，指示政務交付。也與扁媽與夫人吳淑珍通電，請她們不要擔心。
奇美醫院在下午四點完成治療後，將陳水扁總統及副總統呂秀蓮送往加護病房觀察。陳總統晚間七點十分離開奇美醫院搭乘空軍一號返回臺北。
藍綠停止造勢活動
面對這起嚴重事件，國親聯盟總統候選人連戰宣布取消選前之夜的所有國親大型選舉造勢活動，避免引發群眾情緒性反應。連戰呼籲政府在選前應宣布槍擊事件完整真相向全民報告，讓民眾有所瞭解。
民進黨陳呂競選總部也宣布停止晚場的連線造勢活動，並譴責暴力，呼籲全國民眾要維持和平、理性，為陳總統、呂副總統祈福。
國安局在晚間十一點召開記者會，國安局長蔡朝明向社會大眾致歉，願意負起所有責任。總統府侍衛長陳再福說明，總統中槍後之所以送往奇美醫院，系因奇美醫院為國安局的地區特約醫院，因此送往該院，座車在四分多鐘即到達醫院，並無延誤。
