這起兩岸海上衝突事件，雙方說法不一。臺灣海巡署的說法是，馬祖海巡隊5506艇週日（14 日）在東莒外海，發現大陸"閩長漁4108號"漁船非法越界捕魚，臺灣海巡人員進行攔檢，4 名隊員跳上大陸漁船，船上10多名大陸漁民強力反抗，臺灣海巡隊員曾對空鳴槍警告，但對方並不理會。
衝突中，臺灣海巡人員寡不敵眾，2名隊員跳回海巡隊船艇，小隊長許志益及隊員江少南則遭挾持往大陸方向前進。許志益於途中伺機跳海獲救，江少南則被大陸漁民持刀械架住脖子，多艘趕到支持的臺灣海巡署巡邏艇不敢貿然行動。
福建省台辦發表的聲明中，則指臺灣海巡人員攔檢時曾打傷2名大陸漁民，並對大陸漁船駕駛艙開槍，漁民為求自保，才留置江少南。
被帶到福州的江少南，經臺灣陸委會、海基會，及正在大陸的臺灣立法委員曹原彰等人，與大陸方面溝通協調後，週一（15日）下午獲釋。臺灣方面循兩岸小三通路線，船隻由馬祖開到福建馬尾，接回江少南。江少南所攜配槍，大陸方面也予以交還。
這起事件，是兩岸之間的漁事糾紛中，第三起臺灣警方人員遭挾持到大陸案。1991年3月曾發生類似衝突，3名臺灣保警被大陸漁船帶到福建；1997年10月類似事件中，有1名臺灣保警莊鎮耀遭砍傷後被帶到大陸。過去兩次事件，發生地點與這次同樣在馬祖附近海域，而前兩次臺灣保警都被留置在大陸1到2個月才得以返臺，這次則歷時一天落幕。
不過，後續的責任歸屬問題，可能仍待兩岸相關單位協商。臺灣輿論也相當關切此類問題，呼籲政府妥善處理。
此外，就在馬祖海域發生此海上衝突之際，臺灣本島的臺中海巡人員這兩天也查獲多艘越界捕魚的大陸漁船共31名漁民，在沒收漁具後，將他們驅離。
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