報告說，從1985年中國發現首例愛滋病患者到2002年底，中國全國累計報告愛滋病病毒感染者已達4萬多例，其中患者2639例，死亡1047例。世界衛生組織將中國愛滋病病毒感染者數排在亞洲第2位，全球第14位。報告同時指出，目前在中國，通過母嬰傳播、吸毒傳播和賣淫嫖娼等不安全性行為傳播的情況相當嚴重。
同時，中國鼠疫疫源地範圍不斷擴大，在過去的十二年間增加了一倍，二十世紀九十年代以來，中國共發生人間鼠疫七百八十六例，死亡六十例；一九九八年中國報告鼠疫病例一點二萬多例，波及二十七個省、自治區、直轄市。
報告指出，二○○二年中國報告新發肺結核患者五十八萬多例，每年新發生的耐藥結核病患者人數約佔全世界的四分之一。另外，血吸蟲病等地方疾病防治也面臨新挑戰。
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