紐約大學菲利普．泰爾諾博士指出，如果沖水時馬桶蓋打開，馬桶內的瞬間氣旋最高可以將病菌或微生物帶到6米高的空中，並懸浮在空氣中長達幾小時，進而落在牆壁和物品上。現在大部分家庭中，如廁、洗漱、淋浴都在衛生間裡進行，牙刷、漱口杯、毛巾等與馬桶共處一室，自然很容易受到細菌污染。因此，應養成沖水時蓋上馬桶蓋的習慣。
馬桶圈細菌多要重點清潔
復旦大學公共衛生學院郁慶福教授指出，調查發現，32％的馬桶上有痢疾桿菌，其中一種名為「宋內」的痢疾桿菌在馬桶圈上存活的時間長達17天；另一份實驗報告也指出，將1億個脊髓灰質炎病毒投入馬桶內，濺到座圈上的病毒竟有3000個。同時，不少人冬天喜歡在馬桶上套個絨布墊圈，這樣更容易吸附、滯留排泄污染物，傳播疾病的可能性更大。
污染如此嚴重的地方恰恰和人們皮膚的接觸最「親密」，因此要重點進行清潔，每隔一兩天應用稀釋的家用消毒液擦拭。至於布制的墊圈最好不用，如果一定要使用的話，應經常清洗消毒。如果有條件，不妨換一個具有抗菌功能和防濺設計的座便器。
馬桶內的髒物及時清洗
馬桶容易沾染尿漬、糞便等污物，沖水後如果發現仍留有殘跡，一定要及時用馬桶刷清除乾淨，否則容易形成黃斑污漬，也會滋生黴菌和細菌。除了管道口附近，馬桶內緣出水口處和底座外側都是藏污納垢的地方，清洗時先把馬桶圈掀起，並用潔廁劑噴淋內部，數分鐘後，再用馬桶刷徹底刷洗一遍，最好用細頭的刷子，這樣能更好地清潔馬桶內緣和管道口深處。然後再刷洗底座和其他縫隙。
馬桶邊盡量不設廢紙簍
平時也可以在水箱中放置漸溶式自動潔廁劑或掛上壁挂式消毒栓，通過每次沖洗達到清潔、除垢、消毒除菌的效果。
大多數家庭都會在馬桶邊設一個廢紙簍，存放使用過的廁紙，但這樣會造成細菌隨空氣散播，因為很少有人能做到隨時清理，至少都會存放一兩天，而時間越長，滋生的細菌就越多。
應該將廁紙丟進馬桶內沖走，只要不是太厚、太韌，廁紙一般都能在水中很快變軟，所以不用擔心堵塞。有需要時，備一個衛生袋就可以，沒必要再設廢紙簍。如果一定要用，也要選帶蓋子的，以防細菌散播，並及時處理用過的廁紙。
馬桶刷要保持清潔乾燥
馬桶刷是保持馬桶清潔的功臣，然而，如果不注意清潔和乾燥，它也會成為污染源。每次刷完污垢，刷子上難免會沾上髒物，最好隨手再衝一次水，將其沖洗乾淨，把水瀝干，噴灑消毒液，或定期用消毒液浸泡，並放在合適的地方。
專家建議，最好把馬桶刷掛起來，不要隨便放在角落裡，也不要放在不透風的容器裡。
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