臺灣總統府在星期五下午召開記者會，總統府秘書長邱義仁說，陳水扁腹部受槍傷，同樣站在吉普車上面掃街拜票的副總統呂秀蓮則右膝蓋受傷，兩人均沒有生命危險，意識清醒。
由於事發突然，在總統車隊送到臺南奇美醫院的時候，有不同的報導說，陳呂兩人是被爆竹所傷，但總統府秘書張邱義仁稍後證實是遭到槍擊。
正副總統傷勢
據奇美醫院院長詹啟賢表示，陳水扁總統在受傷後自行步入醫院急診，子彈是在陳總統的衣物上發現，並未進入腹腔肌肉層，僅傷及脂肪層，沒有內臟受傷及生命危險。
詹啟賢指出，陳總統腹部中央靠肚臍有一個長約11公分，寬2公分的橫向裂傷，經過檢查傷口大約2公分深，進行了傷口清理及縫合，共縫合了14針。
而呂秀蓮副總統槍傷的傷勢，是右膝有1到2公分的外傷，膝蓋骨稍後方有擦傷，但沒有骨折。
暫停競選活動
陳呂競選總部和國親聯盟候選人連宋競選總部都在隨後召開記者會做出反應，譴責暴力行為，呼籲支持者保持冷靜，以國家安全、社會安全為重。
陳呂競選總部總指揮張俊雄在記者會上說，星期五下午將暫停全國各地所有競選活動，預定在全臺各地舉行的四場選前之夜造勢晚會也將停止。
張俊雄呼籲民進黨支持者保持冷靜，他說總統陳水扁生命安全無虞，請支持者不用擔心，必須保持冷靜，維持社會安全。
國親聯盟候選人連宋競選總部隨即也召開記者會，連戰表示，他已經透過幕僚向陳呂陣營表達關切慰問之意，瞭解到陳水扁沒有生命危險。
連戰也說，為了避免群眾情緒失控，國親聯盟已經決定停止星期五晚上原定的所有造勢晚會。
連戰還表示，在總統大選的最後一天發生總統副總統遭槍擊的事件，他深感震驚，但是他同時希望政府能夠在今天晚上正式做出完整說明，向人民交代事實的真相。
啟動國安機制
早些時候，總統府秘書長邱義仁在記者會上說，在陳水扁和呂秀蓮遭到槍擊送醫治療之後，國安機制已經啟動，相關官員正召開緊急會議，商討對策。
而根據臺灣中選會主委黃石城表示，不會延期明天的大選投票活動。
槍擊經過
根據邱義仁表示，槍擊事件發生在臺灣當地時間星期五下午1時45分（格林尼治標準時間0545），當時，陳水扁與呂秀蓮的車隊在臺南市文賢路進行所謂的"掃街拜票"工作。
邱義仁說，車隊進行掃街活動時受到許多支持民眾燃放鞭炮歡迎，在連串暴響之後，最早是呂秀蓮發現右膝蓋突然之間非常疼痛，而陳水扁也發現腹部濕濕的，才發現到原來是遭到了槍擊。
槍擊之後，車隊直接更改預定掃街路線，將兩人送往臺南奇美醫院接受治療，醫院方面也成立了緊急應變中心。
在陳呂兩人被送往奇美醫院之後，醫院外面聚集了許多支持群眾，為陳水扁呂秀蓮的生命祈福。
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